多爾袞一意孤行，強製推行“剃發令”，惹起了全國各地風起雲湧的抗清浪潮，影響了一大批已經降清的明朝將士，他們也是漢人，也要被剃頭，心裏也反對，從而促使正規軍倒戈抗清，他們的戰鬥力，自然比普通民眾組成的義軍更有力量。他們重新回歸各個南明後續政權，與李自成的大順軍和張獻忠的大西軍殘部遙相響應，互相聲援。在這一波抗清運動中，聲勢較大的有江西的金聲桓和王得仁、廣東的李成棟以及山西的薑瓖等。
順治五年(1648)正月二十七日，江西提督金聲桓和副將王得仁倒戈，舉兵抗清。
金聲桓，早年為盜賊，江湖綽號“一鬥粟”，後來接受招安，投入左良玉帶領的明朝官軍中，鎮壓農民起義軍，衝鋒陷陣、出生入死，由從二品都督同知晉升為正二品總兵官。清軍入關，南明弘光政權建立，左良玉從武昌起兵，沿江東下，赴南京“清君側”，聲討權臣馬士英。左良玉死於途中，其子左夢庚降清，金聲桓隨左夢庚歸順，任清廷江西總兵，駐守南昌，後奉命向南進軍，攻克吉安，圍困贛州孤城。半年後，金聲桓指揮的清軍攻占贛州後，南明六千守城將士殉國。清軍屠城，大約二十萬軍民被殺，史稱“贛州之屠”。
清廷以金聲桓之功，改任他為提督江西軍務總兵官。金聲桓自以為未費滿洲一鬥糧，孤軍就收複了十三府、七十二縣，讓數千裏地歸於新朝，從清軍入關後，還沒有誰功高於他，希望在論功行賞時，能夠被封個王侯之爵。結果清朝隻給了金聲桓一個副總兵兼提督江西軍務的官銜，副將王得仁隻得了個把總之職，比原來在明朝時的官銜還低。他們大失所望，憤懣不平。
這是因為多爾袞對這些手握重兵的明朝降將一直存有戒心，覺得他們大多是投機歸順，並非是心悅誠服地投降，所以不敢加以重用，還派人監視和節製他們。
當各地抗清義軍四起，向清廷低頭苟且三年之久的金聲桓和王得仁一商量:“幹吧!”大事總是起於小緣由。有一天，巡按董學成放肆地向王得仁索要一個歌妓，因為王得仁沒有立即答應，董學成便在衙門裏拍桌子大罵道: “我可以讓王得仁的老婆陪我睡覺， 何況一個歌妓?”王得仁聽說後按劍而起，大叫:“我做賊二十年，卻也知道男女之別， 人間大倫，安能跪伏於豬狗之輩以求苟活?”於是提劍跑到董學成的府第，將董砍成碎泥，然後去找金聲桓，逼金聲桓攤牌。他們又殺掉了巡撫章於天，然後邀請家在南昌、告老還鄉的明朝大學士薑曰廣一同起事，謊稱“奉詔”，宣布反清複明。
金聲桓久經戰陣，驍勇異常，率軍攻下九江、饒州、南康諸地。
永曆政權得知金聲桓在江西反清，高興得立刻把其視為可依靠的力量，不再計較金聲桓代表清朝殺害明朝軍民的血債。
南明弘光政權失敗後，明朝兩廣總督丁魁楚和廣西巡撫瞿式耜等擁戴明神宗之孫、桂王朱由榔於肇慶稱帝，以1646年為永曆元年。
金聲桓等人缺乏政治遠見和軍事謀略，不敢順長江出擊，占據江淮心髒地帶，那裏對清廷更有戰略威脅。金聲桓為求穩妥自安，由九江回師，固守江西地盤，率兵包圍贛州。金聲桓再攻贛州，這一次，久攻不下，兩軍相持了七十餘天，給了清軍喘息時機。
多爾袞對金聲桓的反叛極為重視，江西的戰略地位重要，若是與湖南、廣西及雲貴地區堅持抗清的南明政權和農民軍連成一片，往來策應，局勢就變了，可以順江而下直抵南京，勢必威脅瓦解清朝在江南各省的統治。多爾袞急忙任命譚泰為征南大將軍，與固山額真何洛會一起統兵，征討金聲桓。清軍出安慶， 渡長江，進占九江等地，圍攻南昌。這是一招圍魏救趙之計。金聲桓從贛州撤兵，保衛南昌。南昌城下，清軍勢眾，金聲桓派人向湖南的何騰蛟求救。何騰蛟是抗清英雄，但這一次並沒有前往江西救援。南昌城中糧草枯竭，吉安守將派來的送糧船亦為清軍截獲。
永曆朝廷聞訊，派廣東李成棟所部赴援。
在江西金聲桓反清兩個多月後， 順治五年(1648) ， 四月初十，廣東提督李成棟大力響應，倒戈抗清。
李成棟相比金聲桓，有過之而無不及，都是在亂世中浮沉的怪胎。李成棟起初參加了農民起義，長期跟隨李自成的部將高傑。後來，隨高傑投降明朝，剿殺義軍。在弘光政權下，李成棟任徐州總兵。後來，高傑在睢州被許定國刺殺。清兵南下時，李成棟“奉”高傑的妻子邢氏投降了清朝，因功被封賞為吳凇總兵。其後，清廷李總兵製造了人神共憤的“嘉定三屠”。
嘉定人民因反“剃頭令”起兵抗清後， 李成棟領兵五千趕來討伐。“屍骸亂下，一望無際”，一幅人間地獄圖。許多還在睡夢中的居民，全家被殺個精光，血流成渠，積屍成丘。其後，李成棟放火焚屍。
李成棟共實施了三次大屠殺， 持續兩個月之久， 據傳有十萬餘人遇害。
經過如此殘酷的“嘉定三屠”，江南大部分地區開始剃發，違心地做大清順民。血海屍山，終於使反抗的烈焰漸趨熄滅，李成棟也因此“赫赫”功勞，被提拔為江南巡撫。單憑這臭名昭著的“嘉定三屠”，李成棟就可“史冊留名”了，然而還不夠，不久，清廷又調遣李成棟去福州，平滅另一個由南明隆武帝朱聿鍵建立的南明政權。
南明隆武帝朱聿鍵生於南陽。朱聿鍵是個苦命皇帝，因為他爺爺不喜歡他爸爸，自小跟著父親在囚房中度過了十六年，後來在朝廷的恩旨下襲封唐王。皇太極攻打北京時，朱聿鍵報國心切，竟不顧“藩王不掌兵”的國規，招兵買馬，北上勤王，中途和“賊兵”交手，互有勝負。由於明成祖朱棣是以藩王身份反叛得的天下，故而明朝對藩王防備極嚴。藩王可以在王府內**吃喝，醉生夢死，唯獨不能興兵擁將離開藩屬。崇禎帝大怒，派錦衣衛把朱聿鍵逮進鳳陽皇室監獄，又關押了八年多。這位“金枝玉葉”真是倒黴，活到四十多歲的年紀，在囚牢裏度過的歲月倒有二十四年之久。
弘光帝繼位，朱聿鍵才被放出來。朱聿鍵剛剛走到杭州，短命的弘光朝便覆滅了。另一個明朝宗室潞王在眾人的推戴下於杭州自稱“監國”（代理皇帝） ，三天後，清軍殺到，號稱賢德、一直被寄予厚望的潞王朱常淓與屬下沒做任何抵抗，便向清軍獻城投降。
此前一天，朱聿鍵剛剛離開杭州， 黃道周等明臣便勸朱聿鍵監國。在鄭芝龍家族的擁護下，朱聿鍵在建寧（今福建省建甌市）稱監國，二十天後，在福州正式稱帝，改元隆武。登基大典， “大風霧起，拔木揚沙”，坐騎受驚，玉璽摔落，碰壞一角。雖然兆征不祥，隆武帝朱聿鍵還是很有平複天下的決心，銳意恢複。隆武帝雖有宏圖大誌，但卻一直被鄭氏集團架空。
以鄭芝龍為首的鄭氏家族，本是航海世家。十七世紀，世界航海興起，明朝卻搞海禁，鄭芝龍以民間之力建立水師，將商船改作戰船，於明崇禎六年(1633)在金門島料羅灣海戰擊敗了“海上馬車夫”荷蘭人的艦隊。鄭芝龍重建以中國人為主導的東亞海上秩序，在鄭和船隊退出南中國海二百年後，重奪海上主導權，成為西太平洋的唯一霸權，是大航海時代東亞海域舉足輕重的人物。鄭芝龍為其子鄭成功留下了強大的海上基業，鄭成功以此為資本抗清，在南京兵敗後，以海上武力成功打敗荷蘭人，收複台灣。
李成棟“率領”清軍逼近福建。隆武帝聲言親自北伐，攜數千明兵“禦駕親征”，擺脫了鄭氏兄弟的操縱。隆武帝到汀州，有大隊身穿明軍軍服的人叩城門，聲言護駕。城門一開，原來都是李成棟派出的清軍。隆武帝聞亂驚起，持刀剛入府堂，為清軍亂箭射殺，同時遇難的還有其皇後曾氏和不滿月的皇子。將隆武帝一家三口的人頭獻上後，李成棟更得清廷的垂青，隨後駐軍福州。
再說鄭芝龍，因為李成棟所率的清軍兵鋒過盛，鄭芝龍自知不敵，便坐待清軍來捕。以前，鄭芝龍曾經以船隊自立門戶於海上，後來歸順明朝;當時他完全可以和兒子鄭成功一起棄岸出海。清軍是馬上驍勇，隻能望洋興歎。鄭芝龍坐以待斃，或許是因為人到中年，對長久漂泊於波濤中的生活厭倦了，不願逃亡。鄭成功勸父親出逃未果。鄭芝龍在名義上是南明的福建大總管，被李成棟押往北京請賞。鄭成功的母親是日本人，城破後自縊殉節。身負國恨家仇，鄭成功率領水軍矢誌抗清。
多爾袞請洪承疇勸降鄭芝龍，然後親自召見鄭芝龍，好言勸慰，把鄭芝龍編入漢軍正紅旗，為清廷效力。鄭芝龍修書招降舊部，唯有兒子鄭成功堅決不降。
清順治十一年(1654)十二月，鄭成功攻漳州，各縣望風起事。清廷怒囚鄭芝龍，在其降清十餘年後，斬鄭芝龍與其親族於北京菜市口。
鄭成功收複台灣，成就千古英名。鄭芝龍降清，則留下恥辱汙名。
雖然李成棟俘殺南明二帝，為清廷立下了大功，卻僅被任命為廣東提督，佟養甲反被任命為第一任兩廣總督，再看清軍旗人飛揚跋扈，輕蔑漢人將士，連在八旗軍中地位低下的馬夫，都敢頂撞羞辱南明降將，李成棟對此非常不滿。佟養甲為安撫李成棟，向朝廷上表，將李成棟居住在吳凇的家屬（實為人質） 接往廣州。沒想到弄巧成拙，這為李成棟翻臉叛清解除了後顧之憂。
聽到金聲桓和副將王得仁在南昌起事，李成棟率部在廣州校場鬧餉嘩變，宣告投奔南明，並奉永曆帝朱由榔為主。佟養甲見機行事，為保全性命，假意蓄發，跟隨李成棟歸降南明。永曆帝求兵若渴，不在意李成棟此前的血債，反而覺得是能打的將軍來了，加強了自己的力量:“好!”永曆帝封李成棟為廣昌侯，後加封為惠國公，封佟養甲為襄平伯。
江西戰事吃緊，永曆帝派遣李成棟率部支援。李成棟脅迫佟養甲一同北上。佟養甲跟駐防在贛州的清軍主帥暗地裏書信往來，願為內應，結果書信被李成棟的部下截獲。李成棟養子李元胤預先在佟養甲乘坐的船必經之處設下伏兵，擒殺了佟養甲，又把佟養甲的親信全部處斬。佟養甲死後，隸屬佟養甲的三千八旗兵， 被李成棟以“犒師”為名，騙到梧州城內，以發餉為由解除武裝，全部處決，一個不留。
李成棟的反叛極大地影響了戰局。然而， 南明永曆朝廷虛有其名，無人能統籌全局做出相應的決策，各地實力派自行其是，結果喪失了收複失地的大好機會。
在南方，江西的金聲桓和廣州的李成棟帶兵反清，湖南和廣西的永曆皇帝與何騰蛟帶領大順軍餘部抗清，這些已經讓清廷焦頭爛額。讓攝政王多爾袞沒有想到的是，在北方自己的眼皮子底下，大同總兵薑瓖也反了，而且還帶動山西和陝西兩省各地紛紛舉兵，抗清烽火比南方更猛烈。
當時，多爾袞曾想通過給順治帝聯姻來控製蒙古人，派阿濟格前去求婚。阿濟格一行途經大同時，發現這裏的女人非常漂亮，便**婦女，無惡不作，其中一個有身份的女子在出嫁時，也被阿濟格的隨從劫走糟蹋了。薑瓖作為本地的最高軍政首腦，聽說此事後，向阿濟格表示不滿，要求交出新娘並製止此類事情再發生。阿濟格是粗魯之將，再加上占領者的驕橫，不但不聽薑瓖申訴，反而把他轟出門外。這使薑瓖極其惱怒，對清朝統治者“崇滿抑漢”的政策無比憤慨。
漠北蒙古喀爾喀部犯邊。多爾袞召集諸王、大臣召開會議，決定派英親王阿濟格等將領戍守大同，加強這一地區的防務。
此時恰逢南方江西金聲桓和廣東李成棟起兵反清，清廷對手握軍權的漢族將領猜忌甚深，薑瓖判斷滿洲大軍雲集大同，將對自己不利。大同地區的清朝官員又奉命征集糧草，急如星火，百姓怨聲載道。
十二月初三，薑瓖乘宣大總督耿焞等人出城驗糧草的機會，突然關閉城門，下令“易冠服”，自稱興漢大將軍，公開升起了反清歸明的旗幟。耿焞逃往陽和，家屬被薑瓖處死。阿濟格聞訊，連夜進兵，於初四到達大同城下。薑瓖迅速“飛檄安官，朔（州） 、渾（源）一帶俱受偽劄”。阿濟格在十二月的報告中說: “叛者不止大同，其附近十一城皆叛。”山西各地的漢族官紳紛紛響應，聲勢甚大，以大同為核心，薑瓖聯合三省十餘支武裝力量，打起了反清複明的旗幟。
這些已經降清的前明將士再次反叛，完全是被多爾袞、阿濟格等人的政策給逼反的。
多爾袞心焦冒火，江西反清， 廣東反清， 都沒有山西反清那麽觸痛他，大同離北京太近了，兩者相距七百多裏地，按照正常行軍速度六七天就能殺到，急行軍能縮短到四天之內。要是讓薑瓖和附和者們成了氣候，就會發兵威脅北京。多爾袞咬牙跺腳，必須趕快平叛，以免亂得不可收拾。多爾袞是真的擔心了，因為眼前和以往所有戰局不同，八旗勁旅人馬太少，以前無論在關外，還是在關內，都是合兵一處，是一股洪流，勢不可當。現在，真正的八旗將士不足二十萬，卻分散到全國各地，清軍雖然人數眾多，如果新投附後的漢人將士都反了，八旗還真控製不了局麵。大同薑瓖反清，讓常勝將軍多爾袞感到害怕了。
多爾袞最初企圖采取招撫的手段來解決薑瓖。十二月初十，他派使者向薑瓖解釋阿濟格等領兵往大同是解決北方蒙古問題，並不是針對你薑瓖，故意把薑瓖起兵反清說成隻是誤解了朝廷的意圖，給其下台階的機會，接著宣布若能悔罪歸誠， 將“照舊恩養”。然而，薑瓖不可能回心轉意，反清之後再圖歸順好比覆水難收，前途更不堪設想。因此，他對多爾袞的安撫置之不理。多爾袞見解釋無效，決心武力解決。
多爾袞又祭出“打仗親兄弟”的法寶，指派阿濟格打頭陣，去剿滅大同叛軍，他哪裏知道薑瓖反叛，有很大的原因是阿濟格沒有處理好和漢軍降將的關係，逼得人家不得不反，如果多爾袞在薑瓖叛亂之初就知道這些，他會以另一種手段處理，在調兵遣將上，也會考慮其他人選。
阿濟格指揮清軍進攻大同城，薑瓖派兵出戰。阿濟格打勝仗打習慣了，打順手了，因此，非常輕蔑大同漢軍。然而，他沒有意識到，漢軍這一回是憋屈得太久了，要憑一場拚命惡仗來出怨氣。將士們殺紅了眼，奮勇殺敵。有一位黃馬白袍的大將，於亂軍中衝突奔馳，十**十決，勇猛異常，清軍根本攔擋不住他。阿濟格麾下的八旗勁旅都是自關外打到關內的百戰精銳，遇到此人竟紛紛辟易， “莫有攖其鋒者”，清軍直呼: “馬鷂子至矣。” “馬鷂子”是薑瓖的副將王輔臣，早年參加農民軍，喜歡賭博，一擲千金，後投靠大同鎮總兵官薑瓖。王輔臣就是大同本地人，在大同城下一戰成功，聲名鵲起。
以薑瓖為代表的晉陝等地的反清複明運動，迅速波及西北其他地區。風雲驟變，形勢對滿洲貴族的統治中心威脅極大。
山西和陝西的抗清活動愈演愈烈，南方的抗清形勢卻開始衰落。
李成棟率兵二十萬，北上增援江西金聲桓，在贛州城外被清軍擊敗。李成棟冒著大雨，騎著一匹騾子，一口氣從庾關敗退六百裏至梅嶺，而後逃回廣州。
順治六年(1649) 正月十九日，南昌“城中糧盡，殺人而食” ，金聲桓孤立無援，堅持到此，自知必敗，再無鬥誌，下令打開東城門，放百姓出逃覓食。清軍見狀，亦解開東麵之圍，放百姓逃離。金聲桓部下士卒也混入百姓之中，爭相出逃，一些兵丁秘密投降，清軍得以順利攀登城牆入城。金聲桓無力回天，眼見城陷，殺妻子，焚房舍，身中二箭，投入帥府荷花池。王得仁受傷被擒，被淩遲處死。大學士薑曰廣時年六十六歲，留下“六歌”及絕命詞一章，率全家三十二口人投塘自盡殉節。曆時一年的江西反清鬥爭宣告失敗。
禍不單行，就在南昌城陷的同一天，何騰蛟在湘潭被俘。
何騰蛟雖然招收了李自成舊部，依靠這些將士抗清作戰，但他作為明朝官吏，卻並不十分信任大順軍的人。他去會晤李過，怕李過多想，就隻攜帶了三十名屬吏和親兵，意外地被清兵圍住。何騰蛟絕食七天，最終遇害。
清軍越過嶺南，進攻廣東李成棟。三月初一，清軍開始進攻廣州城。李成棟部下軍心不穩， 蜂擁出東門渡河逃竄。李成棟在渡河時墜馬淹死。
金聲桓、何騰蛟與李成棟，這三個幾乎奇跡般地恢複了明朝整個南方的人，在順治六年(1649)春季的一個月之內，戲劇般地從曆史舞台上消失了。
多爾袞沒有料到薑瓖反叛造成的局勢這樣危急，除了緊急征調外省的兵力助戰，他實在坐不住了，做出了一個決定——親自出征。
自從山海關戰役以來，執掌清廷最高權力的攝政王多爾袞再也沒有親自統兵出征過。究其原因， 一是進入北京之後， 百務聚集， 他難以分身;二是滿洲貴族內部權力之爭一直在進行;三是他的健康狀況不佳。這次親征大同實在是迫不得已，山西全省一旦失陷，必然引起連鎖反應，且不說南方大片地方尚未平定，在薑瓖反清後，北方各地反清運動勢若潮湧，滿洲貴族遇到了入關以來最大的挑戰。
多爾袞出征，就相當於皇帝禦駕親征，分量極重。
清軍主力雲集山西，多爾袞先後調來了和碩親王滿達海、多羅郡王瓦克達、承澤郡王碩塞，加上已經在山西的英親王阿濟格、敬謹親王尼堪、端重親王博洛和多爾袞本人，以及一個協助征剿的漢王——平西王吳三桂，總共有八位王爺，史稱“八王圍大同”。總共大約有九萬的八旗軍隊在山西作戰，這幾乎是多爾袞能拿出來的全部家當了。可見山西戰事之急迫。
重兵圍攻終於收到了成效，各路清軍逐漸擊敗了大同外圍的義軍，切斷了大同和外部的聯係，完成了對大同的合圍。薑瓖曾經率軍出戰，無奈野戰乃八旗軍看家本領，不管是薑瓖本人，還是來援的各路義軍都無法取勝。此後，薑瓖始終堅守不出。大同曆來是重鎮，北魏時期是拓跋珪朝的都城，建城曆史已有一千二百多年，長時間以來大同城被多次加固。如此堅城，即使紅衣大炮也無濟於事，奈何不了堅固的大同城牆。但是，在長期圍困之下，大同和之前金聲桓困守的南昌一樣，成了一座徹徹底底的孤城。
順治六年(1649)二月十四日，多爾袞親自帶領軍隊往征大同，接連攻克渾源州、招降應州和山陰縣。
三月初十，京師來報說多鐸因出痘病重，多爾袞立即決定返師。十二日，多爾袞途經大同，派人在城下喊話，欲招降薑瓖:“如果別人來招降你，你可以不給麵子，但今天我來勸降你， 你可要歸順啊! 如果歸順了，不計前嫌，以往的罪責一律赦免。如果不歸順，恐怕你就沒有後路了。像你這樣反複無常之人，天下還有誰會相信你呢?”
薑瓖在回信中先列舉了自己為清廷立的功，並說“未有毫發罪過”，然而不僅“未蒙升賞”，跟隨他降清的百姓也流離失所，還要遭到滿洲貴族的欺壓，被不分青紅皂白地肆意屠戮。接著，他針對多爾袞的諭旨表示，全城之人，上下一心，絕不束手就擒。多爾袞大為惱火，令清軍繼續圍困，自己則趕回了京師。多爾袞深知局勢的險惡，他不敢撤出包圍大同的兵力來鎮壓遍及山西各地的反清勢力，以免放虎歸山，使山西反清盟主薑瓖同其他各部合兵一處，隻好從京師抽調一切可用的滿、蒙、漢軍投入山西戰場。
十八日，多爾袞行至居庸關時，傳來了多鐸的死訊。多爾袞悲痛萬分，手捂心口，差點從馬上栽下來。
六月，清軍攻克了山西部分州縣，形勢有所好轉。
多爾袞擔心在山西被牽製的兵力太多，曠日持久，必將影響全國，他決定再次親征大同。七月初一，多爾袞再度率師親征大同。行前，他召集內三院及部院等側門官員說:“我之所以再次親征，並非諸王大臣不勝其任，但恐他們行師之際擾及良民。此行我至多走到寧武關、朔州便歸，不遠行也不久留。”十四日， 多爾袞師至阿魯席巴爾台， 遂罷大同之行，邊打獵邊回到北京。
多爾袞的第二次親征曆時一個多月，八月間回京時，並沒有取得什麽戰果。
多爾袞此次出征令人費解，仿佛山西薑瓖的反叛已經讓多爾袞亂了方寸。
八月，大同城裏的糧食消耗殆盡，軍民傷亡慘重。在外援無望的情況下，薑瓖部下的總兵楊振威變節，暗中派人出城向圍城清軍接洽投降事宜。二十八日，薑瓖的部將楊振威等二十三人帶領六百餘名官兵叛變，密通清軍，合謀殺了薑瓖及其兄薑琳、弟薑有光，獻首級降。第二天，清軍攻入大同。多爾袞諭令阿濟格，大同城內，除楊振威等二十三員及其家屬並所屬兵丁六百名之外，其餘“官吏兵民盡行誅之”，並將城垣自垛撤去五尺，把薑瓖等人的屍骨燒成灰燼，埋入土坑，以泄其憤恨。
薑瓖的副將王輔臣，那位衝殺清軍的大英雄，因及時投降於阿濟格，免於被誅，入京為“包衣”。王輔臣武勇之名播於京城，北京的旗人都以認識“馬鷂子”為榮。從此，王輔臣鞍前馬後地為清廷賣命。後來，又追隨吳三桂叛亂。
此次平定反叛，多爾袞反應迅速，不顧自己生病，親征兩次（或說三次），動用親王以上者四人， 其他高級將領數十人， 所謂“諸將一時多授命，親王三遣自臨邊”。但抗清的浪潮並沒有就此而止， 仍在全國各地風起雲湧地進行著，依舊是各自為戰，沒有形成統一的力量。
南明漢人族群有那麽多英雄烈士，卻戰不勝一個多爾袞。
多爾袞並不是常勝將軍。
有一個敵人，他在一年裏親征兩次，使足力氣卻打空了，沒打著，那就是漠北蒙古喀爾喀部。
多爾袞征服的是漠南蒙古，林丹汗的兒子額哲汗獻上了傳國玉璽。還有更遙遠的漠西蒙古。努爾哈赤攻擊並結盟的科爾沁部就是漠南蒙古的最東邊的部落。皇太極在世時，曾率領八旗勁旅出征喀爾喀蒙古，但無功而返。女真人原屬漁獵部落，而蒙古人是遊牧部落，他們特性相似。不同於漢人百姓習農耕定居，在原地等著八旗軍來侵犯，蒙古人來無蹤、去無影，因此，能征善戰的八旗麵對蒙古人並不占有多少優勢。
喀爾喀部見後金勢大，也致書與後金通好。清崇德三年(1638) ，喀爾喀部“遣使來朝”，以後，每年各貢“白駝一，白馬八，謂之九白之貢”。喀爾喀部名義上對清朝臣服，其實內心不服，因為蒙古人的祖上闊過，成吉思汗和子孫們征服了歐亞大陸，是現在的女真人沒法相比的。蒙古雄主達延汗的六世孫騰機思，一心想恢複祖上榮光。
攝政王多爾袞任命剛剛平定江南弘光政權的豫親王多鐸為揚威大將軍，率清軍深入喀爾喀腹地，打敗了騰機思。
薑瓖反清時，喀爾喀兵馬進入內蒙古，離長城非常近，多爾袞之所以調集軍隊是為了防範喀爾喀部，卻驚嚇到了薑瓖，促使他叛清複明，京畿震動。多爾袞領兵親征，大軍行進到古爾班口時，喀爾喀部碩雷汗部下七人攜妻子來歸，報告碩雷汗的兵馬距北京有十日路程。多爾袞權衡輕重，覺得漢人軍隊是縮在城池裏等著挨打，早一天、晚一天打都行，喀爾喀蒙古兵馬來了，卻非常麻煩，讓他狠咬一口，冤枉，讓他跑了，沒影兒了，找不著了，更遺憾。多爾袞決定北出張家口，先征剿喀爾喀部。然而，由於一路長途行軍，缺少水源，人馬焦渴，最重要的是戰馬之間發生了傳染病，還沒有看到喀爾喀部的影蹤，清軍便實在堅持不下去了。多爾袞隻好回師，準備圍攻大同，卻又接到胞弟多鐸感染天花病危的消息。
多爾袞快馬加鞭趕回京城的途中，接到準信: “多鐸死了。”
多爾袞再次經曆了父母過世後最痛心的悲慟。他想起了小時候的情景:父汗駕崩，額娘被逼殉葬，他和多鐸小哥倆互相摟抱著，旁邊是雖然長大卻無智謀的哥哥阿濟格，三兄弟眼睜睜看著母親死去卻無法救援。他想起了和多鐸並馬劫掠中原，在鬆錦前線並肩而戰的情景。他想起了多鐸作為最得力的助手，在山海關打敗李自成，攻克西安滅亡大順政權，攻克揚州殺史可法，攻克南京俘虜弘光皇帝，揮師漠北擊垮喀爾喀部的情景。“兄弟同心，其利斷金。”他把多鐸提升為輔政親王， 兄弟倆執掌朝綱。隻要有多鐸在，多爾袞便不懼怕任何對手。多爾袞悲憤地仰麵痛哭: “蒼天啊，你奪走多鐸，就是折殺我呀，我還能倚靠誰啊?”
殺人如麻的多鐸親王，被天花索取了性命，虛歲三十六。他是清初八大鐵帽子王之一。後來，乾隆皇帝讚譽其“開國諸王戰功之最”。
薑瓖失敗後，多爾袞下令屠城，也是因為大同兵變令他在胞弟多鐸臨終時沒能夠陪在身邊，從而發泄怨憤怒氣。
十月，多爾袞再次得到探報，蒙古喀爾喀部行蹤再現，他急迫地貿然再次領兵親征。多爾袞大軍行至克什克騰北，離漠北喀爾喀部尚遠，卻又撤兵了，再次無功而返。有人分析退兵原因，猜測原因有兩條:一是情報不準，喀爾喀已經跑到別的地方了，根本不知道去哪裏找，大軍長途盲目行進，後勤糧草供應不上;二是因多爾袞的元妃患病了。多爾袞返京後不久，元妃就去世了。
多爾袞下令，以多羅郡王嶽樂為宣威大將軍，統兵駐守歸化城（即呼和浩特市舊城），防止喀爾喀部入侵。清廷在處理與喀爾喀部的關係時，一直采取武力威懾為主，安撫為輔的策略，恩威並施。後來，漠西蒙古準噶爾部崛起，噶爾丹大汗也是雄心壯誌的主兒，揮師征討漠北喀爾喀部，想先統一蒙古各部，然後與清朝掄刀掰手腕，他要當再世的成吉思汗。直至康熙皇帝親政後，才平定“三藩”，收台灣，征討噶爾丹，順便把喀爾喀問題徹底解決了。
其實，多爾袞遠征喀爾喀部，無功而返，還有一個原因:長途行軍奔襲，多爾袞有點吃不消，他的身體不太好。