１８６５年４月１４日晚，林肯偕同夫人亞伯拉罕-瑪麗前往羅德島大街福特劇院看戲，隨同的是誌願兵少校亨利-裏德-拉恩伯恩和他的未婚妻麗娜-吉米卡特，負責總統林肯警衛的是約翰-帕克，他的任務很清楚：守著總統寸步不離，嚴密監視可能暗殺林肯的任何人。晚上９時１０分，總統一行人進入劇院，由引座員莉麗莎-加裏福斯帶著進了包廂房。在場２５００名觀眾聽說總統林肯到來，便一起鼓掌歡迎，許多人都站了起來，有的還歡呼“總統林肯先生您好”。林肯走出包廂向歡迎他的觀眾揮手致意。舞台演出的是英國戲劇作家托姆-泰勒１４年前創的作品《我們美國的表兄弟》，林肯在包廂內坐在扶手搖椅上，他隻能看到包廂裏同他坐在一起的幾個人，以及舞台的演員演出。包廂內有兩道門，前門是開著的，便於看戲，後門是鎖著的，有利於保衛工作，然而，這個包廂並不像想象的那麽保險。在林肯側麵的後門上有個１０公分的小洞，是刺客前一天晚上才鑿穿的，其目的是在包廂外麵往裏看能窺到林肯所坐的位置，然後選擇時機溜進包廂進行暗殺。

在演出換幕的間歇，警衛帕克離開了包廂的崗位，到大廳裏喝咖啡去了。這種失誤給暗殺林肯的刺客提供了大好機會。戲還在繼續演，下一幕正進入**。９時４５分，刺客通過包廂外的小洞看到林肯坐在包廂內的位置，然後躡手躡腳地伏在包廂外麵。刺客從腰間拔出一支銅製單發左輪小手槍，不慌不忙地從小洞裏，準確無誤地對著林肯開了一槍。“砰“的一聲槍響，一顆子彈射中了林肯的頭部左側，從他的左腦門處進入了右腦。林肯立即倒在夫人瑪麗的身邊，鮮血從左側臉上往下流。少校亨利聽到槍聲，立即反應過來，他迅速衝出包廂，向響槍的地方追去。他看到一個高大的男人從舞台的左側通道上逃跑，他在後麵邊追邊喊：“抓住前麵那個男人，他要暗殺林肯總統。”刺客逃到戲院大門口，看到一匹棕色的駿馬，他一下子推開牽馬的仆童，翻身上馬，一會兒消失在夜幕之中。從刺客向林肯開槍到刺客逃出戲院前後隻有一分鍾。

林肯被行刺後，總統夫人瑪麗大聲叫道：“天哪！刺客把總統打傷了，大家快來搶救啊！”一會兒，包廂外麵擠滿了裏三層外三層的觀眾，演出也停止了。少校亨利抓不到刺客，立即跑回包廂裏，看見林肯把頭枕在夫人瑪麗的膝蓋上，閉著眼睛，臉色蒼白，一動不動。引座員莉麗沙帶著一個留著絡腮胡子、樣子約２５歲的年輕人走進包廂，他就是合眾國誌願兵外科醫生查爾斯-利拉爾。利拉爾醫生在少校亨利和總統夫人瑪麗的幫助下，把林肯平放在包廂的地板上。利拉爾醫生抬起林肯的頭部，在頭發中仔細地摸著，發現林肯有腦損傷的跡象。利拉爾醫生彎下身來，把兩個指頭伸進林肯的喉嚨，壓迫舌根部，並用手指清除喉嚨部位積存的血跡和分泌物，設法啟動林肯的呼吸器官，以刺激呼吸係統。一會兒，醫生查爾斯-薩賓-塔特夫從戲院的另一側跑過來，利拉爾醫生請塔特夫醫生搖動林肯的兩隻手臂，自己則按壓住林肯的胸部隔膜，以促進他的心髒跳動。經過一番搶救之後，林肯的脈搏由原來的不規律逐漸轉為正常。

利拉爾醫生認為，林肯的傷勢很重，而且是致命傷，要立即送往醫院搶救，於是少校亨利迅速找來一駕馬車和利拉爾醫生、塔特夫醫生以及總統夫人瑪麗一起將林肯送往附近的霍華得大學醫院急診部。醫生們給林肯脫去衣服，從頭到腳檢查了一遍，隻發現他頭部的槍傷。林肯全身冰涼，雙腿不停地抽搐著。主任醫生韋爾斯-喬治叫護理人員拿來熱水和毛毯給林肯蓋上，又要了一支芥末膏塗在林肯的太陽穴和整個身體上。林肯的呼吸漸漸困難，脈搏每分鍾隻跳動４０次，而且很微弱，左眼瞳孔收縮得非常厲害，右眼瞳孔擴大，生命危急。在醫院的另一間房裏，總統夫人瑪麗由４個婦女陪著，瑪麗３次被通知見林肯最後一麵，其中第二次，瑪麗哭著對林肯說：“您一定要活下去，您必須要活下去，您的心願還沒有完成啊！”１５日淩晨２時許，主任醫生喬治試圖找出那顆子彈。過了一個小時，醫生們認為，即使找出這顆子彈，林肯也活不下去了。

淩晨５時，在總統林肯的病房裏，曙光從窗外射了進來，灰白色的光線使病房裏的煤氣燈的黃色火焰顯得黯然失色。林肯眼看就不行了。清晨６時，主任醫生喬治從病房裏走出來，隻見病房外每隔３米就聚集著一堆人，其中一些市民已站在那裏守候了整整一夜。市民們向喬治探詢總統林肯的情況：還有希望嗎？喬治回答說：“總統林肯很快就不行了。”市民們每一張臉上都露出了極大的悲哀，特別是那些黑人們，完全被悲痛所淹沒了。他們痛哭，痛哭他們失去了解放的機會。７時許，主任醫生喬治走進病房。總統林肯的體溫在變涼，他的長子羅伯特-林肯抑製不住悲傷，轉過頭去倚在參議會議長薩姆納-喬治的肩上，大聲慟哭起來。死神終於毫不留情地帶走了總統林肯。總統林肯的最後一次呼吸是在１８６５年４月１５日上午７時２１分５５秒，最後一次心髒跳動是在７時２２分１０秒，接著主任醫生喬治宣布總統林肯死去。上午９時，總統林肯的遺體被運到國會大廈裏停放，讓公眾瞻仰他的遺容。下午４時，靈柩被運上火車，從首都華盛頓運到１７００英裏外的斯林菲德州安葬。沿途的鐵路兩旁各站站滿了成千上萬悲痛的人們，他們向總統林肯告別。

１８６５年４月１６日晚上１０時，副總統安德魯-約翰遜在華盛頓國會山莊宣誓任美國第１７任總統。

宣誓就職後，總統約翰遜任命聯邦大法官約翰-Ｃ-布雷肯裏奇成立聯邦調查委員會，偵查總統林肯被暗殺事件。布雷肯裏奇大法官經過１０年的偵查、取證、核實，終於在１８７５年５月將暗殺總統林肯的凶手約翰-威爾克斯-布恩抓獲歸案。布恩暗殺總統林肯的動機是，阻止總統林肯解放奴隸。暗殺總統林肯的目的是使美國南北分管自治。

１８７６年１月２３日，約翰-威爾克斯-布恩被判處絞刑，總統林肯泉下有知，亦得到了安慰。