康熙親政後，很快，索尼也去世了，蘇克薩哈被殺，四大輔臣隻剩下一個無足輕重的遏必隆，鼇拜更加肆無忌憚，為所欲為。按照班次，在朝堂上，應該是鼇拜在遏必隆左邊，而遏必隆在鼇拜右邊，但在一次上朝時，遏必隆特意後退，低頭哈腰地向鼇拜謙讓說：“我怎好上座？”鼇拜聽完後，大為得意，隨即也不推辭就上座了。鼇拜的黨羽在上奏列名時，更是直接將鼇拜放在遏必隆前麵，鼇拜的爵位也不斷提升。康熙六年時，鼇拜受封通火一等功，康熙七年時，更是直接擢升為太師。直到清朝滅亡，也隻有鼇拜和遏必隆有這一稱號。
慢慢地，鼇拜越發囂張了，他的勢力遍布朝廷內外，所有的政事，都要先在他的家庭內部商討過後，再進行實施，對於朝廷官員的任命，完全按照鼇拜的喜好來。比如，有史料記載，康熙曾任命了馬希納為戶部尚書，但是鼇拜堅決將自己的侄子瑪爾邇賽補任，這就造成了一個職位兩個官員的情況，後來，他的侄子更是連戶部大權也抓住了。
最讓康熙看不過去的是，鼇拜經常在朝堂上當著康熙的麵大聲訓斥下麵的官員，儼然一副自己才是天子的模樣，康熙意識到，如果不鏟除鼇拜，將對自己的政權有巨大的威脅。
事實上，在康熙已經親政時，鼇拜就不想歸政於他。當時在康熙宮廷中的法國傳教士白晉記載說：“在康熙十五六歲時，四位攝政王中最有勢力的宰相（即鼇拜），把持了議政王大臣會議和六部的實權，任意行使康熙皇帝的權威，因此，任何人都沒有勇氣對他提出異議。”此時的鼇拜已經對康熙的皇權構成了嚴重威脅。
康熙決意鏟除鼇拜集團，但要達成目的，還需要一個完善、周全的計劃，鼇拜黨羽已經遍布朝廷內外，行動稍有不慎，必將打草驚蛇，釀成大變。康熙決定不露聲色，於是挑選一批身強力壯的親貴子弟，在宮內整日練習布庫（滿族的一種角力遊戲，類似摔跤）為戲。鼇拜見了，以為是皇帝年少，沉迷嬉樂，不僅不以為意，心中反而暗自高興。康熙八年（1669年）五月，清除鼇拜的時機終於到來。康熙先將鼇拜的親信派往各地，離開京城，又以自己的親信掌握了京師的衛戍權。這時康熙皇帝早已布好六連環計策，意在生擒鼇拜。
六連環計策：
一連環：康熙和孝莊太皇太後聯同愛新覺羅家族、赫舍裏氏家族、鈕鈷祿氏家族。三大家族合並，共同對付鼇拜。
二連環：索尼之子索額圖奉命調任康熙侍衛，當天索額圖在門外站崗，繳了鼇拜的武器。
三連環：鼇拜所坐的椅子，右上角的腿是鋸斷又簡單黏合的。因為他麵聖，身子要朝皇帝那方傾斜，因此這折了的腿不會用上力。
四連環：十幾個布庫少年中，最厲害的兩個，一個在椅子後麵服侍；另一個則端上在開水中煮了一個多時辰的茶杯，給鼇拜送茶。
五連環：將生擒鼇拜的地點選在寬闊的武英殿。
六連環：將訓練好的十幾名布庫少年藏於武英殿內。
此前，康熙召集身邊練習布庫的少年侍衛說：“你們都是我的股肱親舊，你們怕我，還是怕鼇拜？”大家說：“怕皇帝。”一群小毛孩子，其實他們連鼇拜是誰都不知道。
擒拿鼇拜當天，鼇拜受皇帝召見，進入武英殿。在門外，索額圖讓他交出武器。鼇拜大意了，心想：就算交出去他們也奈何不了我，再說一個小皇帝能把我滿洲第一勇士怎麽樣呢？於是交出了隨身佩劍。鼇拜來到武英殿之上，康熙一聲令下：賜座！鼇拜就坐在了那經過改裝的椅子上。鼇拜身體向著皇帝，下麵都按照原定的計劃進行，功夫第二好的布庫少年喬裝成太監給鼇拜送茶，鼇拜接過茶杯，拿蓋子的時候，覺得非常燙，要把茶杯摔了。但他不敢衝皇帝，因為那樣是大不敬。身子就靠向了那條殘廢的椅子腿，這時，椅子後麵的布庫少年用力一推椅子，使鼇拜整個身子連同茶杯都摔在了地上。布庫少年大喊：快來救鼇少保！這時早已埋伏好的十幾個布庫少年一擁而上。鼇拜還天真的以為他們是來扶自己的，哪想到他們竟是要擒拿自己！當把鼇拜弄得不能動彈了，康熙突然起身，讀起鼇拜的三十大罪狀來。當念到“淩遲處死”時，鼇拜掙脫了這十幾個孩子。脫下上衣，露出了滿身的傷痕。指著康熙皇帝：“我鼇拜一輩子，哪一天不是為了你們愛新覺羅打天下！你們卻如此對我！”康熙原定的淩遲處死鼇拜，已經不能實現了。後來經各大臣的建議，改為了終身監禁。一代驍將就這樣戲劇性地敗在一群少年手下。
當鼇拜在監獄中度過的第一個月，就是他一生經曆的兩起兩落的最低穀。他天天在想為什麽，越想越生氣，越生氣越想，最後於1669年被自己活活氣死在監獄之中。
鼇拜被擒後，其黨羽也被迅速控製起來。智擒鼇拜這一年，康熙剛滿16歲。
從公平公正的角度來說，鼇拜在輔政期間，還是有不少功勞的，況且，他也沒有篡位謀利，也沒有貪汙受賄，對於清廷來說，他也是有功之人，康熙五十二年，當康熙已到晚年時，他仍然提到鼇拜：“憶及數事，朕若不言，無敢言之人，非朕亦無知此事者……我朝從征效力大臣中，莫過於鼇拜巴圖魯者……鼇拜功勞顯著，應給世職。”
這些話的背後透露著康熙對鼇拜一生功勞的肯定，也表現了他當時擒拿鼇拜的無奈，也正因為此，康熙才沒有立即處死他。雍正帝登基後，“賜鼇拜祭葬，複一等公，世襲罔替”，並於雍正九年加封超武公。
就這樣，康熙終於從真正意義上開始親政了，雖然大權在握，但少年天子的他也知道，前麵的路並不平坦。