康熙帝決定撤藩。三藩勢成割據，嚴重威脅著清朝的統治和國家的統一。早在清世祖死時，吳三桂擁兵北上入祭，兵馬塞途，居民走避，清廷恐吳三桂生變，命其在城外張棚設奠，禮成即去。後來，朝中也有一些官員提出要限製三藩的實力，其中就有一個叫王熙的官員上疏指出：“宇內甫平定，而三藩各擁重兵，吳三桂尤強，擅署置官吏，寢驕蹇，萌異誌，子應熊以尚朱，居京師，多聚奸人，散多錢交通四方。”他向朝廷提出建議，裁剪三藩的軍隊數量以及他們的軍餉，這樣不但能削弱三藩的實力，也能充實國庫。
其實，在康熙登基、四大臣輔政時，朝廷就開始準備一步步收回和削弱三藩的勢力和權力了。比如，吳三桂手上有一枚“大將軍印”，這是順治帝授予給他遠征雲貴的，以此掌握征伐大權，但是吳三桂在平定了雲貴後，這枚“大將軍印”他卻遲遲不肯上交，在四輔臣的反複促使下，吳三桂被迫將“大將軍印”上交。
康熙五年，玄燁還未親政，朝廷又將三藩的用人題補之權裁除去，而過去吳三桂對雲貴、廣東、福建的官吏任免權也收獲。
康熙親政後，一開始並沒有命令宣布撤三藩，他采取軟硬兼施、循序漸進的方法，一方麵安撫三藩，另一方麵派朝廷官員到雲貴、廣東、福建擔任總督、巡撫等要職，對三藩的勢力進行約束。而吳三桂等人則嗅到了清廷對自己的政策變動的氣息，他最害怕的是朝廷“過河拆橋”“卸磨殺驢”，所以不斷試探朝廷，不過他在自己的利益沒有受到損害的情況下，他也適度妥協了一些，不過三藩和朝廷之間的矛盾早已不可調和，尤其是軍權上，三藩始終不肯交出，這成了後來康熙撤三藩的最大原因。
怪在這緊要關頭，一個突然的事件引發了朝廷一場撤藩還是不撤藩的大討論。
康熙十二年（1673年），謀士金光對尚可喜提出建議，讓他主動提出撤藩，進而讓朝廷將爵位傳給他的兒子尚之信，於是，他上疏稱：“臣年七十，精力已衰，願歸老遼東，有舊賜地畝房舍，乞仍賜給，臣量帶兩佐領軍兵，並藩下閑丁孤寡老弱共四千三百九十四家，計男婦二萬四千三百七十五名，其歸途夫役口糧，請敕部撥給。”尚可喜這一番言辭著實讓康熙很高興，他認為這是解決三藩問題的最好時機。隨即，他拿出紙筆進行批複，同意了他的請求，順便下令尚可喜率諸子、家人以及手下的一些官兵遷至遼東海域，然後派禦前侍衛親自到廣東尚可喜家宣讀自己的諭旨，並且還賜給尚可喜一家諸多物品，比如貂皮帽、天馬裘、四團龍掛腰帶等，以此表示對尚可喜父子的寬慰。
很明顯，尚可喜上疏的本意並不在此，他是想退位讓賢，自己退休養老，讓自己的兒子接替自己繼續做一方霸主，但他沒想到康熙帝會如此處理，但即使內心不平，也已經無可奈何，且尚可喜退休和康熙撤藩的消息馬上傳遍了朝廷內外。
很快，耿精忠知道後，也主動上疏撤藩。但是吳三桂很猶豫，他所管轄的雲貴是朝廷的邊防，也是一條防護線，自己也曾對朝廷有功，朝廷未必敢於動他，如果也上疏自請撤藩，或許可以消除朝廷的疑慮。
不過，這不是吳三桂的真實想法，他希望能和明朝的沐氏一樣“踞滇中”，平定雲貴之初，洪承疇也向清廷建議：“岩疆難靖，援明黔國公沐英世鎮例，請（吳三桂）移藩久鎮”，並獲得清廷準許。也就是說，吳三桂雖然擁兵自重，但卻未想過謀反，他隻想守著雲南，安享晚年。他的謀士劉玄初曾勸他說：“上思調王，特難啟口，王疏朝上而夕調矣。彼二王辭者自辭，王永鎮雲南，胡為效之耶！不可。”而吳三桂聽了，卻擺擺手說：“予疏即上，上必不敢調予，具疏所以釋其疑也。”
於是，這年七月，吳三桂和尚可喜以及耿精忠一樣，也向朝廷上了一道奏疏，其中說道：“臣駐鎮滇省，臣下官兵家口，於康熙元年遷移，至康熙三年遷完。雖家口到滇九歲，而臣身在岩疆，已十六年，念臣世受天恩，捐糜難保，惟期盡瘁藩籬，安敢遽請息肩。今聞平南王尚可喜有陳情之疏，已蒙恩鑒，準撤全藩，仰恃鴻慈，冒幹天聽，請撤安插。”
吳三桂一直認為康熙會挽留他，但他錯了，康熙認為這就是撤藩的最好時機，在看完吳三桂的折子後，康熙馬上將大臣們召集起來商議此事，大臣們認為吳三桂此舉不過是在試探朝廷，一旦批複同意，吳三桂勢必會造反，有戶部尚書米思翰、刑部尚書莫洛主撤，明珠讚同。康熙權衡再三，堅持說：“三桂等蓄謀久，不早除之，將養癰成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先發”。
於是，康熙下令撤藩，讓吳三桂在限期內搬到山海關外，隨後，清廷命朝廷官員等赴雲南、廣東、福建，會同該藩及督撫商榷移藩兵事宜。隨後，清廷以陝西總督鄂善調任雲南總督，寧夏總兵官桑額為雲南提督。很快，三藩割據一方的形勢將會迅速失去，而康熙的這一決定使三藩的利益受到了極大的損害，這也促使吳三桂加緊密謀。
本來吳三桂、耿精忠上疏請求撤藩，隻是形勢所逼，心存僥幸，並非其本意，所以朝廷決定撤藩，完全是出乎他們的意料。正在朝廷為遷藩進行著周密的安排和計劃時，大失所望的吳三桂也開始暗中緊鑼密鼓地部署兵馬了，他封鎖雲貴道路，隻許入而不許出，並積極勾結他省的舊部，又與耿精忠相互聯絡，準備起兵。