劉瑾集團和朝中文官的鬥爭，按理說根本輪不到小小的兵部主事王陽明出頭，他官階不過正六品。但王陽明沒有選擇沉默。
戴銑和蔣欽等人被活活打死，他們的英勇事跡在兩京廣泛傳播，成為忠臣的楷模。飽讀聖賢書的王陽明當然覺得自己不能置身事外。王陽明思考良久，寫下了一篇《乞宥言官去權奸以章聖德疏》，為死去的蔣欽、戴銑鳴冤：
臣聞，君仁則臣直。今銑等以言為責，其言如善，自宜嘉納；即使其未善，亦宜包容，以開忠讜之路。今赫然下令，遠事拘囚。在陛下不過稍事懲創，非有意怒絕之也。下民無知，妄生疑懼，臣竊惜之。自是而後，雖有上關宗社安危之事，亦將緘口不言矣。伏乞追回前旨，俾銑等仍舊供職，明聖德無我之公，作臣子敢言之氣。
這份奏疏沒有直接批評劉瑾專權，而是委婉地提出建議。他說，戴銑等人作為言官，職責就是勸諫君王，即使說錯了，皇上也宜多包容，以開言路。現在皇上把他們拿解赴京，群臣皆以為不當，卻無人敢言。長此以往，皇上還能從哪裏聽到諫諍之言？
朱厚照當然不可能看這份奏疏，但劉瑾看到了。他幹脆自擬一道聖旨，以皇帝名義，廷杖王陽明四十，關入錦衣衛大牢。
這一天，幾個全副披掛的錦衣衛校尉衝到了兵部衙門，把還在辦公的王陽明揪出來，帶到了午門。城樓上當差的侍衛望著樓下，旁邊點著的香正微微地冒著煙。一根燃完了，又一根燃完了。終於，一隊錦衣衛步伐整齊地從午門魚貫而出，其中幾個還舉著粗圓的朱紅色廷杖。
一個太監宣讀完聖旨，幾個粗壯大漢就把王陽明粗暴地按倒在地，用繩索綁住他的雙腕，然後熟練地扒下他的褲子，讓其暴露在低溫中。這樣當眾被剝掉衣褲實是一種人格侮辱。王陽明無奈地閉上了眼睛，是生是死隻得聽天由命。
司禮監的監刑宦官手捧旨，用尖細的聲音喊道：“用刑——”侍立在兩側的錦衣衛校尉輪流上前，用大棍猛擊。每五杖即換一人行刑，左右站立的校尉高聲報數，聞者無不膽寒。
大棍落了下來，每一下打在身上都是鑽心疼痛，鮮血淋漓。劉瑾看來是要置王陽明於死地，可謂棍棍入骨，聲聲催命。才打到二十幾棍，王陽明就昏死過去了。大漢們一盆涼水澆下，他又醒了過來，繼續承受煎熬。
聞訊趕來的父親王華隻能呆立一旁暗中垂淚，眼見兒子被打得慘不忍睹卻無計可施。
四十棍打下來，王陽明隻剩下了最後一口氣，隨即他又被扔進了錦衣衛詔獄。
正德元年（1506年）十二月，天氣奇寒。錦衣衛詔獄裏潮濕黴朽，腥臭難聞。幽暗的囚室裏，彌漫著令人絕望的氣息。王陽明此時還不知道，他入獄後不久，父親王華就被劉瑾調到南京去了。貌似平遷，實為貶官。
那劉瑾在還沒發跡時就聽說過王華的大名，並仰慕其才。後來，兩人又曾一同在太子府裏共事。王陽明入獄期間，劉瑾多次暗示王華，隻要去他私宅坐下來談談，不僅王陽明可以平安無事，他父子倆還可以得到升遷。但王華就是不去，終於惹惱了劉瑾，被貶官至南京。
被關在漆黑陰冷的監獄裏，王陽明夜不能寐，想起家中妻兒老小焦急的樣子，想起父親慈愛的目光，他禁不住眼淚漣漣。他悲憤難當，命筆抒懷寫道：
天寒歲雲暮，冰雪關河迥。
幽室魍魎生，不寐知夜永。
驚風起林木，驟若波浪湧。
我心良匪石，詎為戚欣動。
滔滔眼前事，逝者去相踵。
崖窮猶可陡，水深猶可泳。
焉知非日月，胡為亂予衷？
深穀自逶迤，煙霞日悠永。
匡時在賢達，歸哉盍耕壟！
—外集《獄中詩十四首》中的《不寐》
王陽明在監獄中聽到了一條趣聞。據說，劉瑾整理出了一個包含五十三人的奸黨名錄。其中排在前六的就是大學士劉健、謝遷，尚書韓文、楊守隨和林瀚，都禦史張複華等六名朝廷重臣，文壇領袖李夢陽排在第七，而年輕的六品兵部主事王陽明，居然在這份光榮榜上高居第八。可見劉瑾對這個六品主事格外注意。
然而，未知的命運總是令人恐懼。正德元年（1506年）的除夕之夜，大明朝最黑暗的幽室之中。天地雖大，除了自己這顆心，又有什麽可依靠的呢？
此時，王陽明心中覺悟的種子已開始萌芽……
正德二年（1507年）四月，朝廷下詔貶王陽明為貴州龍場驛丞，擇日出發。
貴州，位於大明西南，是十三布政使司中最窮的一個，通常是流放犯人的首選場所。龍場在今天的貴州省修文縣。驛站是古代供信使、官員中途休息和住宿的地方。驛丞就是驛站的管理人員。
貴州龍場在地圖上是一個很不起眼的地方，在明朝更是偏遠山區、蠻夷之地。沒有人會想到，一個傳奇即將在那裏誕生，曆史即將被改寫。