據《甘肅省教育誌·續誌》（送審稿）記載，1987年以來，甘肅省普通高中教育與全國普通高中教育的發展一樣，經曆了從控製辦學規模、調整學校布局結構，到加強標準化學校的建設和重點中學建設，以及示範性高中建設的發展過程。進行了教育體製改革、教育教學改革、高中畢業會考、課程教材改革等諸方麵的發展變化。自1997年，在認真落實《中共中央國務院關於深化教育改革全麵推進素質教育的決定》有關擴大高中階段教育規模的精神下，甘肅省普通高中教育加快了發展步伐。
（一）辦學規模
2002年，在教育體製改革的促進下，甘肅省加大了對高中教育的統籌權和決策權，各地采取初高中分離，社會力量辦學等多種形式，興辦普通高中。至2005年，甘肅省完全中學數量從481所減少到384所，普通高中學校數量從1987年的9所增加到113所，初中升學率從1987年的30.5％上升到48.5％。從1987—2000年間，甘肅省基礎教育的發展堅持“發展特幼、充實小學、加強初中、控製高中”的發展原則，普通高中教育貫徹控製規模、提高質量的方針。1990年，甘肅省政府辦公廳轉發甘肅省教委《關於調整中學布局，提高辦學效益的意見》，針對“中學規模過大，經濟難以承受；高中發展過快，影響了九年義務教育的普及；普通高中布局分散、設點多，使有限的人、財、物難以集中使用”的現狀，提出調整的原則和方法步驟，從1990年秋季開始實施。隨著九年義務教育的擴大，廣大群眾對送子女進入高一級學校上學的需求不斷增強，2000年以後，高中教育的規模才逐步擴大。
2001年，甘肅省政府製定《甘肅“十五”教育發展規劃》（以下簡稱《規劃》），明確了普通高中發展思路。同時，製訂下發《甘肅省政府關於加強基礎教育改革與發展的決定》（以下簡稱《決定》）。《決定》提出，努力發展高中階段的教育，每縣首先要集中力量辦好一所普通高中。根據兩個文件精神，“十五”期間，全省將建成35所省級示範性普通高中；未實現“兩基”的地方，高中階段教育要有較大發展；城區和經濟較發達地區的高中階段教育要基本滿足社會的需求，鼓勵有條件的地區實行完全中學的高中和初中分離，努力擴大高中規模；鼓勵社會力量舉辦高中階段教育，鼓勵發展普通教育與職業教育相溝通的高級中學。2001年，普通高中招生人數首次突破了10萬人，此後每年都以較快的速度發展。
2003年10月，甘肅省教育廳在張掖、酒泉兩市召開全省普通高中建設現場會議，傳達了全國普通高中發展與建設經驗交流會議精神，總結交流近年普通高中建設的經驗，研究部署今後一個時期甘肅省普通高中建設工作。會後，甘肅省教育廳製定印發了《關於加快高中教育與改革的意見》，從提高認識、明確目標、加快改革與發展步伐；理順體製，完善機製，深化高中教育體製改革；更新觀念，強化管理、提高高中教育質量；強化培訓，優化結構，提高高中教師隊伍的整體素質；加大投入，改善條件，提高高中教育辦學水平；強化監督，以法治教，規範高中辦學行為等6個方麵提出了加快高中發展與建設的30條措施。甘肅省教育廳首次設立城市教育費附加公眾建設項目籌措專項經費2990萬元，支持31所高中建設。2005年，普通高中招生人數首次突破20萬人。
（二）管理體製的改革
據《甘肅省教育誌·續誌》（送審稿）記載，從1987—2000年間，甘肅省大部分普通高中沒有從完全中學分離出來，各學校仍實行由1986年甘肅省教育廳黨組決定的校長責任製，建立由校長負責學校全麵工作，黨支部保證監督，教職工民主管理的學校管理體製。
自2000年以後，普通高中教育同九年義務教育的管理體製改革同步，實行“在國務院領導下，由地方政府負責、分級管理、以縣為主”的管理體製。積極鼓勵和支持社會力量以各種形式舉辦高中階段等其他教育。加大地、州、市政府對高中階段教育的統籌權和決策權。地、州、市負責製定本地區高中階段教育發展規劃，並組織實施。
2002年，各地采取初高中分離、社會力量辦學、普通教育與職業教育相溝通、公辦學校改製試點和采取國有民辦、民辦公助、股份製、聯合辦學等多種形式，增強普通高中辦學活力。蘭州市政府製訂了《推進企事業中小學辦學體製改革的試行辦法》。蘭化、蘭煉和蘭鐵分別成立了“蘭化中小學總校”、“蘭煉教育實業集團”和“蘭州鐵路教育實業集團”；天水市已有兩所企業學校從企業成功剝離，為企業中小學改製積累了經驗。至2004年，甘肅省貫徹落實企業學校移交地方進行管理工作的有關規定，中國石油、中國石化、蘭州鐵路局等係統40多所中小學平穩、順利地劃撥轉移交地方政府管轄。
民辦高中辦學規模、辦學水平、招生規模也在不斷發展。截至2002年年底，全省有民辦高中40所，民辦高中占普通高中總數的9.1%，民辦高中在校生總數9346人，比上年增長55.2%。與1998年相比，民辦高中學校數、在校生數分別增長了31所和8360人。
2003年，甘肅省教育廳印發《關於加快高中教育改革與發展的意見的通知》，對高中教育管理體製作了進一步說明，落實“以縣為主”的高中教育管理體製，縣級人民政府對高中教育負有主要責任，要在普及、鞏固九年義務教育的同時加快高中教育發展，要進一步落實縣級人民政府對高中教育發展的各項職責，為高中建設和發展提供良好的條件和保證。加強對企業辦學的管理，對企業改製或企業效益不好而影響正常辦學、政府又暫時不能接管的高中，可通過“民辦公助”、“公辦民助”等形式改革，以增加辦學活力，防止教育資源的浪費和流失。
2004年，基礎教育“以縣為主”的管理體製得到加強，全省中小學教師工資管理全部上收到縣。
2005年，基礎教育“以縣為主”的管理體製進一步完善，政府加大教育經費投入、促進基礎教育發展的責任逐步得以落實。學校從企業分離，由社會辦的步伐加快，企業移交地方政府管理的中小學運轉正常。甘肅省教育廳製訂下發了《關於下放初中畢業升學考試管理權限的通知》，將“三考合一”（普通初中畢業考試、普通高中招生考試、職業中專招生考試合並為一次進行）管理權限下放到市、州，進一步理順了管理體製。
（三）學校行政組織機構
據《甘肅省教育誌·續誌》（送審稿）記載，2000年前，完全普通中學實行的校長負責製中，校長與黨支部書記分別由一人擔任。自2000年後，大多數中學實行校長兼任黨支部書記職務的製度，並實施校長聘用教職工的聘任製。
現以蘭州市第二十七中學為例，反映20世紀90年代末至2005年以來，普通中學學校行政組織機構的情況：學校領導5人，其中校長兼黨支部書記1人、副校長3人、專職工會主席1人。學校共設4個科室，其中辦公室（黨政合一）轄檔案室；教務處轄教研組、教研室、圖書室、實驗室；總務處轄財務室、保管室、傳達室。
2002年前，蘭州市第二十七中學共有教學班36個，其中初中班12個，高中班24個；2002年改為獨立高中後，共有教學班36個，每個年級12個教學班。
（四）學校編製
據《甘肅省教育誌·續誌》（送審稿）記載，1994年，全省高中師生比為1∶11.7，低於全國的1∶15。據此，全省教育工作會議提出，中學要通過合班並校，調整布局等辦法，在確保“兩基”任務的前提下，有計劃地減少或增加學校數量，擴大校均規模和班額，提高師生比例，提高辦學的投資效益。強化學校管理，建立、健全校長負責製、教師定編聘任製、教師崗位責任製等，定編定員，減少人員，規範製度，責任到人。
2002年，甘肅省政府辦公廳批轉省編製辦公室、省教育廳、省財政廳《關於實施中小學教職員工編製意見的通知》，並製訂了《關於實施中小學教職工編製標準的意見》。《意見》從定編原則、定編範圍、調整布局、核定編製、組織實施五個方麵，進一步規範學校編製，並製訂“中學教職工編製標準”。城市高中教職工與學生比為1∶12.5；縣鎮高中教職工與學生比為1∶13；農村高中教職工與學生比為1∶13.5。