新年剛到時，馬化龍見陳林等人已經投降，便通過陳林求告劉錦棠，請他撤除對馬家灘的包圍。劉錦棠同意，責成馬家灘的回民軍交出馬匹武器。
湘軍開進堡內，隻見回民都挖了地洞作為居所，用死馬、氈絮和器物堵塞缺口，抵禦槍炮。精壯戰士不過幾百名，然而都是體無完膚了。
1月5日，王洪堡也向湘軍投降，劉錦棠令其中的居民返回故居。
劉錦棠的這些舉措，打消了馬化龍的一些疑慮，認為接受安撫不會丟掉性命。於是，他於1月6日造訪劉錦棠的大營，伏地請罪，願以自己的性命換得部屬活命。劉錦棠下令打開營門，放他進來，派使者飛馬馳告黃鼎、雷正綰和金運昌等人，商議如何處置。
湘軍將士們都認為馬化龍反複無常，打算把他捆起來，處以磔刑。劉錦棠不許。他讓軍士們把馬化龍安置在旁邊的營帳裏，派軍官守衛，令他交出馬匹武器，毀掉堡牆，並招撫王家疃等回民堡寨，讓他們以實際行動自贖。
自從陳林所部接受安撫以來，陝西回民聞風而動，紛至遝來，湘軍接收投降的男女一萬一千多名。左宗棠下令將他們解送到平涼，等候安插。又派陳湜趕赴金積堡，與劉錦棠等人籌劃安撫事宜。
左宗棠上奏說，西部邊陲動亂，至今已有九年。關隴一帶的回民，都按照金積堡的意思行事，馬化龍的智謀和勇猛，實在非同尋常。這個人若非到了窮途末路，必不會輕易冒險求生。現在他既隻身前來投案，並非**而來，聽憑官府處置，因而將他處死，算不上勇武。
左宗棠說，他此前曾在平涼縣大岔溝和邢家溝北原安插了幾千名陝西回民，發給賑濟糧。其他地方，雖然有很多荒絕的地畝，但不成片段。平涼是進入甘肅的大道，位於關隴中部，北達寧夏，南通秦州與鳳州，東連涇州、原州、邠州和寧州，西通金城與湟中，形勢最為重要，不宜多安置回民。但平涼與華亭交界處的化平川，寬六七裏，長三十多裏，有三百多孔窯洞，還有破屋，土地肥沃，泉水甘甜，人跡斷絕，可安插一萬多人口。近來從已經安撫的回民中挑選出一百多名精壯者，攜帶糧食前往，稍加修葺，等各路回民送到後，就可以量地安居，發給賑濟糧、種籽、牛驢和農具，督促他們耕種。所有建置、經界、規製和禁令，以後隨時奏告。、
清廷下旨批準。、
馬化龍於2月上旬又派使者召喚部屬何生洲等人返回金積堡，他的兒子馬耀邦交出四尊車輛大銅炮，四尊九節藜炮，二十八尊威遠炮，二十尊劈山炮，二百八十杆洋槍，一千零三十杆鳥槍，二百九十三杆抬槍，二千四百十三枝長矛，以及價值十九萬多兩銀子的金銀銅錢。
左宗棠料想馬化龍父子的話不能全信，命令劉錦棠等人將金積堡的居民遷徙到別處，搜查他們藏匿的槍炮。當時天寒地凍，回民挖掘的進度太慢，劉錦棠便派勇丁協助，果然從堡內挖出一千三百多枝洋槍。
劉錦棠見回民漸漸打消了疑慮，便將王洪堡的回民遷移到靈州周邊安插，將馬家灘的回民遷移到張家園安插。
湘軍於2月25日將馬化龍父子及其家屬遷移到廢堡中。劉錦棠於2月28日提審馬化龍，要他交待北口貿易和勾結洋人等事。馬化龍將這些事情全部推諉給兒子馬耀邦，說他自己一概不知。馬耀邦忍受刑訊，不肯交待。結果父子都被淩遲處死。馬化龍享年六十一歲。
黃鼎和雷正綰等人提審馬化龍弟侄馬成龍和馬中邦等十三人，將他們處以極刑。又將八十多名回民軍官員處死。對於三千多名外來居民及被脅迫的甘肅回民，都解送到平涼安插。金積堡的一萬二千多名男女，都解送到固原安插。
湘軍搗毀馬化龍的王城東府和西府，搜出各種清廷視為違製的物品，全部燒毀。
馬化龍的父親馬二與穆三的祖父穆大阿訇關係友善。穆大阿訇傳習新教，臨死前將自己穿戴的紅衣與白帽授予馬化龍，囑咐教徒們都聽從他的管束。穆三與弟弟穆四和穆五都是新教的阿訇。從北京、天津直到黑龍江和吉林的寬城子，以及山西的包頭和湖北的漢口，都有新教的教徒。
馬化龍自托神靈，預言禍福，回民紛紛信奉。在他被俘後，部屬見了他仍然長跪不起，得到他的允許才會起身。
湘軍將馬化龍處死後，回民軍的勢力迅速瓦解。
清廷下詔，給左宗棠加一騎都尉世職，給劉錦棠雲騎都尉世職，並和黃鼎、雷正綰一起，賞穿黃馬褂。給劉鬆山賜祭一壇。其他將領都得到不同程度的獎賞。
範銘部屬的黑頭勇年初在鞏昌嘩變，南下占據岷州。周開錫急令楊世俊等人率部前往征討。這場戰鬥持續到2月份，周開錫下令擒斬叛軍首領尤政芝等人，將他的五千多名部眾收編或遣散，事情才平息下來。但是，周開錫的精力已經耗盡，生命之火即將熄滅。
輿論更是雪上加霜。有些官員將尤政芝的叛變歸咎於周開錫，說是他逼出來的。清廷下詔詰責。左宗棠連忙上疏解釋，周開錫才躲過一劫，從此一病不起。但他照常工作，籌兵、籌糧、籌餉、籌運、造車船、通道路，“營度庶務一如平昔”。
周開錫的疾病在操勞中加重。6月27日，他因事趕赴秦州，行路四十裏，途中氣絕。後來略有起色，隨從將他抬回鞏昌，五天後，於7月2日在鞏昌病逝，終年四十六歲。
周開錫死後，官場中那些饒舌的小人仍在說他的壞話。但在三年之後，由於他的仁政顯著，百姓緬懷，清廷中對他的謗議澄清，秦州人士追念遺德，為他修建祠堂祭祀。這個辛苦一生的益陽人，終於成為好官的樣榜而名垂後世。這是後話。