到了7月底，劉錦棠所部湘軍已為最終攻克金積堡做好了大量的準備工作。
劉錦棠於8月2日率部攻打金積堡西南方六十裏處的彰恩堡，斬殺回民軍首領袁希義。金運昌部則攻占了秦渠北卡。
8月19日，雷正綰和黃鼎所部奪回峽口，攻破古靈州城。於是，秦渠、漢渠和馬連渠的源頭，都為湘軍占據。
8月27日，雷正綰和黃鼎所部與回民軍爭奪古靈州城，重創回民軍。8月29日，這兩支部隊又攻下丁家堡，環繞漢渠修築壁壘，阻斷金積堡的援路。8月30日，又攻破回民軍的二十多座堡寨。
8月31日，金運昌率部攻克何家寨。劉錦棠和春壽督率部隊在胡家堡割麥子，順便到雷正綰和黃鼎的軍營議事。
9月2日，湘鄉人黃萬友在軍中去世。他死前的官職為提督。
劉錦棠約雷正綰和黃鼎各部攻打秦壩關，於9月8日攻克堡東的新壁壘。劉錦棠部又於9月13日與金運昌部攻破東關周邊的堡寨，搶入東關，攻克二十三座寨卡，燒毀三四千間房舍。從此，環繞金積堡東南北三麵的回民軍寨堡，全部被湘軍攻占。
劉錦棠修築壁壘，壓迫東關，俯瞰回民軍的營寨，回民軍更為緊張。洪樂堡中有馬化龍的祖墳，民間傳說這裏風水特異。黃鼎和雷正綰所部從老馬堡出兵，攻克了石屹塔和闐家橋。徐占彪的蜀軍於9月28日攻克洪樂堡外的兩座寨子，遭到回民軍的頑強抵抗，部將何玉超等人戰死，官兵傷亡不斷。
馬化龍派人到黃鼎的軍營中參見，請求安撫，黃鼎不作答複，隻是調動部隊，逼到洪樂堡下修築壁壘。
劉錦棠自從攻克東關以後，便提議挖濠築牆，圍困回民軍，與金運昌所部分段施工，三天竣工，分兵把守。
10月1日，雷正綰所部攻克丁家三堡。10月3日，黃鼎所部攻克譚家堡，接著又攻克馬家堡。
徐文秀和徐占彪於10月5日下令拔營，部隊開往金積堡西門駐紮，於10月7日攻克秦壩關及下寨。
回民軍奔向漢伯堡，遭到劉錦棠部阻截，回民軍猛將餘彥祿中槍身亡。他的餘部南下同心、李旺與黑城各城堡，被周紹濂和魏光燾所部全部殲滅。
黃鼎所部攻克漢伯堡及其旁邊的兩座寨堡，清軍已對金積堡形成合圍。劉錦棠從外麵觀察，這座堡城周長約九裏多，城牆高四丈，厚三丈。東起吳忠，北至靈州，共有四百五十多座堡寨，現在僅存王洪與楊明兩堡。西起洪樂，南至峽口，共有一百二十多座堡寨，現在僅存馬家灘四堡。馬家灘四麵環水，無法接濟金積堡，清軍此前把它擱置一邊，沒有攻打。
10月10日，劉錦棠等部攻下楊明堡，又於第二天攻打王洪堡，未能攻克，返回軍營。
馬化龍見金積堡日益孤立，再次請求河州的友軍趕來增援。
河州回民軍於10月15日渡過洮河東進，在赤沙峴遭到楊世俊所部攔截，吃了敗仗。崔三和禹得彥率部從河州北攻平番，即今永登，擊斃清軍提督張萬英和彭清勝。穆圖善親自領兵攻擊，回民軍北上鎮番，即今民勤。
左宗棠擔心崔三等部向東北方挺進蒙古部的阿拉善，繞到寧夏府，增援金積堡，於是命令各部嚴密戒備。
劉錦棠的部隊已經包圍了馬家灘，未能攻克，軍士們仰攻城牆，傷亡慘重。左宗棠考慮到部隊久戰疲勞，令陝西的回民首領劉秉信趕赴金積堡，招撫老弱回民，於是有幾百人投降。在回民中享有“普洱阿訇”之稱的馬清壽也率部投降。
這時，崔三等部再次出兵，渡過洮河東進，一路從通渭的大寨渡過渭河南下，另一路從洮州的站灘挺進好麥川北上。
北上的一路河州回民軍，於11月6日在安定西北方的巉口遭到楊世俊和李耀南所部截擊，於11月12日敗走靜寧，擊敗清軍總兵蕭貴謙的部隊。台灣總兵劉明燈率部追趕到清渭，回民軍已越過秦州南下。李耀南率部在邵家堡攔截，楊世俊率部在李家川攔截，使回民軍損失了不少兵力。
回民軍進入南山，左宗棠命令劉明燈等部冒雪入山搜捕，周開錫派部隊會同作戰。
回民軍於11月下旬襲擊徽縣和兩當，遭到四十歲的衡山人李輝武所部伏擊，又折損了兵力，便掉頭北進，於12月10日抵達蘇家河，又於12月11日抵達唐家河。
湘軍緊追不舍，前任陝西按察使陳湜在靜寧的合水河攔截。回民軍東奔平涼的安國鎮，已經四分五裂，不再成軍。陳湜得到左宗棠保奏，因功官複原職。
崔三和禹得彥的部隊從鎮番西奔柳林河。於是金積堡外援斷絕，危在旦夕。劉錦棠攻打馬家灘已有進展，隻剩兩座堡寨沒有攻下。
金積堡的部隊在夜色掩護下突圍，劉錦棠已預先設下埋伏等待，回民軍遭到伏擊，退回城堡。
劉錦棠下令在東門增修兩座壁壘，還修築炮台，俯瞰城內。黃鼎率部逼近西門紮營。金積堡內糧食已完，人們的食物是草秸和黍子根，摻雜牛皮，甚至還吃死人。
陝西回民軍首領陳林知道大勢已去，通過劉秉信請求投降，堡中的老弱婦女每天跪在濠外呼號，請求讓他們活命。劉錦棠派人飛馬報告左宗棠，請示如何處置。
這一年的最後一天，陳林率領部屬馬化鳳與黑清泉等男女八千多人，參見黃鼎與雷正綰，請求安撫。劉錦棠令他們交出馬匹和武器，暫時發給賑濟糧，讓他們等候安插。
楊昌濬在這一年正式出任浙江巡撫，左宗棠聞訊以後，自稱“狂喜無似”。他說，國家得到一名百姓擁戴的大吏，值得慶賀，而他自己能夠得到朋友的幫助，“何幸如之”！
在左宗棠眼中，楊昌濬無疑是一名好官，是一位幹吏，也是一個忠實的朋友。