從某種程度上來說，康熙假借三藩上疏請求撤藩的借口下令撤藩，其實存在著武斷的成分。在康熙看來，撤藩是你們自己提出的，隻要撤藩令一下，你們就必須要拱手相讓，更不會叛亂。康熙太過自信，以至於當他知道吳三桂起兵時，還未有絲毫準備。再看吳三桂，一方麵和朝廷的官員虛與委蛇，蒙蔽朝廷，另一方麵又積極準備、招兵買馬、聯絡舊部，準備起兵。
清廷下令撤藩的決定徹底擊碎了吳三桂“世鎮雲南”的幻想。在撤藩令下來以後，吳三桂第一時間暗中指使其黨羽向撤藩使者請願，要求朝廷撤銷這一決定，在被否定後，他又找各種借口拖延執行時間，與其心腹密謀叛亂。
吳三桂認為，雲南雖然偏居一隅，但自己已經鎮守雲南十幾年，早已雄霸一方、兵力十足，並且，他的舊部和黨羽遍布各省，比如，雲南的十鎮大帥、貴州提督李本深、四川總兵吳之茂、陝西提督王輔臣等，隻要自己拉起起兵大旗，這些人勢必會一呼百應，而清廷的開國老將早已垂垂老矣，康熙帝不過是個乳臭未幹的黃毛小子，根本不足為慮，自己的兒子吳應熊在北京，但其是額駙，況且自己兵強馬壯，“朝廷必不殺，以為之招”。
他還指使其黨羽以“九天紫府劉真人”的名義吹捧自己是“中國真主”，為反叛大造輿論。
在經過一陣短暫的準備後，康熙十二年（1673年）十一月底，吳三桂鋌而走險，殺巡撫朱國治，自號“周王天下都招討兵馬大元帥”，令部下“蓄發，易衣冠”，起兵雲南。
吳三桂在“矢忠新朝”三十年後，又扯起了“複明”的旗號。反叛之前，率部下祭掃桂王陵墓，“慟哭，伏地不能起”，對部下大加煽動。反叛之後，發布檄文，指責清朝“竊我先朝神器，變我中國冠裳”，並聲稱要“共舉大明之文物，悉還中夏之乾坤”。
吳三桂起兵初期，叛軍乘銳連下貴州全省、湖南的衡州。與此同時，靖南王耿精忠、平南王尚之信和吳三桂在各地的黨羽紛紛響應，比如四川之鄭蛟麟、譚弘、吳之茂，廣西之羅森、孫延齡，陝西之王輔臣，河北之蔡祿等也先後揭起叛旗，以此對抗清朝。所以，在三藩之亂初，吳三桂勢力幾乎就占據了半壁江山。相比於靖難之役中的燕王朱棣，吳三桂可謂迎來了夢幻般的開局。
在吳三桂看來，自己的軍隊戰鬥力遠勝於清廷的八旗軍，他舉起反清大旗，更可以爭取廣大漢族人民的支持，而年輕的康熙絕非自己的對手，認為自己是勝券在握了。
吳三桂起兵，貌似順利，其實隱藏著巨大的隱患。
第一，吳三桂反清的理由不充分。
吳三桂打著“反清複明”的口號反叛清朝，這一點根本站不住腳，吳三桂的“曆史”天下人都明白：其一，明朝末年，是吳三桂打開山海關為清兵做了馬前卒，把他們放進來的；其二，南明的永曆帝，是吳三桂追到緬甸去把他殺死的。吳三桂“叛徒”打著“反清複明”的口號，無非是讓更多人恥笑，即便是那些反清複明的仁人誌士，也不恥與他合作。
第二，響應吳三桂的藩鎮雖多，但真正能與之同心協力的很少。
在吳三桂起兵時，雖然有很多藩鎮響應，但是卻並不聽他的號令，每一個造反的藩鎮，所考慮的都是自己的利益，而且是眼前的、一時的利益，而不是長遠的、全局的利益，吳三桂對他們發號命令，他們根本不聽，也不執行，最典型的就是甘肅的王輔臣，雖然他是從吳三桂身邊走出去的，吳三桂也在極力拉攏他，請他出任總管大將軍，但他其實並不聽吳三桂節製。
另外，藩鎮們在吳三桂和清朝之間搖擺不定，瞻前顧後。其中，曾經多次反複的包括耿精忠、尚之信、王輔臣、孫延齡等。可以說，除了吳三桂，以及老牌抗清將領鄭經（鄭成功的兒子），基本上都是在反叛和投降清朝之間搖擺，造成叛軍隊伍混亂不堪。由此可見，叛軍隊伍雖然強大，但真正拚盡全力戰鬥的卻很少。
最重要的是吳三桂和其他造反藩鎮之間為了自身利益，矛盾太多，大大消耗了自身力量。比如鎮守廣西的孫延齡，先受吳三桂的拉攏，舉起反清大旗。但是在清朝的招撫下，又投降清朝。後來，吳三桂的孫子吳世琮擊殺孫延齡。孫延齡的部眾又和吳世琮發生矛盾，攻擊吳三桂軍隊，後來還成為吳三桂後方的心腹大患。可以說，內部消耗是造成吳三桂起兵失敗的重要原因。
第三，吳三桂在戰略上出現巨大的失誤。
吳三桂在湖南戰場之後，犯了一個致命性的錯誤，這讓清廷贏得了足夠的時間來部署和調兵遣將，吳三桂認為憑借長江之險，能和清廷分庭抗禮，最後實現就算打不敗清軍，也劃江而治的目的，畢竟，割據南方一直是他以來的夢想。所以，他沒有聽從部下的建議，進行北上或者南下，或是出巴蜀、據漢中，而是分兵湖南、江西、湖北、逐地爭奪一些價值不高的城鎮，造成戰機貽誤。
但是，我們看曆史上，從來沒有一個政權，可以依靠長江，守住南方防線的。必須要深入中原腹地，才可以取得勝利。但是年邁的吳三桂失去進取心，不敢深入中原，因而失去進攻的好機會。
第四，清軍采取各個擊破的策略鎮壓叛軍。
各路藩鎮跟著吳三桂起兵，清軍采取的是以招撫為主的策略，康熙下令，隻要他們投降，可以既往不咎，還可以對他們加官進爵，但是對起兵頭目吳三桂，清廷則堅決打擊。另外，吳三桂與個別藩鎮之間本身就有矛盾，導致了他被孤立起來。
第五，吳三桂最後階段稱帝，讓他徹底失去百姓和其他勢力的支持。
吳三桂是打的“反清複明”的旗號造反的，表麵上看，他尊奉所謂的朱三太子，實際上，任何一個明朝皇室後裔他都沒有遵奉，但這還能勉強說得過去，但是最後階段，他竟然稱帝，這就更站不住腳了，這樣一來，他便失去了兩方麵的支持。一是普通老百姓的支持，二是各反叛藩鎮的支持。失去這些支持，誰還願意跟隨他打仗？
可以說，在清朝分化瓦解及吳三桂自己作死的雙重作用下，吳三桂走向了滅亡的邊沿。