一個遺址可以且往往包含多個考古學文化的堆積，而遺址分期與考古學文化的分期是應該做嚴格區分的。這是1950年代關於考古學文化定名討論以來（夏鼐1959A），考古學界的共識和常識。“遺址的分期，探討的是不同考古學文化在同一遺址內堆積的先後問題。考古學文化的分期，是指一考古學文化所經曆的曆史的相對年代的劃分。”（張忠培1986）但在相當長的時間裏，圍繞三星堆遺址及其所包含的考古學文化的認識卻存在著相當的模糊性。早在20多年前，即有學者指出，“近十多年來，學者們對‘三星堆文化’與‘三星堆遺址’兩個完全不同的概念糾纏不清，因而滯誤了對三星堆文化及其相關文化的研究，使得四川先秦考古學文化的年代序列處在一片迷霧之中。”（王毅等1999）梳理學術史，感覺直到近年，圍繞三星堆遺址與三星堆文化，這一問題仍“處在一片迷霧之中”，而三星堆遺址先秦時代遺存分屬於多個考古學文化、三星堆文化始於三星堆遺址第二期的共識來之不易。
一、遺址與文化分期的混淆
在1987年發表的三星堆遺址首篇發掘簡報（1980——1981年度）中，發掘者就指出在已辨識出的三期文化中，“第一期和第二期文化遺物的特征變化較大，判然有別，其間又有明顯的間隙層，故我們認為第一期與第二期文化的年代相去較遠，而第二期與第三期遺物的特征差異不甚大，並有不少承襲因素，可能兩期文化的年代緊相銜接”。該簡報最後雖提出“三星堆文化”的概念，但並未對其內涵給出確切的界定；且文中又有“三星堆遺址文化”的提法，語意含混。
此後，參與發掘的學者的論文中所謂“廣漢文化”和“三星堆文化”，最初指的都是包含三星堆遺址一期遺存在內的先秦時代文化遺存的全部，所以“三星堆遺址文化”的概念被屢屢提及（陳顯丹1987、1988、1989）。當時學者引用轉述發掘簡報時也都是將遺址的四期看作一個整體：“可分為四期，以其獨特的文化麵貌被稱為‘三星堆文化’”（林向1989B）。1987年簡報中本來推定“第一期和第二期文化遺物的特征變化較大，判然有別，其間又有明顯的間隙層，故我們認為第一期與第二期文化的年代相去較遠”，但在後來參與發掘的學者論文中則有了“從時代來講，從新石器時代晚期至西周，兩千年時間的延續從未間斷過”（陳顯丹1989）的提法。直到近年，仍有類似的表述：“（三星堆遺址）一至四期的堆積在地層上是連續的，文化上是傳承延續的。……從在一個遺址上集以上幾者為一身，人類古文明在一個遺址上長時間地演繹了一個完整的過程這個意義上來說，也是中國唯一的標本。她還是中國唯一延續了兩千年的先秦古都城遺址。”（高大倫等2016）
三星堆古城結構
據1980——1981年發掘簡報，遺址第一期地層中木炭標本的碳素測年數據為距今4075±100年，樹輪校正為距今4500±150年。幾乎與此同時，發掘者又給出了三星堆遺址一期遺存更早的年代上限和時間跨度：“這個遺址群的時代，上限到新石器時代晚期，下限約在西周早期（即距今4800年至3000年左右）”（陳德安等1987）；遺址第一期的“時代大致在新石器時代晚期（距今4740～4070年）”（陳顯丹1989）。隨之，學術界開始引用這一數據。如曾參與發掘的四川大學林向教授在當時發表的論文中述及“（三星堆）第一期出土物為新石器晚期的東西，碳十四測定距今約4800年左右”（林向1987）， 2010年的自選集中又刪除了這一數據（林向2010），隨後他又有“（第一期）屬於龍山時代的文化麵貌，經碳十四測定年代約在距今4700～4500年間”的提法（林向1989B）。無論如何，這一提法畢竟拉開了三星堆遺址第一期和第二期之間的時間差，而與1987年簡報中“第一期與第二期文化的年代相去較遠”的推斷相吻合。
上引簡報和發掘者披露的碳素測年的基礎數據，應都源自中國社會科學院考古研究所和北京大學兩家碳——14實驗室的“放射性碳素測定年代報告”，但此後發掘者和研究者給出的年代數據卻五花八門，讓人無所適從。後文中述及孫華教授做了係統梳理，知學者們在研究結論中選擇性地采用未經樹輪校正和經樹輪校正兩種數據。而上文中的極端數值距今4800年，從未見於基礎數據。查三星堆遺址第一期遺存三個數據中最早的一個，樹輪校正年代是距今4665±135年，如將這一最早數值再加上可能的搖擺幅度的最大值，即4665+135年，居然正好是距今4800年。三星堆遺址第一期的最高年代上限值，就是這麽被推定出來的。取早不取晚，盡可能提早年代上限，一度成為三星堆遺址與三星堆文化探索的學術價值取向。距今4600～4500年，被四舍五入為4700、4800年，甚至一度推早到5000年（該文述及“據發掘者陳德安同誌見告：經他進一步研究分析後，把《簡報》上的分期斷代略加修改，即把整個文化層分為四期，第一期為新石器時代晚期，屬於龍山文化晚期，距今4200～5000年……”）（王家祐等1993），令人啞然。
二、與“蜀”文化的比附
如果說中國先秦考古研究的一個較顯著的特點，是對考古遺存做狹義史學範疇的推定，那麽具體到四川地區，則是在新發現的遺存與“蜀”之間做對號入座式的推定。在這一背景下，考古學範疇的“三星堆文化”在還沒有被明確辨析出來的情況下，就被“早期（巴）蜀文化”“早蜀文化”等文獻學與考古學整合層麵的概念所替代和屏蔽，以後世文獻所載族名命名考古學文化蔚然成風。
譬如，1980年代後期的論文中多有類似的論述，“四川近年考古工作的重要進展之一……是將盆地中部一批新石器時代末期到青銅時代的遺址，從原來統稱的‘四川新石器文化’中逐步分離出來，認識了‘早期巴蜀文化’這一獨立的地方性古代文化麵貌”，“大體上可以排出從新石器晚期開始，經過商周，直到春秋時期的兩千年間川西古代巴蜀文化發展的序列。根據考古學文化以首次發現發掘的典型遺址命名的慣例，可以將這類文化定名為‘三星堆文化’。它包括新石器末期的‘早期巴蜀文化’，和青銅時代前期（殷商西周時期）的‘中期巴蜀文化’，連續構成了一個古代文化整體發展的曆史過程”（趙殿增1989）；“早蜀文化，是指西周以前的早期蜀文化。《華陽國誌·蜀誌》記載蜀‘曆夏、商、周。’筆者根據近幾年對廣漢三星堆遺址曆次發掘所獲得的大量實物資料分析，認為《蜀誌》所載應為信史。地下的實物史料充分證實了川西平原在西周以前存在著一支古老的地方類型文化，並在四千年左右已進入了文明社會”（陳顯丹1989）。
從上引論述中，可以清楚地看到兩個認知傾向，一是考古學層麵的“三星堆文化”被淡化，一般認為可以用“早期（巴）蜀文化”來替代；二是其意指“三星堆文化”或“早期巴蜀文化”“早蜀文化”，都是包含三星堆遺址第一期遺存所代表的距今四千多年的新石器晚期文化的。
在這一語境下，還是有學者略微強調了三星堆遺址一期遺存的獨特性。如林向在綜述四川的考古發現與研究時，在“新石器時代與原始文化遺存”下，列“成都平原的三星堆一期文化”一項，指出三星堆遺址“早期蜀文化地層疊壓下的第一期文化，其麵貌原始，與蜀文化大相徑庭。……其中的圈足豆、夾砂褐陶等顯然為後來的蜀文化所繼承，不過中間肯定有缺環”；在“巴蜀時期的考古發現”中，列“廣漢月亮灣——三星堆遺址的發掘”一項，認為“以三星堆遺址第二、三、四期為代表的早期蜀文化……作為一種獨立的考古學文化其特征是顯著的”（林向1989A）。四川大學宋治民教授也較早提及屬於“新石器時代晚期至夏代初年”的三星堆遺址一期遺存，“可以看出它和早期蜀文化有一定的淵源關係，同時它們之間的區別也很清楚，因之它們不屬蜀文化的範疇，稱之為蜀文化的前身，可能更合乎實際情況”（宋治民1990）。1993年出版的《三星堆文化》一書“三星堆文化的分期”一節中，引用的是相關學者關於三星堆遺址四期的劃分，分別稱為“遺址一期文化”“遺址二期文化”“遺址三期文化”和“遺址四期文化”（屈小強等1993）。作者也認為遺址第一期遺存所代表的人群可單獨劃出：“第一期文化的新石器時代晚期先民為四川盆地內的土著居民；進入古國時期後的第二至三期文化先民屬同一民族……他們分別與傳說中古蜀國的第一至第三代蜀國統治部落蠶叢、柏灌、魚鳧有關。”
這種以文獻記載中的族名來命名考古學文化的研究取向，雖具更多推想的成分，但從中仍可窺見作者對基礎材料的聚類分析傾向。
三、三星堆遺址一期的剝離
“一期文化與二、三、四期文化有較大的差別，但也存在一定的承襲關係。”（陳德安1991）發掘者盡管意識到三星堆遺址一期與其後各期文化遺存的顯著差異，但仍不肯將其從三星堆文化中剝離出來，而是做了如是區分：“為了區別三星堆遺址一期與二至四期兩種性質和文化麵貌均不相同的遺存，我們把屬於一期（龍山時期，可能含有二裏頭時期）的遺存叫作‘下文化層’，把屬於二至四期（商至西周早期）的遺存叫作‘上文化層’”（四川省文物考古研究所三星堆工作站等1993）。眾所周知，以文化層為大的分期單位的做法，習見於20世紀50年代，如鄭州商城“二裏崗下層”和“二裏崗上層”文化期的劃分。此後即為考古學界所揚棄。
在研討與切磋中，開始有學者從學理的層麵反思相關問題。如宋治民即指出，“三星堆文化是以發現早、內涵豐富為依據提出的，將三星堆遺址和與其文化內涵相同的遺址命名為三星堆文化本無不可。但現在的問題是，三星堆遺址從一期到四期是否使用同一個文化命名。根據發掘報告和有關資料，三星堆一期和二期是‘判然有別’……一般認為以（三星堆二期）這一群器物為特征的才屬三星堆遺址的代表性器物。顯然三星堆一期和二期及二期以後各期的陶器是各有特征的兩群，如果以三星堆文化命名第二期及其以後的各期文化，又不能包括第一期文化。……籠統地用三星堆文化命名來概括這四期，似不夠科學。……當然如果用三星堆文化命名其二、三、四期也是可以的，但必須清楚的（地）加以說明其不包括第一期。”（宋治民1993）
對三星堆遺址分期問題做係統闡發分析的，是北京大學孫華教授。他指出，“《廣漢三星堆遺址》報告將1980——1981年三星堆Ⅲ區的地層合並為具有分期意義的三組文化層，對於這三組文化層之間的關係，報告將它們當作了同一層次，並列處理為三期。然而……（屬於第一、二期的地層）它們的差別正如報告所說，是十分巨大的。……不僅應當有年代上的缺環，還應當有文化內涵的不同。”而同一期各文化層之間的差異程度遠遠小於各期之間的差異程度，“就隻宜以‘期’下的‘段’來加以表述，不宜用並列的‘期’來進行劃分。”（孫華1993）
他在細致的地層學與類型學作業的基礎上，“將三星堆遺址第二期細分為三段，第三期細分為二段，這些期段加上第一期的不再能細分的一段，三星堆遺址可以大致劃分為三期六段”，並推論“三星堆遺址似乎應當以第三期最為繁盛，所以該期遺存分布麵廣、堆積深厚、發掘所獲也最多；而在這以後，即到了三星堆第三期時，三星堆遺址就逐漸衰落了”。而“三星堆遺址三期各自的年代範圍應當是：第一期為龍山時代晚期至二裏頭文化時代初期，第二期為二裏頭文化時代晚期至二裏崗文化時期（下限可至殷墟第一期前段），第三期為殷墟文化時期第一期（後段）至第三期。前後跨越了龍山時代、夏代及商代三個時代”。
述及絕對年代，孫華指出，“一般說來，經過樹輪校正的碳年代數據應是比較準確的，三星堆遺址的碳測年數據普遍偏早，未經樹輪校正的年代反而更接近於我們從其他材料所推斷的年代，這種現象是值得注意的。”鑒於此，未經樹輪校正的遺址第一期的年代距今4200（±80）年至4075（±100）年左右，第二期的年代距今3700±100年至3555±80年前後，應是合適的。
至於三星堆遺址三期遺存的文化性質，孫華指出，“它們的文化內涵既有聯係，又有相當大的差別。它們相互間的聯係表現在相鄰兩期遺存間都可以找到一種或幾種具有前後演變關係的典型陶器；而它們相互間的差異則表現在它們各自都有自己一組特征明顯的器物群。因此，三星堆遺址的三期遺存，實際上應當視為同一文化係統下的三種不同的考古學文化。”鑒於與三星堆遺址第一期相類的遺存在成都平原其他遺址尚無發現，他建議將這類遺存命名為“邊堆山文化”（以四川北部的綿陽邊堆山遺址為典型遺址），以便與可命名為“三星堆文化”的三星堆遺址第二期遺存區別開來。這就明確地將三星堆遺址第一期遺存從“三星堆文化”中剝離開來。
稍後，北京大學李伯謙教授亦撰文指出，“不僅一個遺址內各層堆積因時間早晚不同、包含物特征不同通常屬於不同性質的文化，即使各層堆積年代前後銜接、文化內涵有繼承發展關係也不一定就是一個考古學文化，這還要看其文化特征發生了怎麽樣的變化。”依此，“（三星堆遺址）下層遺存與上層遺存之間文化麵貌差別很大，生產力水平懸殊，社會發展階段也不相同，即使個別因素有前後承襲關係，也不宜將其視為一個考古學文化”，就三星堆文化而言，“第一期為新石器時代遺存應予排除”（李伯謙1997）。中國國家博物館李維明研究館員與其持相近的意見，認為“可以一、二期分界將其區分為兩種不同性質的文化”（李維明2003）。
三星堆遺址第一、二期遺存出土遺物的一個重要差異，是自第二期起開始出現具有二裏頭文化風格的盉、豆等陶器和璋、戈、圭等玉器。這一現象逐步為學界所重視：“三星堆文化一、二期之間的顯著差異，也表明當時當地發生了一次重大變革，二裏頭文化因素也正是在三星堆二期時出現於成都平原”，“三星堆二期文化很可能是在夏末商初時，由遷入成都地區的夏遺民，與當地土著居民相結合所創造的一種新型文化遺存”（杜金鵬1995）。此後，關於二裏頭文化的年代等問題，隨著研究的深入而有新的認識，由二裏頭文化因素出現於成都平原的時段入手，也可以深化我們對三星堆文化形成年代與契機等問題的認知（詳後）。
有學者提議應將三星堆文化早期（以月亮灣等地所見玉器、銅牌飾為代表）從以兩個祭祀坑為代表的三星堆文化中剝離出來，單獨析分出大致相當於二裏頭文化期的“月亮灣文化”（鄧淑蘋2014）。另有學者認為“由於擁有幾乎完全相同的知識體係和價值體係，三星堆文化和十二橋文化實為一個考古學文化”，而“‘三星堆——金沙文化’或從遺址第三期（相當於二裏崗上層至殷墟早期）（四川省文物考古研究所1999）的某個時段開始”（施勁鬆2020）。如是，則三星堆文化的上限都早不到二裏頭文化時期。關於這一問題，筆者擬另文探討。
四、寶墩文化的提出與受阻
1995年起，四川省成都市文物考古隊等單位在新津寶墩、成都溫江魚鳧城、成都郫都古城、都江堰芒城、崇州雙河等遺址調查發掘，證實成都平原首次發現了相當於中原地區龍山時代、距今四五千年的古城址群。發掘調查者認為，“它們的時代早晚雖略有差別，而其文化的總體麵貌卻是較為一致的；它們互有一組貫穿始終而又區別於其他考古學文化而獨具特征的器物群，當屬同一考古學文化遺存；並與三星堆文化的發展脈絡也清晰可見；它們之中又以新津寶墩遺址的麵積最大，文化內涵最豐富、最具代表性。因此，我們認為將這一古城址群的考古學文化命名為‘寶墩文化’是合適的。”
發掘調查者將寶墩文化分為四期七段，而既往被劃歸三星堆遺址第一期的三星堆地點偏下的堆積和月亮灣地點的相關堆積所出遺物，“均是寶墩文化期的特征”，“推測三星堆遺址原分的一期，年代跨度較長，還可分期”。依據寶墩遺址和三星堆遺址一期遺存的相關碳——14測年數據，他們“將該文化的年代上限推定在距今4500年左右。關於其年代下限，可以根據該文化末期正好與三星堆文化銜接的情況，那麽三星堆文化的年代上限正好是寶墩文化的下限，而三星堆文化的年代上限有眾多的碳——14年代依據，一般認為在距今3700年左右，可以作為寶墩文化的下限。這樣我們就把寶墩文化的年代範圍大致推定在距今4500～3700年之間，前後發展約800年左右”（江章華等1997）。
在成都市的學者及時披露最新考古發現，並在係統梳理考古材料的基礎上正式提出“寶墩文化”的命名之後，大部分學者很快認可了這一命名。即便曾提出過“三星堆一期文化”的林向教授，也旋即讚同並使用了“寶墩文化”的概念。盡管在“蜀”文化的話語係統下，作者還是認為“我們可因它們在發展的階段上的不同而分別命名，其實兩者之間一脈相承並非出現另一種什麽新文化”（林向1998）。
三星堆遺址的發掘者在述及三星堆遺址各期遺存的性質時，提法雖有所變化，但仍未對遺址分期和文化分期予以明確的區分：“現已基本查明，三星堆遺址包含著兩種文化麵貌不盡相同，且又有前後承繼關係的遺存：一種是三星堆早期遺存，或稱三星堆遺址一期文化，其相對年代大約在中原地區的龍山時代；另一種是三星堆晚期遺存，即三星堆二至四期文化，或叫三星堆遺址上層文化，其相對年代大致在夏至商末周初或更晚”。而“在成都平原還發現了相當於三星堆一期的遺址……這些遺存已被命名為‘寶墩文化’”，下文在述及“三星堆文化的一般特征”時，又包含了“三星堆早期遺存”（陳德安1998）。
更有直接否定寶墩文化命名的聲音，如“成都寶墩諸遺存與廣漢三星堆遺存應屬同一文化，它們之間，特別是寶墩遺存的第三期並不存在向三星堆遺存第一期發展的關係”，“就寶墩文化作為一種全新的、有別於任何一種考古學文化的新文化命名是值得商榷的，它應歸屬三星堆文化寶墩期（或類型）”，“三星堆文化從距今5000年至3000年之間的發展變化是明確而連續的”（陳顯丹等2002）。
此後，三星堆遺址的發掘者及其所屬機構的學者仍堅持“三星堆一期文化（寶墩文化）”“三星堆四期文化（十二橋文化）”的提法（萬嬌等2013，冉宏林等2014）。加括號以示二者就是一碼事，也是無奈之舉。或有括號內外名稱互換者，如“寶墩文化（三星堆一期文化）”的表述（趙殿增等2001），已傾向於認可寶墩文化的提法。高大倫研究員說得更直白：“4500～4000年前這個時間段，成都平原兩支著名的考古學文化，一是廣漢三星堆遺址的一期文化，再是新津的寶墩文化（兩者實為一個文化，三星堆一期遺存最豐富，寶墩資料整理、公布最早）。”（高大倫2015）“一個文化”被分為“兩支”，各稱其名，這對於一般研究者和公眾來說，頗感困惑。如“廟底溝二期文化”“王灣三期文化”之類遺址名加期別的命名方法，在學術史上被證明並非理想命名後，一般已不被學術界所認可。
值得注意的是，近年又有“在文化命名上，岷江衝積扇的遺存被命名為‘寶墩文化’，而沱江衝積扇上的三星堆一期直呼‘三星堆一期文化’”的提法，但作者同時又承認“兩者之間文化麵貌基本一致”（陳德安2019）。是的，三星堆遺址距離岷江衝積扇上最近的寶墩文化城址——成都郫都古城直線距離隻有30公裏，兩個衝積扇之間也沒有地理上大的阻隔，因而，三星堆遺址一期遺存與大體同時的寶墩文化其他遺址，不應是不同的文化類型。
五、始年仍被提前的困惑
最令人困惑的是三星堆文化的起始年代。如前所述，相關學者選擇性地使用經過或未經樹輪校正的碳素測年數據，導致推定年代上歧見紛出，莫衷一是。誠如孫華指出的那樣，“在四川地區，不少先秦時期的遺址和墓葬的碳測年數據都有偏早的現象……對於這些現象作出恰當的解釋，目前條件還不具備，還有待於更多的碳測年數據的公布。在四川地區碳測年數據的統計分析規律尚未掌握以前，我們還是以通過與中原地區已知年代因素的器物類比所推斷的三星堆遺址各期的年代為準，這想來是不會有什麽問題的。”（孫華1993）
前文述及多有學者注意到陶盉等二裏頭文化因素是在三星堆遺址第二期時出現於成都平原的。在碳素測年和當地考古學文化分期研究不足以解決文化遺存絕對年代的情況下，這是卡定三星堆文化起始年代的一個重要的比較標尺。而眾所周知，據最新的測年研究，二裏頭文化的始年在公元前1750年前後（張雪蓮等2007，仇士華2015），鑒於三星堆文化最早的遺存中即包含二裏頭文化第二期風格的陶器，可知三星堆文化形成的時間絕不早於此。考慮到文化傳播的時空差，始於三星堆遺址第二期的三星堆文化早期，至多相當於二裏頭文化晚期至二裏崗文化期（陳德安等2015）。依上引二裏頭文化最新的測年數據，則不應早於公元前1600年前後。
在這一大的學術背景下，三星堆遺址的發掘者及其所屬機構的學者，仍將三星堆文化的始年上推到距今4000年甚至4100年（萬嬌等2013，高大倫等2016）。依近年最新的測年數據，二裏頭文化的年代約當公元前1750——前1520年（仇士華2015），即便依20多年前結項的夏商周斷代工程的測年意見，也是在公元前1880——前1521年之間（夏商周斷代工程專家組2000）。既相當於“二裏頭文化時期”，絕對年代又在距今4100～3600年之間（下表）（高大倫等2016），不知何據。同一學者對同一文化遺存（三星堆一期文化或寶墩文化）始年的推斷，在相繼發表的論文中也有不同的表述，時差則達300年（由距今4500年提到4800年），亦不知何據。
至於表格所列屬於三星堆遺址第一期、麵積超過500平方米的青關山土台及其上的大型柱洞式建築，尚未得到最新刊布材料的支持：“由於F1（即青關山1號建築基址）的層位關係不太理想，一方麵疊壓或打破F1的遺存要麽數量極少，要麽年代均晚至漢代
三星堆遺址各期重要遺存表表或以後，另一方麵F1疊壓的遺存因為需要保護F1而未發掘，故F1的年代上限和下限均無法準確界定。”（四川省文物考古研究院2020）
采自高大倫等2016文
三星堆遺址青關山1號建築基址
人文社會科學領域的任何學術認識，都應是以學者個人為本位而非研究者所屬機構秉持同一觀點的，如夏商文化討論中著名的“西亳說”和“鄭亳說”，都是某位學者個人的觀點，而不能認為是中國社會科學院考古研究所和北京大學兩個學術機構間的論爭。但在對三星堆文化的學術史考察中，的確可看出學術認知在學者所處機構和地域間的差異。總體而言，三星堆遺址的發掘者及其所屬機構的學者，在相當長的時間裏沒有將遺址分期與考古學文化分期區分開來，且多數學者傾向於大幅上推三星堆文化的起始年代；而四川大學等其他單位的學者在材料刊布之初即已注意到二者間的差異並有所提示；成都市相關單位的學者提出“寶墩文化”的命名，進一步卡定了三星堆文化的上限，其早年推定的三星堆文化的始年，也近於最新的認識。真正提出三星堆遺址第二期為三星堆文化之始的，則是四川以外的學者。如是學史現象，饒有趣味。