分化瓦解鄭氏力量
康熙親政以來，有三件大事在他的腦海內是必須要完成的——除鼇拜、撤三藩、收複台灣。和前麵兩件事相比，很明顯，收複台灣更有挑戰性，因為清軍主要是八旗子弟、不善水性，對於他們來說，要越過幾百裏的海峽攻打下鄭氏長期據守的台灣是有很大難度的。
台灣島是中國的第一大島，位於中國大陸東南海域，東臨太平洋，西隔台灣海峽與福建省相望，南界巴士海峽與菲律賓群島相對。台灣包含中國第一大島台灣島和周圍屬島以及澎湖列島兩大島群，共80餘個島嶼所組成，總麵積3.6萬平方公裏。
台灣自古以來與內地有著密切的聯係。遠古時代台灣與大陸相連，約幾百萬年前由於地殼運動，部分陸地下沉，海水進入，形成台灣海峽，台灣島才與大陸分離。三國時期，吳王孫權派將軍衛溫、諸葛直率一支由一萬餘名軍士、三十多艘船組成的船隊到達夷洲（今台灣），是中國大陸居民利用先進的文化知識開發台灣的開始。
宋元時期，漢族人民在澎湖已有相當數量。漢人開拓澎湖後開始向台灣發展，帶去先進的生產技術。12世紀中葉南宋將澎湖劃歸福建路晉江縣（今福建晉江）管轄，並派兵戍守。大陸和台灣的聯係日漸頻繁。
元朝進一步加強對台灣的管理。元世祖曾派員到台灣宣撫，並在澎湖設澎湖巡檢司，隸屬福建泉州路同安縣（今福建廈門），雖然沒有直接將台灣島並入其內，卻是中國中央政府對台灣地區的首次官署設置。
明朝初期仍設澎湖巡檢司，直至1387年因實施海禁而廢除，並把居民遷到漳州、泉州一帶。1563年考量沿海治安等因素，複設澎湖巡檢司。
明朝以後大陸與台灣的人民往來不絕。永樂年間鄭和率船隊曾在台灣停留。17世紀20年代的明朝末葉大陸居民開始大規模移居台灣，給台灣社會經濟和文化的發展以極大推動。其時福建人顏思齊、鄭芝龍為抗拒官府欺壓率閩粵居民遷居台灣，一麵從事農耕、貿易，另一麵組織武裝力量抗禦倭寇和荷蘭人。1628年閩南大旱，百姓無以為生，鄭芝龍組織災民數萬到台灣墾荒定居，各地逐漸形成許多村落。台灣自此進入大規模開發時期。
1624年屬於荷蘭東印度公司的荷蘭殖民者為建立與中國、日本貿易的據點侵入南台灣。1626年至1642年西班牙殖民者也曾侵占北台灣，後被荷蘭人驅逐。
1652年郭懷一領導了最大規模的一次武裝起義，雖最終被鎮壓，但表明荷蘭殖民統治已出現危機。九年後他們配合民族英雄鄭成功驅逐荷蘭人，收複了台灣。
鄭成功收複台灣之時，清朝基本上已經奠定了在台灣的統治地位。但即便如此，全國各地仍然有此起彼伏的抗清勢力出現，其中包括南明的抗清鬥爭，還有農民軍餘部。鄭成功也是明朝遺民，他也一直在東南沿海一帶與清軍周旋，戰事不斷，清廷也為此苦惱。不過，值得讚揚的是，鄭成功一直強調：“台灣者，早為中國人所經營，中國之土地也。”
康熙元年（1662年），鄭成功去世，其弟鄭世襲與其子鄭經為爭奪王位而火並，清廷趁機招降鎮守廈門的鄭經，鄭經交出了玉印。第二年五月，鄭經殺死了鄭世襲，台灣內亂平息，鄭經向清廷請求，希望能按照琉球的藩國形式經營台灣，表示永不登陸，不剃發，不改漢族衣冠，否則，決不投降。
康熙六年（1667年），朝廷派出總兵孔元章兩度赴台議撫，答應如鄭經歸順，可封“八閩王”。卻遭鄭經以“非屬（中國）版圖之中”，以及“先王之誌不可墜”為辭拒絕。顯然他數典忘祖，他父親鄭成功當年收複台灣時曾在給荷蘭殖民統治者揆一的聲明中義正詞嚴地指出：“台灣者，早為中國人所經營，中國之領土也！”
在康熙親政前的一段時間，清朝與鄭氏之間一直處於膠著的狀態，雙方雖然會經常發生一些軍事摩擦，但都沒有對彼此造成致命性損傷，這是因為，從鄭氏方麵看，他們勢力相對弱小，還不足以威脅到清廷，而從清廷當局來看，大陸各地南明勢力依然存在、農民起義也偶有發生，清廷暫時無法集中精力解決台灣問題，況且清軍不擅水上作戰，茫茫大海成了保護鄭氏方麵的一個天然屏障。
不過台灣問題始終要解決，既然武力解決不了，那麽，就采用招降和和談的方式。
於是，康熙八年（1669年）八月，剛剛親政的康熙就派出刑部尚書明珠為欽差大臣，奉旨赴福建主持和議，並派知府慕天顏入台宣撫。此次，康熙作出重大讓步：“允許鄭氏封藩，世守台灣。”又因鄭經故意“苟能照朝鮮事例，不削發……”致使和談失敗。
於是，朝廷就將目標轉移到中下層將士身上，通過招撫，分化瓦解鄭氏的力量。尤其是鄭成功去世後，鄭氏內部接連發生爭權奪利的內部鬥爭。
首先是鄭氏家族中鄭經與其伯父鄭泰之間的矛盾。鄭泰是家族中的長輩，且長期掌管家族中的財政大權，又率部留守金夏，比鄭經勢力更盛，遭到鄭經的妒忌。
而在鄭氏大權的問題上，鄭成功逝世後，台諸將舉鄭成功之弟鄭世襲護理國事，而黃昭、蕭拱宸等人又以鄭經“**”，不堪作為台灣之主，鄭泰擁護的就是鄭世襲，並和鄭世襲的骨幹黃昭有過密切的往來。
鄭經在知曉這些後，在思明繼位發喪，以陳永華為諮議參軍、周全斌為五軍都督、馮錫範為侍衛，整師準備渡台。在渡台後發現了鄭泰和黃昭的來往信件，對鄭泰起了殺心。於是，康熙三年（1664年）的六月七日，鄭經設計誘鄭泰到自己的帳中飲酒，將其勒死，然後派兵抄了他全家。
鄭泰的弟弟鄭鳴駿及其兒子鄭纘緒走投無路，便集結了手下四百餘人、兵馬一萬餘，船三百艘來到泉州港，表達了對清朝的歸順。此時的康熙還處於四大臣輔政時期，朝廷認為此事就是收複台灣的最好時機，經過朝廷內部一致商議決定，派海澄公黃梧、福建總督李率泰、提督馬得功分別從海澄、同安、泉州三路攻打鄭氏盤踞的金廈。
十月十九日，馬得功所部與鄭軍在金門烏紗港大戰，清軍因不善水性而大敗，馬得功投海自盡，但黃梧、李率泰兩路人馬則成功打敗了鄭軍，守護高崎的鄭軍投降。鄭經退守銅山，清軍收複了金廈。隨後，李率泰到處招降，並開出優厚條件，鄭軍軍心渙散，但此時的鄭經依然不投降。
招降鄭經的部下讓清軍看到了希望，於是，清廷從兵部、戶部各派兩名官員長期在福建、廣東、浙江、江蘇四省誘降鄭軍中下級軍官，條件是：不問真偽，凡是海上武官率眾投降按原官銜繼續當官，單個人投降的，降四級續用，有立功者降二級續用，同時，武官也可以改為文官。
這一招降的條件實在太優厚了，鄭軍上下人心浮動，大家爭相投降，已無心再戰。其中，鄭經將領林順在他的好友施琅的鼓動下投誠，並且，帶領文武官員3985人一起投到清軍麾下。還有周全斌、皇廷二人，他們原是鄭經退回台灣後留在銅山斷後的，但他們不想遠離家鄉，所以也選擇了投降。
康熙十二年（1673年），三藩之亂爆發，已經退居台灣的鄭經發現有機可乘，於是，他派船隊集結於澎湖，準備兵變。第二年三月，耿精忠叛變，在他的邀請下，鄭經開始攻打廈門。當時，清軍的主力在與吳三桂的戰場上，耿精忠又在攻打江浙，鄭經趁機占領了閩海、粵東沿海部分地區，包括漳州、泉州、汀州、興化、邵武等地和潮州、惠州、廣州的一部分州縣。其實，鄭經的本意並不是和三藩合作，而是想借此機會拿回自己從前在閩粵的據地，而這兩個地方，原來在耿精忠和尚之信的控製之下，且他們的矛盾也在逐漸激化。
麵對此種情況，康熙並沒有兼顧兩個戰場，而是將主力放到了對付三藩上，對於鄭經，他采取的是暫時擱置的策略。康熙十五年（1676年）十月，康親王傑書親率大軍從浙江出發攻打福建，此時的耿精忠被南麵的鄭經牽製，無法抵抗，被迫向清朝投誠，並且當了馬前卒，轉而矛頭對準了鄭經，如此，鄭經開始遭到雙麵勢力的攻擊。
兩月後，鄭經在邵武、烏龍江戰場失敗，廣東全省丟失，他不得不縮短戰線，退到汀州，第二年春，興化、漳州、泉州也被清軍拿下，此時的鄭軍不得不退守到廈門、金門島嶼。
此事，清軍和吳三桂的隊伍之間打得正如火如荼，清軍無暇顧及台灣，康熙決定趁勢勸降，於是，他派傑書前往廈門招撫鄭經，希望鄭經能在敗北的情況下與清廷坐下來和談，但鄭經堅持自己的談判條件——不剃發、不上岸。
康熙十六年（1677年），朝廷再次作出重大讓步。隻要鄭經歸順，答應鄭氏在閩粵沿海“擁兵東歸，世守邊土”，可以考慮對鄭氏按朝鮮事例處理。鄭經又提出“資以糧餉”等苛刻條件，致使和談破裂。
康熙鄭重承諾：“若鄭經留戀台灣，不思拋棄，亦可任從其便。至於比朝鮮不剃發，願進貢投誠之說，不便允從。朝鮮係從未所有之外國，鄭經乃中國之人。”據此可見，凡此種種，康熙皆以最大誠意招撫，而鄭經則每每借口托詞，其實質正是“請照琉球、高麗外國之例”，即“台獨”。這也正是康熙皇帝、清朝政府和全體中國人民斷然不能答應的。康熙皇帝的底線——不允許台灣以任何形式獨立。
康熙十七年（1678年）農曆二月，鄭經突發派手下大將劉國軒突襲漳州，清軍在無戰鬥準備的情況下匆匆迎戰，接連戰敗，鄭軍乘勝攻克同安、海澄，之後派遣一部分兵力北上，剩下一部分據守漳州。
康熙認為漳州失守罪在福建總督朗廷，他指揮不力，在康親王傑書的推薦下，福建布政使姚啟聖走馬上任。他在上任後不久，就提出破敵妙計，並且給康熙寫了奏折，康熙看後，大為讚賞。這是因為姚啟聖秉持的康熙的原則——一麵扭轉戰局，另一麵繼續派人到廈門招撫鄭經。為了擴充兵力，他大力整頓充實綠營兵，革除各種兵役，且招兵買馬，加強軍力，做好萬一和談不成需再戰鬥的準備。政治上，他首先穩定民心，幫助百姓解決實際困難。
同時，姚啟聖改變了朗廷懷疑閩人與鄭氏勾結的做法，且在民間廣貼告示，不許挾嫌陷害，告示一貼出，便深得民心，這為後來成功收複台灣打下了基礎。在康熙的安排下，姚啟聖注重策反和招撫工作，取得了十分顯著的效果。
首先，姚啟聖下令保護沿海與鄭軍有鄉鄰親戚關係的人，且廣貼告示，消除了鄭氏官兵的後顧之憂。
其次，姚啟聖在漳州設置了“修來館”專門負責招降鄭經大軍。專門招撫鄭氏官兵，凡來投誠者一律發給銀牌以示獎賞。有官職的上報吏部以原職起用，有逃走再來冒領獎賞者也不追究。
命令發出後，投降的士兵紛至遝來。兩年內，共招撫明鄭官員5153名，士兵35677名，或就地入伍禦敵，或隨行征剿，推心置腹不疑，異於郎廷之懷疑閩人而不敢用。1679年初，五鎮大將廖瑞、黃靖、賴祖、金福、廖興及副總兵何遜等都各自帶領所屬官兵來歸，文武官員一共374人。不久，紀朝佐、楊廷彩、黃柏、吳定芳、鄭奇烈、陳士愷也相繼投誠，後又有水師五鎮蔡中調、征夷將軍江機、楊一豹子等人率部下十餘萬人投誠。
與此同時，他還在鄭軍內部散播鄭軍即將投誠的假消息，並且離間鄭軍內部的一些部將，給他們送禮物，讓他們互相猜忌，這些都取得了很好的效果。
姚啟聖的這些招撫政策得到了康熙的大力支持，海澄公黃芳泰原駐漳州，後到汀州，在這兩個地方頗有勢力和威望，因黃芳度與其家屬被鄭軍殺害，鄭軍的將士不敢來漳州投誠，為此，姚啟聖奏疏康熙，希望能讓海澄公黃芳泰出汀州，康熙準奏，讓黃芳泰攜其家眷回到京師。
在姚啟聖的一係列措施下，清軍收複台灣的實力得到了擴充，穩定了軍心，敵對勢力也被大幅削弱，這為後期成功收複台灣奠定了基礎。
在這樣的情況下，康熙命姚啟聖連續給鄭經寫信，對其進行招撫，姚啟聖按照康熙的旨意，在信中對鄭經曉之以情、動之以理，且言辭懇切，經過一再爭取，鄭經也開始逐漸妥協了。
康熙十八年（1679年），康親王傑書派蘇埕再赴廈門，讓其與鄭經談判，並承諾鄭經曾提出的按照“朝鮮事例，代為題請，永為世好，作屏藩重臣。”鄭經看到清廷做出了犧牲，也十分願意投誠，但就在這個節骨眼上，因為馮錫範的阻撓，此事告吹。
這是因為在清廷內部，對台灣鄭氏一直存在招撫和攻打兩種主張。主張攻打派主要是施琅。
施琅，福建省泉州府晉江縣（今晉江市龍湖鎮衙口村）人，祖籍河南固始，明末清初軍事家，清朝初期重要將領。
施琅早年是鄭芝龍的部將，順治三年（1646年）隨鄭芝龍降清。不久又加入鄭成功的抗清義旅，成為鄭成功的得力助手。鄭成功手下曾德一度得罪了施琅，施琅借故殺曾德而得罪了鄭成功，鄭成功誅殺了施琅父親與兄弟。由於親人被鄭成功殺害的大恨，施琅再次降清。施琅投降清朝後，被任命為清軍同安副將，不久，又被提升為同安總兵、福建水師提督。康熙二十年（1681年），康熙帝采納了李光地的意見，授施琅福建水師提督，施琅積極進行攻討台灣的部署準備。康熙二十一年（1682年），康熙帝決定攻台，命施琅與福建總督姚啟聖一起進取澎湖、台灣。康熙二十二年（1683年）六月，施琅指揮清軍水師先行在澎湖海戰對台灣水師獲得大勝。上疏籲請清廷在台灣屯兵鎮守、設府管理，力主保留台灣、守衛台灣。因功授靖海將軍，封靖海侯。
施琅向康熙上了一道《盡陳所見疏》，在裏麵陳述了如何用武力收複台灣的方法——武力與安撫並用，但側重點在前者，但也提出無論哪種方法，都要根據具體情況而定，敵順則撫，敵逆則剿，既然朝廷三番四次安撫都沒起到決定性效果，那麽，就應該采取武力鎮壓。
可惜的是，康熙當時還處於四大臣輔政時期，尤其是鼇拜專權，對施琅送去的奏章非但不理，還直接解除了他的兵權，讓其留在京師，任內大臣，這其實隻是一個閑職。此時的康熙認識到，一直招撫無果，那麽收複台灣就不能放棄武力，因此，他決定有必要建立一支強大的水師。
康熙十八年（1679年）八月，康熙下令重建福建水師，調鎮江將軍王之鼎為水師提督，四月，康熙以在洞庭湖大敗吳三桂水軍的方正色為提督，從江南、浙江挑選百艘戰船編入福建水師隊伍，這樣，一隻足以和鄭經水軍相抗衡的海上軍隊就建成了。
水師的建成，果然發揮到了作用。第二年二月，清軍分水路和陸路兩路進行攻打，勢如破竹，鄭經慌亂逃回台灣，鄭軍三百艘戰船歸降。
經過八年之久的金廈拉鋸戰，鄭經的勢力在各方麵的打擊下，已經搖搖欲墜，而清軍重建水師後，鍛煉了海戰的能力，統一的條件日臻成熟。