劉銘傳帶上聶士成等人，一同策馬直奔台北府城。他們剛剛進了劉銘傳衙門，王詩正所部將士也到了。
“皆大歡喜呀！”劉銘傳緊緊拉住王詩正的手說。王詩正早就聽說劉銘傳是一個熱情、爽直的漢子，一見麵便有了深切的感受，心裏熱乎乎的。
“左季高大人可好？”劉銘傳問王詩正。
“老啦，但老脾氣不改。人們都說左大人是一個可大授而不可小知、可用人而不可為人所用的人……”王詩正有口無心地說。
劉銘傳不想在背後議論左宗棠什麽，便搖搖手打斷王詩正的話，道：“無論過去我曾與左大人有過什麽不快，但我一直承認：他有諸葛亮之才，絕非一般的人物。”
劉銘傳對左宗棠如此的評價令王詩正等很感動。王詩正為之動容，站起來說：“今天奉命來到台灣了，我就得聽從您劉撫台的調遣，決心不負朝廷的期望，為抗法保台建功立業。”
幾個人正在說話，就聽前線來報：法軍又有增援兵艦抵達基隆海口，一片備戰景象，勢必要發動新的進攻。這一消息使剛到台灣的聶士成、王詩正立刻緊張起來。但劉銘傳對此卻已看成家常便飯。劉銘傳笑道：“你們安頓下來，睡一夜好覺，明天早飯後把隊伍拉上陣地。”
當天晚上，劉銘傳在衙門擺上酒席，為新來的聶士成、王詩正等將領接風洗塵。大家心裏有事，都沒有多喝。散席後，劉銘傳全麵介紹了台灣目前的防務情況，提出了自己的主張，並特別強調：堅守陣地，將法軍圈定，消耗其兵員和彈藥，最後一舉全殲。因此，各軍不要輕易出陣接仗，穩紮穩打。
第二天太陽升起不久，聶士成、王詩正兩軍一千四百多名兵勇分赴基隆營地。聶士成一軍作為後援部隊，王詩正率所部駐紮六堵。六堵有一條大道直通台北府城，戰略地位十分重要。王詩正到達六堵時，附近營壘的蘇得勝、劉朝等一批將領趕來與之會麵，親切敘話。
劉銘傳在台北府城裏，這幾天心情高興。一方麵是朝廷新撥來兩支援軍，說明朝野上上下下不僅在關注台灣戰局，而且對自己孤懸海外是掛念的，不斷地設法給予支持。另一方麵，劉銘傳得到了確切可靠的消息：在台灣軍民對法軍的有力打擊下，法國政府上層互相推卸責任，互相攻訐日烈，從氣焰不可一世轉向僅要求保存體麵地從台灣脫身。特別是，就在上個月，清兵人馬在越南諒山地區反攻文淵州，大敗法軍，取得了諒山大捷的決定性勝利。這對於法國政府及在中國的孤拔侵台遠征軍都引起了極大的震憾與沮喪。這使得法國茹費理內閣終於不可挽回地倒台了。
劉銘傳沒想到：1885年三月四日，剛駐進六堵營地的王詩正急功近利，擅自率本部人馬遠離自己的陣地，到基隆法軍陸戰隊營地去尋敵廝殺，以圖一舉攻陷法軍大營，收複基隆，獨得此功。而法軍見狀，則趁虛而入，由征服過馬達加斯加的名將杜塞斯雷率一千多名敢死隊員，借助優勢炮火，從八鬥沿岸登陸，突然直奔月眉山。因相鄰的六堵成了空營，月眉山此時隻有曹誌忠、劉朝所部總計七百人駐守。曹、劉二將一麵奮力堅守，一麵派出快馬向蘇得勝的披寮隘卡營地求援。此時的基隆一線，劉銘傳所投入的兵力雖然不少，又來了援兵，但所要防守的山隘太多，兵力十分分散。蘇得勝聞訊後，七拚八湊抽出了五百人馳救月眉山。兩軍相互不斷增兵，雖打得激烈，但一天打下來也未分出勝負。
三月五日清晨，法軍又到了一批海上援兵，登陸兵勇共兩千人以上，自枕頭山、竹蒿山、龍潭堵三路分別向月眉山包抄過來。這月眉山是劉銘傳防守的主陣地，法軍此次誌在必得。孤拔已痛下決心：不管國內輿論對他如何責難，列強們對他如何不滿，他也要堅守在中國不撤一兵一卒，挽回自己的麵子，也以此證明自己遠征中國的正確。所以，他明知自己的後台茹費理內閣已經垮去，卻照樣我行我素，實施自己的作戰計劃。
月眉山守將曹誌忠見法軍大舉從三麵攻來，且兵力超過以往任何一次，他這才意識到自己又犯了一個嚴重錯誤：劉銘傳不讓他出陣浪戰了，他在私下裏曾鼓動王詩正尋敵廝殺。王詩正也正是受了他的鼓動，才從六堵營地裏率兵衝出去的。此事隻有天知地知，但曹誌忠一想到最終的結果，仍然冷汗直冒。
此時的曹誌忠已驚得雙目圓睜，大聲在營地裏喊道：“加大火力，把法國佬打退下去！他們此陣不過是虛張聲勢，你們不要怕！”
曹誌忠想給自己的將士們鼓勁。其實他最擔心自己的隊伍堅守不住月眉山。從基隆的整個防區來看，月眉山居中，是全線的腹部。如果失去月眉山陣地，便是腹背受敵了，極易造成基隆防堵戰役全線崩潰，前功盡棄。劉銘傳把曹誌忠、劉朝兩軍主力部分放在這裏，且在相鄰陣地派駐王詩正、蘇得勝等，就是看重了這個陣地的重要。
曹誌忠與劉朝組織拚死抵抗。不料法軍剛與曹、劉所部短兵相接，交鋒不久，突然戰旗另指，撲向另一座較矮的山頭，即戲台山。這戲台山頂部不大，近似一個大戲台，故名戲台山。它與月眉山峰座相連，沒有設置專門的營壘，由月眉山營地代為護衛。所以，戲台山被法軍所占，就等於已讓法軍跨進了月眉山陣地的大門。
曹誌忠已無良策扭轉大門已破的被動局麵了。經過一陣拚殺，曹誌忠、劉朝所部將士死傷過半。再硬拚下去，隻能是全軍覆滅了。曹誌忠正想撤退，幸好蘇得勝所派的五百名援兵由營官梁善明、遊擊鄧長安率領，從一側進入了月眉山陣地。但這支援兵僅僅是延長了兩軍拚殺的時間，卻造成了更為嚴重的傷亡。可歎剛進入陣地不久的營官梁善明身中數彈，氣絕身亡。遊擊鄧長安也身負重傷，一時昏迷不醒，被親兵抬到後山大營去了。出陣浪戰的王詩正聞訊月眉山告急，趕快回軍來救，但最終仍然挽回不了敗局了。
垂頭喪氣的曹誌忠、王詩正等見局麵被自己弄到這個地步，才被迫派出快馬飛報劉銘傳。劉銘傳氣得雙手發抖，急率親兵營五百餘人飛奔基隆。這邊，他剛出台北府城，那邊又派人緊急通知聶士成所部也趕往基隆救援。這已是三月五日深夜。劉銘傳、聶士成抵達基隆防線，已是清晨。人們隻見劉銘傳像一段枯木似地兀坐在岩石上，呆呆的。現在救援為時已晚，基隆河北部地區基本上全部被法軍占領。自己的隊伍已撤至基隆河以南的山地。
事已至此，劉銘傳召集各路主將磋商戰事，大家都一言不發，不時有一兩聲輕歎。有的在望著天空，有的在望著一棵樹，有人在瞅著劉銘傳坐的那塊岩石。人們都沉浸在陰淒的氣氛之中。
“你們都啞巴了麽？！”劉銘傳以沙沙的聲音喝斥道。
“劉大人，這些都是由我引起的錯！我率軍初入台灣，對您反複叮囑的不準迎擊，嚴防浪戰的話沒有放到心上去……”王詩正剛一開口，眼淚就流了下來。他擦眼淚時，歪頭瞄了一眼曹誌忠，曹誌忠嚇得趕緊低下了頭。謝天謝地，王詩正夠種，一人承擔了責任，沒有告發曹誌忠暗中對他的慫恿。
曹誌忠再也沒有勇氣站出來承擔絲毫責任了。但對於王詩正，劉銘傳卻軟下心來。他心想：王詩正畢竟初來乍到，又係左宗棠派來的部將，從嚴要求尚可，處理起來一定要從寬了，好讓湘軍過來的人，體會一下自己的大度。何況，戰事已緊急到如此地步，以山地設防的努力功虧一簣，現在的一切問題都得要向後麵放一放，全力奪回基隆才是。
於是，劉銘傳板著的麵孔緩和下來。他看見王詩正一臉傷痕加滿麵泥土，叫親兵端來一盆清水，又叫送來一碗香茶，讓他先擦擦臉喝點茶，並安慰道：“我不怪你了，從頭再打吧！”
王詩正心情十分激動，當即領命去堅守一個新的陣地：五堵。曹誌忠被分派到六堵和小坑一帶。林朝棟兩營人馬駐紮在小坑前麵的草蘭尖山頂。王廷理所部駐守暖暖街後河一帶。劉銘傳不敢丟下前線戰事回台北府城了，他親率聶士成、蘇得勝、劉朝所部的淮勇在六堵間紮下大營，以此扼守通往台北府城的大道。在基隆河北麵的港孜、大炭坑、馬陵坑一帶，劉銘傳也安排了兩營的兵力，作為前鋒機動使用，主要用來牽製法軍。
經過這樣一番周密安排，各軍各營的士氣又逐漸高漲起來。連日來，所有人馬都忙著構築營壘，擦磨刀槍，發放軍備，搬運糧草，修繕炮台，一派熱火朝天的戰前繁忙景象。劉銘傳的心裏這才踏實了一些。
已是午夜時分，六堵間一排排臨時搭建的營帳和竹棚裏，仍然燈光閃亮。在一排竹棚外麵，可以看見爐火熊熊。清脆的金屬撞擊聲，一聲聲傳進劉銘傳的耳朵裏。他走出行營，深情地向整個營地望去，又把目光落在竹棚外，他似乎看見了從鐵砧上飛濺的火星，看見了他的將士們滿是汗水的麵孔。劉銘傳一時心潮起伏難平。
他自己承認，他生性就是一個自視甚高、放浪不羈的人。自從十八歲那年殺人辦團練以來，幾十年了，大概除了曾國藩、李鴻章，很少有人放在他的眼裏。但人到了這個歲數，或許是經曆得太多，或許是時過境遷了，自己變得成熟了，穩重了，珍視人與人之間的感情了。他已經不是那種情感易起易落的輕薄之人了。他自覺要求他自己為人處世、辦事治軍，多用理智，少用感情。他崇敬也十分注意模仿學習曾國藩、李鴻章那種從容鎮靜、藏大智大勇於胸中而不露聲色的儒將風度。他知道自己學得還很不夠，做得更不似曾國藩、李鴻章他倆當年。今天這個夜晚，倒不完全在於剛剛的失利，不知為何，他的一顆心就像走火入魔一般不得安寧。他回到營帳裏，點燃一支香煙，閉上眼睛，斜靠在床頭上。
他的眼光投向了就懸掛在床前的那把七星指揮刀。他由此沉浸在寧靜的回憶之中。對於這把七星指揮刀，他身邊的將士們有許多猜測。有人說是他在當年攻陷常州時，從太平軍一個王府裏繳獲的，有人說這是李鴻章贈送給他的，還有人說是他進京陛見時，由慈禧太後欽賜於他的。他每當聽到這些猜測時都隻是笑而不答。其實這三種說法是沾了邊的，但都隻猜對了一半。這把七星指揮刀是同治三年時，李鴻章率淮軍攻下蘇州所得的戰利品。蘇州城裏財寶無數，李鴻章豈敢獨得？他眼珠一轉，拿出六十萬兩白銀和一些零星戰利品獻給朝廷，以表示不貪之心。所獻出的財貨中就包括這把七星指揮刀。這把刀一直存放在宮中，待劉銘傳奉旨渡海赴台前，慈禧太後靈機一動，讓太監將這把刀送予劉銘傳。臨危受命，慈禧的用意可想而知。劉銘傳深知，這把七星指揮刀雖不是慈禧太後在陛見時親手所賜，但多少也具有了一點尚方寶劍的含義。而正因為不是慈禧太後親手所賜，劉銘傳又感到有些名不正、言不順的味道。所以從未與人談及過。他還是很珍視這把刀，到台灣後一直帶在身邊。他感覺到朝廷對自己基本上是信任的。在1883年四、五月間，朝廷就曾諭令：讓李鴻章抽調若幹兵力，歸劉銘傳統領，赴廣西中越邊境駐守。但李鴻章深知劉銘傳早已是統領一方之才，所以期望能把劉銘傳用在東南海防的要緊之處，或者幹脆放在自己身邊，致使駐守廣西中越邊境之事未能兌現。
由李鴻章對自己的一番情誼，劉銘傳想到了當年的曾國藩。此次赴台，劉銘傳僅帶了三件物品，這些是被他視為寶物的。除了這把七星指揮刀以外，一件是洋朋友畢乃爾在北上剿撚時贈他的“千裏眼”，也就是今天仍然隨身攜帶的單筒望遠鏡。另一件呢？便是曾國藩大人當年贈他的一柄雕毛扇。曾國藩對劉銘傳的賞識是發自內心的。早在曾國藩駐軍周家口老營剿撚時，就曾為劉銘傳的《大潛山房詩鈔》作序，希望他用兵也能像寫詩一樣，“橫厲捷出，不主故常”。他提醒劉銘傳要十分注意養成一種“豪俠而具斂退”的性格。為此，曾國藩在離開剿撚前線時，特意將自己的雕毛扇贈予劉銘傳，用意是望他能學習古代名將周瑜，“羽扇綸巾，談笑間，檣櫓灰飛煙滅”。也就是說，他要劉銘傳改掉驕傲和急躁的脾氣，在任何情況下，指揮若定。
睹物思人，他心懷不盡的感激之情。他深深覺得自己這一輩子離不開曾國藩、李鴻章二人的指點和扶助。直至現在，遠在天津的李鴻章仍然在關注著他劉銘傳。他忘不了：在他1869年從剿撚前線歸鄉養病時，李鴻章就寫信勸導他：莫要效法信陵君以醇酒婦人自樂，而應該多讀古人書，靜思天下事，才可以斂浮氣，增定力。李中堂還說：像你劉銘傳這樣的人才，絕不是“終老林阿者”，而應是“及此閑暇，陶融根器，後十數年之世界，終賴挾持。”李鴻章對劉銘傳用心良苦，影響太深了。在二次回鄉賦閑時，他已看出國家邊境未靖，早晚會發生戰禍。所以，他暗暗下了決心：一旦國家有難，他就要挺身而出，不顧一切。那一次到金陵遊曆，全椒名士薛時雨談到劉銘傳憂國之慮、報國之情時，深為欽佩。薛時雨特意為劉銘傳的宅子手書一聯，道：
“仗英雄三尺劍，橫掃中原，卻東國旗，麾西土旄，豎南天柱，任北門鎖，聞聲破膽不言勳，但萬裏留題，處處輕紗籠勝跡；
披居士六朝衣，來尋舊雨，吟梁父詞，賭謝傅棋，顧周郎曲，策韓王蹇，拜爵抽身才及壯，勞九重垂念，年年優詔問元戎。”
這個晚上，在對許多往事的追憶中，劉銘傳覺得心境十分調和。他也想不通：怎麽能在一仗失利之後，反而平和下來了呢？完成對防守的重新部署以後，他不覺得有過分的焦灼，也沒有自得的歡喜，好像對下一步局勢的把握，已經胸有成竹了。他一個人靠在床頭抽煙，煙頭的白灰之下露出紅光，微微透露出暖氣，心頭的情緒便跟著那藍煙繚繞而上，一樣的平和，一樣的輕鬆。轉眼間，繚繞的青煙變成了一絲一絲的，慢慢看不見了，消失在營帳的頂部。而他自己的一切思緒，也跟隨著絲絲青煙進入夢鄉之中了。他隻是做夢也沒有想到，一份令他氣憤、難受、委曲的上諭幾經周折，已經送到了他的營帳門前了。
朝廷上諭是1885年9月3日，即光緒十年十一月八日就從京城發出的。兩個月後，這份足以讓劉銘傳氣昏的上諭才送到他的手上。讀著這份上諭，劉銘傳隻覺得眼前一片漆黑，昨晚平和了一夜的心情登時如大海的波濤一般，瘋狂地翻卷起來。他的整個身子癱倒在**，劉朝急忙上前將他扶坐起來。好半天，他才徐徐睜開雙目，長長歎了一口氣道：“惡人先告狀，天無公理，誰來評說？！”
原來，禍根還是出在那個混蛋朱守謨身上。五個多月前那場“撤基援滬”之戰大獲全勝後，朱守謨自知造謠誣陷、煽動紳民的劣跡敗露，從此失去了蹤影。他並沒有去別處，而是急忙逃離台北府城，直奔台南劉那裏去了。他利用劉與劉銘傳湘淮兩係之間的夙嫌，玩弄卑劣伎倆，繼續挑撥是非，顛倒黑白。
“你還是離開台灣吧！這裏是劉老麻子的天下。三十六計，走為上計！”劉說。他要朱守謨快快去福州找左宗棠大人：“左大人是坐鎮在福州的大學士。他在陝甘作戰期間，與劉老麻子結怨頗深，你去告劉老麻子一狀，左大人定會求之不得的！”
朱守謨聽從了劉的安排。劉專門為朱守謨寫下一封信，要他麵呈左宗棠。朱守謨乘一條漁船，偷偷離開台灣，一到福州就找到了左宗棠。
那天，左宗棠是懷著複雜的心情聽完朱守謨一番謊話的。對於台灣的局勢，左宗棠是關注的。但由於法艦遊弋於閩、台之間，封鎖海麵，所能溝通的消息甚少。在左宗棠看來：他劉銘傳雖屬自己節製，但又同時是李鴻章的人，從來不買自己的賬，所以，他也很難從台灣得到什麽情報。沒想到天上掉下個“林妹妹”，朱守謨上門告狀，對左宗棠無疑是一個驚喜。他不認識朱守謨，完全聽他的一麵之詞尚不足為信。但有劉親筆書信在此，就不可不信了。隻見左宗棠拿起剪刀，小心翼翼地剪開信套，裏麵跳出自己老部下劉的勁秀兼備的字跡。他擦了擦已經昏花的眼睛，然後抖開信紙，聚精會神地看了起來。朱守謨站在一旁，見左宗棠看著看著，臉開始微微抽搐起來了，手裏捏著的信紙也在輕輕地顫動。朱守謨憑直覺斷定：劉的信起作用了，左宗棠對劉在信上所說的一切深信不疑了。
“你去吧！我會立即參劾李彤恩和劉銘傳的！”左宗棠語氣堅決地說了一聲。他在打發走了朱守謨之後，揮筆寫起了奏折，稱：“惟以臣所聞台灣近日軍情，證以台灣道府及印委員稟報，則辦理實未盡合，有不敢不陳於聖主之前者。伏查法夷犯台，兵不過四五千，船不及二十艘；我兵之駐基隆、滬尾者數目盈萬，雖水戰無具，而陸戰則倍之。撫臣劉銘傳係老於軍旅之人，何以一失基隆，遂至困守台北，日久無所設施？臣接見閩中官紳，逐加詢訪，並據台灣道劉呈台北府知府陳星聚所奉劉銘傳付稟批，始知八月十三日基隆之戰，官軍已獲勝仗。因劉銘傳營務處知府李彤恩帶兵駐紮滬尾，平日以提督孫開華諸軍為不能戰，是夕三次飛書告急，堅稱‘法人明日來攻滬尾，兵單將弱，萬不可靠’；劉銘傳為其所動，遽撥大隊往援，而基隆遂不可複問。其實二十日滬尾之捷，仍係孫開華諸營之功；即無大隊往援，亦未必失滬尾也。滬尾距台北府城僅三十裏，如果岌岌可危，地方官有守土之責，其慎重當過於他人者；而知府陳星聚屢次稟請進攻基隆，劉銘傳竟以無此膽識，無此兵力謝之。獅球嶺為台北要隘，所有法兵不過三百，曹誌忠所部士勇，客軍駐紮水返腳一路者不下八、九營，因劉銘傳有‘不許孟浪用兵’之語，即亦不敢仰攻。且聞台北各營將領及其土著之人，尚有自告奮勇往攻基隆者。劉銘傳始則為李彤恩所誤，繼又坐守台北不圖進取，皆機宜之坐失者也。恭繹電旨，劉銘傳仍應激勵兵勇，收複基隆，不得懦怯株守，致敵滋擾等因；仰見聖明調燭，不稍寬貸。臣思劉銘傳之懦怯株守，或一時任用非人，運籌未協所致。李彤恩不審敵情，虛詞謠惑，基隆失陷，厥惟罪魁。擬請旨將知府李彤恩即行革職，遞解回籍，不準逗留台灣，以肅軍政。
並密敕劉銘傳速督所部刻日進兵，規複基隆，毋任該夷久於盤踞。”
左宗棠這份奏折八百裏加急送往朝廷，慈禧太後大為吃驚。對於劉銘傳，她說不了什麽。但對於李彤恩，便是吃不了，兜著走了。慈禧當即吩咐下旨：將李彤恩革職，聽候查辦。
在慈禧看來，處置了李彤恩，便是狠狠敲了劉銘傳的警鍾。何況從左宗棠奏折所敘的情況分析起來看，劉銘傳充其量隻是聽信了虛詞謠惑，撤下了基隆防兵去救了滬尾。而滬尾大捷，的確給法軍以不小的打擊，加重了李鴻章與法國人在談判桌上說話的份量，中外報刊都有報道。慈禧當然要給劉銘傳一個體麵：對他不加嚴斥。而且，她素知劉銘傳與左宗棠不和，特意將左宗棠參劾的奏折全文轉抄給劉銘傳看，有意加深他們兩方之間的矛盾，以達到互相牽製的目的。
劉銘傳大罵了一陣左宗棠之後，心裏也氣那慈禧太後和朝野上下的不明事理、黑白莫辨。要是放在前些年，八頭老牛也拉不住他了，他定然是氣憤還鄉，不當這個官了。但劉銘傳如今不會那樣做了。他既不能丟下這麽多將士和大清的這塊領土不管，也不能當眾發泄怨氣，再把皇上、太後和一幫文武大臣們臭罵一通。惟一的辦法就是以牙還牙，申辯曲直。多年的官場生涯，使劉銘傳深深懂得，當今為官，得不到朝廷的理解和支持，要辦成大事是很難的。朝廷如今聽信了謊言，不明虛實，自己必須澄清事實，為自己也為受冤枉的李彤恩討回一個公道。吏治腐敗，朝廷昏庸，冤假錯案有的是，委屈而死的人多得很。惟有申辯，才有可能讓真相大白於天下。
南國冬末季節，天氣仍然寒氣逼人。劉銘傳命人在他身旁生了一盆炭火，暖了暖手腳開始動筆了。
劉銘傳應該是一個能詩善文的高手。在廬州一帶，他也算得名重故裏，求其詩文者絡繹不絕，許多人都請他題聯作序，士人以求得劉銘傳一筆真跡為榮。他的文筆流暢，氣勢飛騰，聲光炯然。而且，他的才思敏捷，無須搜腸刮肚地冥思苦想，往往不改半字，一氣嗬成。在故鄉閑蹲時，他寫過那些詩序、文序、壽序以及墓表、墓銘什麽的，那都是替別人作文，為別人寫字。所以常常是無病呻吟，要麽是礙不過情麵而言不由衷，要麽是借人借事發揮，講一點粗淺感想。而今天要寫的這封奏折，是以往任何文字所不能與之相提並論的。它必須是有理，有據，有力，而且還要讓皇上、太後們看出：他心中有氣！
劉銘傳挑亮油燈，拿出石硯，倒上徽墨濃汁，鋪開一張細密綿軟的上等宣紙，握一管狼毫湖筆，迅速寫出了奏折的題目：《複陳台北情形請旨查辦李彤恩一案以明是非折》。寫下這個題目，他離開案台，在營帳裏背手踱步，打著腹稿。劉銘傳針對左宗棠參劾奏折上顛倒是非敘述，擬定了九條責難，一一加以據實批駁。
其一，所謂基隆各營數目盈萬之事，劉銘傳寫道：基隆、滬尾兩個陣地，隻有他分撥的親兵一百二十人；孫開華、曹誌忠所部一共九營，每營精壯兵員隻有三百餘人。也就是說，自己的親兵加上孫、曹兩部，共兩千七百人。劉銘傳從台南章高元部調來兩營，因兵丁遭遇時疫，多數病倒，實來僅五百人。後來戰事緊急，又添調巡緝營，合其侄孫劉朝所部百餘人、張李成士勇一營五百人，兩個重要陣地的全部總兵力是四千餘人。左宗棠所奏的兩處兵丁數目盈萬是絕對的謊話，欺騙朝廷。皇上、太後可以就此明查。
其二，所謂李彤恩虛詞謠惑之事，純屬欲加之罪。劉銘傳寫道：“援基援滬”是自己與孫開華、李彤恩早已內定的戰術，必須這麽做。當時法艦實際想得滬尾，並把重兵壓向滬尾。孫開華、李彤恩是按照事先約定，各書一信，以報告軍情。他們沒有錯。左宗棠聽信一麵之詞，奏稱李彤恩一人三次飛書告急，壓根就是誣陷。
其三，關於“撤基”一事，劉銘傳詳盡指出：撤基援滬是他經過長時間觀察、分析所采取的保台方案。這一策略在他心中早已敲定。在這之前，他曾數次巡視各個營地，並與各路主將曹誌忠、孫開華等商量過。所以，決定撤退前，他已下令將兩尊四十磅大炮埋於山下，其餘軍裝、鍋帳以及傷病勇丁等毫無遺棄，連一點成品煤炭都搶運走了，然後才有秩序撤離基隆的。左宗棠稱劉銘傳是李彤恩三次飛書告急，才倉猝撥隊撤出基隆，根本不是事實。
其四，“撤基援滬”之利弊。劉銘傳認為：撤出基隆，讓法軍從戰艦登岸駐營，達到了分其兵力的目的，使法軍進攻滬尾的兵力實際僅有千人了。所以，台灣防兵才能取得震驚中外的滬尾大捷。如果不撤出基隆，法軍必然傾其全力進攻滬尾，則台北無兵往援，眾寡懸殊，怎能保其不失？左宗棠認為：不撤基隆，滬尾也可以不失，純粹是事後的主觀想象！
其五，滬尾大捷應該歸功於誰？劉銘傳寫道：左宗棠前據劉密報，奏稱湘軍孫開華所部，淮軍章高元、劉朝所部以及新募士勇三部迎戰獲勝。這次又說是孫開華一人之功，兩次說法不同，前後矛盾，不知是何居心？長期以來，左宗棠既未來過台灣，事前事後也不加訪察，所以才隻能聽信一麵之詞，人雲亦雲。
其六，台灣各路將領及新募台灣本地土著練勇自告奮勇進攻基隆之事，劉銘傳指出：自滬尾大捷後，真正英勇善戰而使用得力的是李彤恩所招募的張李成的神槍隊。各營將領是有請求添募士勇之事，他也予以同意。當時朱守謨沒有離開台灣，也倡言多招士勇，並私下允許一個名叫陳華的人招募一千五百人，聲言包取基隆。但每月每人需銀洋十二元，比別的營兵多八元。劉銘傳狠狠心召見他後，發現均是一些地痞流氓。而且，這些人毫無器械，甚至不會使用洋槍。他們還在朱守謨的慫恿下提出：如果能包克基隆，立刻另賞給白銀兩萬兩。而且，還要發十日口糧，才可以奔赴前線。結果呢？這幫人一仗未打成，還四處驚擾周邊地區的老百姓。左宗棠所說的願告奮勇攻打基隆的土著人就是這幫人！
七，關於陳星聚催攻基隆一事，劉銘傳寫道：陳星聚當初的確催促過要進攻基隆。但是，由於他年近七十，不諳軍務，又不顧當時軍中大麵積染疫的現實，屬於信口開河。劉銘傳曾批示百餘言，告以不能遽進的道理，應該按計劃擇機進攻。陳星聚見自己的意見未被采納，就慫恿曹誌忠率湘軍六營強攻基隆，結果因仰攻失利，大敗而歸，死傷甚眾。從這以後，陳星聚承認：他是不諳軍務的，表示從此不再妄言。
八，關於劉銘傳坐守台北府城一事，劉銘傳指出：他的戰略戰術思想與那些隔海臆度、隻會憑空想象的權臣文士們不同。他公開聲明：他之所以撤出基隆，有意讓出一個狹小的地帶讓法軍上岸來作戰，是因為我之所恃者山險，敵之所恃者器利。彼來攻我，我得其長；我往攻彼，則彼得其長。且敵營據山傍海，兵船聚泊其下，若不能逐其兵船離開海口，縱窮陸師之全力，攻亦徒攻，克猶不克。他還十分自信地寫道：臣治軍三十餘年，於戰守機宜稍有閱曆，惟事事求實，不習慣鋪張粉飾。若空言大話，縱可欺罔朝廷於一時，能不遺笑中外？對此，臣實在恥之！因此，那些隔海臆度的權臣文士們，無須在那裏冷眼旁觀，指手畫腳了。台灣戰事，自己自會把握。
九，李彤恩到底有沒有錯？劉銘傳寫道：他與李彤恩素昧平生，未抵台灣之前，都從沒有聽說過此人。到台灣後，是一次到滬尾巡視，由孫開華介紹認識的。在半年多的相處共事中，他發現李彤恩不僅實幹苦幹，而且很有治事才幹，抗法保台立場異常堅定，曾辦成堵塞海**涉事務，招募的張李成士勇在滬尾一戰中包抄得力，猶如天降神兵，官紳共聞。李彤恩為渡難關，主動與陳霞林一起，向城鄉富足殷實的人家借來二十餘萬元現錢，添置了軍械，保證了抗法戰爭經費的急需，論理應予恩賞。而左宗棠蹲在福州，不加訪察，又不問青紅皂白，就聽信劉和朱守謨的挾嫌傾陷，顛倒是非之言，輕率地予以參劾。他不能保持緘默，使出力有功之人遭受如此不白之冤，因此，懇請朝廷收回那個是非不明的上諭，立即將已革職浙江候補知府李彤恩開複原官，免於究辦；二、請朝廷派大員到台逐細查訪，如果左宗棠所參奏的以上九件事情有一件是屬實，那麽，就請朝廷將他與李彤恩一並治罪，以明國法而昭公允。劉銘傳的奏折寫得很長，他自己感覺很有力量，基本上澄清了事實，也說出了久蓄於胸的義憤。寫完之後，劉銘傳通讀一遍，校正了幾處文字，然後命人眷抄數份，一份遞往朝廷，一份自留，還有幾份遞給在台各位主將及地方官員傳閱。他就是要向人們證實：左宗棠所奏一切都是誣陷，自己是正確的。
奏折全部眷抄出來，天已經蒙蒙發亮。劉銘傳捧起自己的折子再看一遍，覺得太便宜了朱守謨這個小人。
“不行！要把這個小人狠狠參劾一下！”他自言自語道。於是，他又抓起湖筆，寫下附片，把朱守謨自抵達台灣後挾嫌傾陷、撥弄是非、造謠惑眾、貪贓枉法、吃喝嫖賭等種種劣跡一一道出。
奏折呈遞朝廷後，台灣軍、政官員大都讀到了折子的內容。大家有一個共同的感覺：劉銘傳據理力爭，朝廷和左宗棠下不了台了，恐怕是難堪透頂了。
“劉撫台，您認為朝廷這一次會不會派大員來台灣調查此事？”聶士成問。
劉銘傳一心的火氣得到了釋放，這會兒覺得心裏好受多了。他笑道：“我希望朝廷派人來核清事實真相。其實我劉老麻子也不是誠心要朝廷和左宗棠狼狽，隻是想為李彤恩及自己討一個公道。隻要朝廷分清了是非真相，我劉老麻子絕不計較！”
與法國人的戰事仍在繼續進行，雙方都沒有大的進展。直到1885年三月十六日，法軍派出幾百名工兵在基隆河上架橋，企圖從北部地區過河攻入河南岸，戰鬥才打得激烈起來。劉銘傳在南岸山頭上先發現：一大批法國兵偷偷在河北岸的小村裏砍伐木材，然後將這些木材運到河邊。這時劉銘傳就估計到了法國佬要打基隆河的主意了。
“傳令各營地官兵：沿基隆河就近埋伏，等法軍一開始架橋就開槍開炮！”劉銘傳下達了命令。法軍吃了大虧，橋沒有架成，卻被劉銘傳大軍突然一擊，打死打傷四百餘人。幾天以後，基隆河很長一段河道都還是紅色的，法國人的屍體隨波逐流，**出了很遠。
這一仗以後，法軍再也無力進攻了，戰事平息了下來。其實法國政府早就把基隆一地看成一件越背越重的包袱，已下決心從台灣撤軍。無奈孤拔一意孤行，不願認輸，執意要跟劉銘傳鬥下去。法國政府為掩蓋其灰溜溜撤退的敗兵色彩，指令孤拔采取以進為退的手法，決定占領澎湖群島。法國致電孤拔：“為著緩和我們放棄台灣所生的結果起見，政府決定占領澎湖群島。”
孤拔盡管很不情願，怕上了那座荒蕪人煙的孤島上連淡水都喝不上，最終弄不好會困死在這孤島上。但孤拔也清楚地知道：自己的部下們早已開始士氣低落，軍心渙散，回國心切。法國國內已不再向他的遠東大軍提供援助，遠東艦隊實際上已成為一支名副其實的孤軍。他在基隆被動挨打，常常被劉銘傳牽著鼻子走，玩弄於股掌之上。現在是法國政府對他下命令了，自己隻有順水推舟，到那座孤島上去找個台階下來算了。三月二十九日，孤拔率七艘軍艦登上澎湖島。四月四日，《中法議和條約》簽訂，宣告法軍侵台戰爭以徹底的失敗而告終。孤拔於是終日鬱鬱寡歡，飲酒消愁，患上急病，在澎湖群島上一命嗚呼。
基隆回到了劉銘傳的手中，台灣軍民一派歡騰，熱熱鬧鬧慶祝了好幾天。人們在劉銘傳的衙門前燃放鞭炮，表達興奮之情。後有維新派梁啟超作詩一首，盛讚劉銘傳領導的這場抗法保台戰爭，道：
甲申之秋方用兵，
南鬥騷屑桴鼓鳴。
海隅倒懸待霖雨，
詔起將軍巡邊庭。
將軍功成狎文忠，
高躅久謝塵軒攖。
國家多難敢自逸，
笑揖猿鶴飆南征。
半天波赤馳長鯨，
魑魅甘人白晝行。
百年驕虜玩處女，
將軍飛下萬靈驚。
雞籠一戰氣先王，
滬尾設險疇能嬰。
其時烏江已失利，
黑雲漠漠愁孤城。
忍饑犯瘴五千士，
盡與將軍同死生。
手提百城還天子，
異事驚倒漢公卿。
自號“飲冰室主人”的梁啟超，在倡導變法維新的同時，對素昧平生的劉銘傳百般推崇。他在後來遊曆台灣，所見所聞感觸頗深，揮筆寫下這首《遊台灣追懷劉壯肅公》，以正視聽。
法軍撤離台灣，大戰結束了。劉銘傳將所有人馬進行了重新調整，分撥各個營地。他想到的第一件事便是向朝廷報捷，談出自己對整治台灣的種種設想。當然，他也沒有忘記為出力最多的幾個主將們討一個封賞，為陣亡的將士們請恤。尤其是對一般的兵勇，劉銘傳對其後事的安排格外重視一些。他心想：優恤死者，可以激勵生者。為此，他下令在基隆、滬尾及台北府城建造規模不小的祠堂。凡有名有姓的死難將士在祠堂裏都供有神主，將他們的姓名、籍貫、生卒年月等盡可能詳細地刻在石碑上，以示紀念。基隆祠堂正式建成那天，劉銘傳去了，在香煙繚繞中，他向抗法保台而死亡的將士們流下了滾滾熱淚。