改革開放以前，我國一直實行高度的計劃經濟體製，財政上也高度集中。從1949年新中國成立到1980年財政管理體製改革這段時間內，我國教育事業總體上都是走計劃路線，由政府包辦，教育經費主要由國家財政承擔，適當依靠地方政府和各類企業。這一時期，農村基礎教育辦學經費以地方財政負擔為主、社會及群眾負擔為輔，因此，農村教育財政非常匱乏，各種欠賬和亂收稅費的現象普遍存在。
1978年改革開放以後，全國經濟逐漸向雙軌製過渡，呈現出計劃經濟與市場經濟並舉的現象。而在此之後，教育財政也隨著財政體製的變遷而發生改變。本節就以國家稅收製度幾次重大改革為重點，梳理我國農村義務教育經費投入體製的變遷（參見表2-1）。
表2-1 我國財政體製、教育管理體製及農村教育經費投入體製的變遷
2.1.1 “分灶吃飯”財政背景下的農村教育經費投入體製（1980—1993年）
在中國經濟體製改革初期，為進一步調動地方的積極性，遵循“放權讓利”的思路，從20世紀80年代初開始實行財政大包幹的過渡體製。1980年，國務院發布了《關於實行“劃分收支、分級包幹”的財政管理體製的通知》，決定從當年起開始實行“劃分收支、分級包幹”（也稱“分灶吃飯”）的財政管理體製。但由於稅製體係不完善，國有企業利改稅等變化，直到1988年才開始全方位實行財政承包製，使地方政府成為相對獨立的利益主體，形成了“分灶吃飯”的財政體製。
為了適應“分灶吃飯”的財政體製，基礎教育財政開始實行“分級辦學、分級管理”的體製。1985年《中共中央關於教育體製改革的決定》確立“基礎教育地方負責，分級管理的原則”。1986年頒布《中華人民共和國義務教育法》，再次重申義務教育事業由地方負責，分級管理的模式。地方政府成為籌措義務教育經費的主要責任者，農村義務教育則基本形成了縣、鄉、村三級辦學，縣鄉兩級管理的格局，財政性教育經費主要由縣、鄉財政承擔。
多渠道籌措教育經費是20世紀80年代以來教育財政改革另一項主要內容，以政府投入作為義務教育的主要經費來源，以其他的非政府投入為輔。開辟的主要籌資渠道有：征收教育費附加（1984年《關於籌措農村學校辦學經費的通知》、1986年《征收教育附加費的暫行規定》）、農村集資辦學、鼓勵學校創收、動員社會資金發展民辦教育等。1993年《中國教育改革和發展綱要》對此進一步予以明確：“國家建立以財政撥款為主、其他多種渠道籌措教育經費為輔的體製。”
總體來說，在“分灶吃飯”的財政體製下，中央一級財政收入和支出都較為平穩，保持在全國財政總收支的30%左右。不過在這一時期，農村義務教育的負擔還主要是在縣、鄉政府，重心過低，使得農村教育發展十分緩慢。
2.1.2 分稅製改革背景下的農村義務教育經費投入體製（1994—2000年）
為了進一步理順中央與地方的財政分配關係，增強中央政府的宏觀調控能力，1994年分稅製改革正式實施。分稅製改革使中央擁有消費稅、關稅、中央企業所得稅等較好的稅種，而地方則以營業稅、個人所得稅和地方企業所得稅為主。因此，“分灶吃飯”實際上是加強地方財政實力，而分稅製則在很大程度上將優質稅源收歸到了中央財政之下，增強了中央財政的實力。
分稅製在財政收入分配中擴大了中央政府的收入，卻沒有對支出結構進行相應的調整。其結果是，中央政府的財政狀況越來越好，而地方政府，尤其是貧困地區縣級財政能力進一步弱化，一定程度上，無法承擔起實施義務教育的責任。在20世紀90年代中後期出現了全國範圍的拖欠農村教師工資問題是矛盾的集中體現。在這種體製下農村義務教育經費的多少及經費的分配差異越來越依賴於學校所在地區政府的財政能力和家庭的富裕程度，結果是在當時地區之間經費差異已經開始逐漸增大，許多貧困家庭無力負擔教育經費成為其孩子輟學的重要原因。
這一時期，農村教育事業附加費和農村教育集資成為農村教育經費籌措的兩條重要渠道[1]。以1998年為例，該年度全國義務教育階段的總經費投入為812億元，國家預算內撥款僅占57.68%，而農村事業教育費附加和農村教育集資占到26.18%。盡管同一時期，為了能在2000年實現“兩基”目標，中央加大了對地方的財政轉移支付，增加了一些重大的教育工程項目，如國家貧困地區義務教育工程，但農村義務教育財政陷入困境的基本格局沒有改變。
2.1.3 農村稅費改革背景下的農村義務教育經費投入體製（2001—2004年）
為了解決“三農問題”，縮小城鄉差距，中央在21世紀開始逐步推行農村稅費改革，如取消統籌費、農村教育集資等專門麵向農民征收的行政事業性收費和政府性集資。
農村稅費改革給農民帶來了實惠，有效提升了農民的收入水平，但是由於這項改革取消了農村教育費附加和教育集資這兩項重要的農村教育投資來源渠道，對農村教育投資帶來了重大的影響。以2002年為例，農村教育費附加比1998年減少了98億元，農村教育集資比1998年減少了35億元。
在稅費改革的初期，農民的稅收負擔是減輕了，但是由於政策時滯，中央和省級政府的轉移支付並沒有相應到位，使得農村教育經費出現了25%～30%的虧空。在這種情況下，不少地方隻能“專款專用，一事一議”：教師工資由縣政府統籌；學校的運營經費則由通過向農民收取學雜費來保證，不足的部分由縣、鄉負責；危房改造則通過省級的專項資金支持，市縣適當配套。不過，在教育經費緊缺的情況下，上述做法根本無法保證農村義務教育的順利實施。
為了解決農村教育經費的保障問題，2001年國務院發布了《關於基礎教育改革和發展的決定》，提出“在國務院領導下，地方政府負責、分級管理、以縣為主”的體製，標誌著我國農村義務教育“以縣為主”新體製的確立。新體製與原來的體製相比有兩個顯著的特點：一是中央和省級政府要加大對縣級政府的轉移支付；二是明確規定縣級政府是農村義務教育的主要管理者和提供者（以縣為主），教師工資直接由縣級財政部門發放給教師個人，鄉鎮級政府在教育上的作用就是作為縣級政府的輔助者。新體製的主要目的在於彌補由於稅費改革所帶來的財政缺口並確保了教師工資的按時發放[2]。
2001年的農村義務教育財政改革雖然確立了“以縣為主”的體製，但是，在經費投入上並沒有發生明顯的變革。首先，教育經費由縣級政府負責隻不過是把鄉鎮政府乃至村的教育投入責任上移至縣級政府，對中央和省級政府的責任隻是做出了加大轉移支付力度的原則性規定，並沒有提出在義務教育經費負擔的具體責任。2005年以前，從體製上看，構成義務教育經費來源主體的是政府財政撥款和家庭負擔的學雜費。從支出來看，人員經費財政負擔了財政性工資部分，其他工資補助由學校自籌。公用經費政府僅給予少量的補助，在落後地區，政府財政基本上沒有補助。2003年又頒布了《關於在全國義務教育階段學校推行“一費製”收費的辦法的意見》，造成了學校經費收入的減少，加上一些地方縣和鄉鎮財政狀況不佳，使得已經存在的財政投入問題進一步延續與深化，直接導致了2005年的農村義務教育財政體製的變革。
2.1.4 現階段農村義務教育經費投入體製（2005年至今）
2005年以來，國家財政體製改革的重點是減輕農民負擔。作為減輕農民負擔的重要舉措，中央推出一係列減輕農民子女教育負擔的政策（如對農村義務教育階段的貧困家庭學生實行“兩免一補”政策），並在建立公共財政的框架下，提出了農村義務教育經費保障新機製。2005年12月24日，國務院發布了《關於深化農村義務教育經費保障機製改革的通知》，提出“明確各級責任、中央地方共擔、加大財政投入、提高保障水平、分步組織實施”的基本原則，建立中央和地方分項目、按比例分擔的農村義務教育經費保障機製。中央重點支持中西部地區，適當兼顧東部部分貧困地區。
2006年，教育部、財政部聯合下發《農村義務教育經費保障機製改革中央專項資金支付管理暫行辦法》，規定中央財政負擔免費教科書資金、免雜費補助資金、公用經費補助資金、校舍維修改造資金等。這標誌著農村義務教育中央專項資金管理製度的確立。
“新機製”建立以來，我國農村義務教育經費投入的主體得到了明確，重心再次上移。雖然仍是“以縣為主”，但是中央財政和省級財政的轉移支付力度比以前大大加強，有力地填補了稅費改革留下的經費缺口，大幅減輕了縣級財政的負擔。
總結“新機製”建立至今，我國農村義務教育財政體製改革大致呈現出以下幾個特點[3]。
（1）農村義務教育經費投入責任在各級政府之間進一步明確，同時一些弱勢地區和群體成為政策傾斜的主要對象，這些對象主要是貧困家庭的學生、農村學校、貧困地區、少數民族地區等。
（2）以縣為主、多級政府負擔的義務教育財政責任體製不斷強化，中央和省級政府的轉移支付由主要采取各種工程性的專項轉移支付，向主要采取定向於正常經費性質的轉移支付過渡。
（3）政府負擔比例的上升和個人負擔比例的降低，學雜費的逐步免除，使得我國義務教育真正實現了由“人民教育人民辦”向“人民教育政府辦”的轉變。
（4）農村義務教育經費投入明顯增長。農村學校生均教育經費的增長率快於城鎮學校的增長率。在生均教育事業費的增長率方麵，農村小學和初中均比城鎮學校高出了4個百分點，而生均預算內的教育事業費增長率更是高出近7個百分點。此外，政府預算內生均教育經費不論在小學還是初中，其增長率都要高於總生均教育事業費的增長率，在農村學校高出4%左右，在城鎮高出2%以上。