福臨極為重視與蒙古、西藏等邊疆少數民族的聯係。他深悉蒙古西藏篤信喇嘛教，“惟喇嘛之言是聽”，因而奉行自皇太極以來寵幸喇嘛的政策。順治初年多爾袞攝政時曾遣官往請五世達賴喇嘛赴京，達賴應允辰年即順治九年（1652）前來。福臨親政後遣官再請，同時特於北京建西黃寺一座，預為達賴到京下榻之用。五世達賴奉召即率三千喇嘛浩**前來。福臨準備親自離京赴邊外迎接，以示優隆，由於大學士陳之遴、洪承疇等諫阻，才改派大臣往迎。十二月達賴到京“進獻馬匹方物”，福臨特於南苑接見，“賜坐，賜宴”。十年正月又宴賞於太和殿，同時命諸王“依次設宴”達賴一行。二月，達賴因水土不服辭行，福臨再次宴賞於太和殿，命鄭親王濟爾哈朗等於清河餞行，命和碩承澤親王碩塞等率八旗官兵護送返藏。四月遣官齎金冊金印賜五世達賴喇嘛為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。
吸取明朝滅亡教訓，澄清吏治，是福臨親政期間考慮最多、也最傷腦筋的問題。他有懲於崇禎帝的不幸遭遇，他認為朱由檢“勵精圖治，宵旰焦心”，“孜孜以康阜兆民為念”，是很想有一番作為的帝王，但因“有君無臣，孤立於上，將帥擁兵而不戰，文吏噂遝而營私”，終於造成“國勢莫支”，國**亡的悲劇。他為穩坐天下，亟力尋求長治久安之策，一再向臣下求言。順治十年正月特召大學士陳名夏“問天下何以治，何以亂，且何以使國祚長久？”以及“得人如何？”十二年正月諭吏部，令在京七品以上滿漢文武官員，“凡職掌所屬，向來積弊之處，見今整頓之方，詳切敷陳”。並令地方官員亦“直陳無隱”。同時又諭吏部、都察院及科道官員“各據所見極言無隱”。盡管他一直未能找到良策，但確實進行了不懈努力，采取了不少的措施。
他推行甄別之法，擢優汰劣，要求各地督撫對所屬官員“嚴加甄別，有德有才兼通文義者著保奏”，“不堪為民牧者立行參劾，不得姑留地方害民..不行糾參即為溺職，事發一並治罪”。他認為“知府乃吏民之本，若盡得其人，天下何患不治”，並認為全國百餘府中有三十府最為重要。為選好知府，他於十二年正月下令“在京各衙門滿漢堂官三品以上及在外督撫，各舉才行兼優堪任知府者一人，詳開履曆事跡具奏，吏部再加察議，奏請定奪，以備前三十處知府之用”。為得到真才，福臨親自動手選拔官員。十年三月，他諭內三院：翰林院官員“必品行端方、文章卓越方為稱職”。為此他要“親加考試，先閱其文，後觀其品，再考其存心持己之實據，務求真才”。顯見，他把才放在第一位。次月，他便將經過考試的各官“禦筆親定去留”。有時他將隨時發現的人才越級提升。一日他微行入翰林院，見庶常胡兆龍獨自學習清書（滿文），他當即傳旨“超升學士三級為侍讀”。
順治十年三月，他采納吏科給事中魏象樞的建議，實行京察“大計”，即對各地官員普遍進行考核。這次大計中共有九百六十九名官員受到了革職、降調、致仕的處理。從此三年一大計，定為製度。這年四月，他諭吏部：“京官殿最亦當察核”。這是考核在京官員的京察，從此也按期舉行，成為製度。
他加強對內外官員的監督，尤為重視都察院和禦史的作用。他以“都察院為朝廷耳目官”，一再申飭：“上自諸王下至諸臣，孰為忠勤，孰為不忠勤，及內外官員之勤惰，各衙門政事之修廢，皆令盡言”，“分別參奏”。與此同時，還向各地派出大量禦史，作為皇帝的“耳目”以“簡任巡方”，“察吏安民”。他還下令滿漢官員互參，即互相監督，“如漢官玩誤，滿官據實奏聞；如滿官執延，漢官亦據實奏聞”。
福臨加強對官員的控製，不許結黨結社，不許太監預政。他有懲於明末士人結黨、太監幹政的禍國，多次嚴令“內外大小官員，各宜恪守職掌，不許投拜門生。如有犯者即以悖旨論罪”。他認為投拜師生即為結黨，後竟定為不赦之罪。他嚴厲懲處“賄買關節，紊亂科場”的考試作弊行為，屢興科場獄案。他嚴禁私交、私宴，他認為如此行事便可以“永絕朋黨之根”。順治十年六月下令禁太監預政，設十三衙門專為“宮禁役使”，“不許（太監）幹涉一事，不許招引外人，不許交結外官”。“如有內外勾結”，“審實一並正法”。十二年六月命立十三衙門鐵牌，上刻敕諭嚴申不許中官幹政之條，如有“竊權納賄，囑讬內外衙門，交結滿漢官員”等事“即行淩遲處死”。為了鍛煉官員，他還實行官員內升外轉的辦法。十年四月他諭吏部說：“國家官員內外互用。在內者習知紀綱法度，則內可外；在外者諳練土俗民情，則外亦可內。內外敭曆，方見真才。”福臨認為“治國安民首先嚴懲貪官”。他對貪官深惡痛絕，懲處貪官成了他清澄吏治的重要一環。他嚴懲了一些貪官，如首先迎降的恭順侯、漕運總督吳維華，以貪一萬餘兩，雖因有功免死，卻“革職，永不敘用，贓追入官”。他三令五申告誡大小官不可貪贓身敗，但收效甚微，貪贓枉法者仍然接連不斷。福臨寄予最大希望的耳目官巡方禦史也接連以身試法。如順天巡按顧仁出巡前，福臨兩次召見，諭其“潔己率屬，奠安民生。若不法受賄負朕委任，則不拘常律，雖贓數無多定行正法”。可他到任之後即悖旨貪婪，索取賄賂，陷害無辜，造成受害人冤抑難申刎頸叩閽這一轟動一時的大事件來。此事對福臨震動很大，他除了殺掉顧仁並處罰一應幹連人等外，還下令：“貪官蠹國害民，最為可恨”。“嗣後內外大小官員凡受贓至十兩以上者，俱籍其家產入官。”立法不為不苛刻，但仍然止不住貪官恣肆。十四年七月福臨很賞識的原巡按禦史劉嗣美也因“監守自盜”被流放。十五年十一月江南按察使盧慎言“貪贓數萬”被處極刑。麵對“貪習猶未盡改”的現實，福臨愈加惱火，他下令：“今後貪官贓至十兩者，免其籍沒，責四十板流徙席北地方。”“衙役犯贓一兩以上者流徙”。於是有的大臣上奏認為此法“過重”，致使“人犯抵死不招”。刑部等衙門也會議奏請“今後衙役亦照官律擬罪”。福臨仍然不以為然，他說：“與其畏法不招，何若使其畏法不貪！”“朕明知立法既嚴，於貪官蠹吏有所不便，必懷怨心，但軫念民生，即為貪蠹所怨，亦不遑恤。若不如此，貪風何由止息！”所奏與所議“俱屬不合，著嚴飭行！”福臨非常欣賞與佩服朱元璋誅戮大臣，以重法治世的經驗。他懲貪決心堅定，無奈事與願違，懲貪與澄清吏治的其他問題一樣，終順治一朝，也未能解決好。
福臨在穩定社會經濟方麵進行了一係列的努力。清入關之初，雖然公布以明朝會計錄征收賦稅，但戰亂之後，地荒丁逃，賦無所出。再由於連年用兵，國庫耗支巨大，已入不敷出。福臨親政時各直省錢糧缺額已至四百餘萬兩，“賦虧餉詘”，出現了嚴重的財政困難。福臨認識到“兵饑則叛，民窮則盜”的道理。為穩定好社會經濟，他采取了一些措施，比較突出的有鼓勵墾荒等政策。福臨接受大學士範文程等人建議，於順治十年以後推行屯田墾荒。重點地區是受戰爭破壞嚴重的四川及北方各省，由政府發給牛犋籽種，招民開墾，實行三年起科。在遼東一帶更實行招民墾荒授官令，鼓勵人們赴遼東開發。順治十三年秋下令鼓勵富人墾荒：“如有殷實人戶，能開至二千畝以上者，照遼陽招民事例，量為錄用。”十四年夏公布督墾荒地勸懲則例。則例中規定督撫按及道府、州縣、衛所等各級官員在一年內，按墾荒數量給以記錄或加升一級的獎勵，同時還規定了文武鄉紳及貢監生民人等墾荒的獎勵辦法。並規定“若開墾不實及開過複荒，新舊官員俱分別治罪”。十五年冬，又實行捐資開墾法：“州縣士民暨見任文武各官並閑廢縉紳有能捐資開墾者請敕部，分別授職升用。”墾荒政策的推行取得了一些成效，對困弊不堪的社會經濟起了一些複蘇的作用，但因當時全國戰火未熄，社會仍在動**之中，總的說來收效不大。
當時由於戰亂，不僅出現地荒丁逃的現象，還有隱匿土地及占墾明代藩王勳戚地產不報的情形，以致官府所掌握控製土地的數量很少，嚴重影響了國家賦稅收入。福臨親政後對隱匿土地者實行了寬大政策：“直省報荒地方有隱漏田糧以熟作荒者，許自行出首，盡行免罪。其出首地畝，即以當年起科，以前隱漏錢糧概不追究。”這一政策的公布，出首報墾者開始大量增加。對“為豪強侵占，以熟作荒”散在各地的原明代王田，福臨令地方官徹底清查後，實行“房屋應行變價，地土照舊招佃”的辦法，因而做到“糧租兼收”。
此外，福臨為不“苦累小民”，多次免除一些省份的土特產貢品，並一再蠲免受災地區的錢糧，以休養生息。但同時為解決燃眉之急，他還準許富紳捐官，甚至一再批準在某些地區征收練餉、遼餉。這類互相矛盾的現象，曾不斷出現。