雲南的清軍在上年節節取勝，新年到來後繼續向清廷告捷。
王祖佑和李鳳呈所部於1月底攻克大理西北方兩百裏處的雲龍，李家福的湘軍於2月下旬在雲南東北部的昭通大破四川的綠林軍。岑毓英率部於3月21日攻克昆明附近的澄江。
澄江三麵環山，南麵是撫仙湖，也叫羅伽湖。白旗軍先將城邊的樹木砍伐一淨，使清軍得不到木材。清軍修建木柵，都要從百裏之外砍伐運來。清軍圍攻一年，城破之日，將士們變得瘋狂，挑出精壯的回民，全部屠殺。
楊玉科部於4月25日攻克大理東北方的賓居。這時清軍已從起義軍手中奪得三十二座城鎮，白旗軍仍然占領的城市，隻有大理、永昌和順寧三座郡城，蒙化和騰越兩座廳城，以及雲州、趙州、永平州和雲南州四座州城了。這裏的雲南州，就是現在祥雲縣的雲南驛。
楊玉科部又於9月7日攻克大理西南方的永昌，即今保山。岑毓英所部於10月上旬開到曲江駐紮，北距昆明約兩百裏。兩個月後，岑毓英下令攻打曲江館驛城外的碉壘，全部攻克，占領五山村寨。
中國西部的新疆，發生了一件大事，進一步續寫了湘軍的戰史。
沙皇俄國於7月份武裝強占伊犁。按照康熙中期中國與俄國劃定的國界，中國常住卡倫以外，還有哈薩克、布魯特與烏梁海諸部遊牧，都受中國管轄。在此之外還有中間地帶，遠則千裏，近則幾百裏，既不屬於俄國，也不屬於中國，也就是所謂的閑田。
鹹豐十年，大清與俄國重訂條約，才以常住卡倫為界。中國正在進行內戰，由於新疆遙遠荒僻，清廷無暇顧及。而延伸五千裏的中間地帶，以及哈薩克與布魯特各部，都被俄國侵占，伊犁與塔爾巴哈台便與俄國人毗鄰。自從當地回民和纏頭回民攻占伊犁，各部時常互相爭殺，索煥章曾派幾千人前往攻打，失敗而還。此時俄國人派出六百兵力占據伊犁，而且聲言要進攻烏魯木齊。
在此之前，新疆各地還建立了形形色色的政權。1864年6月，新疆庫車爆發農民起義，建立熱西丁政權。當年7月，和闐建立妥明為主、索煥章為元帥的帕夏政權。當年10月，伊犁建立蘇丹政權。1865年1月，位於今烏茲別克斯坦浩罕市一帶的浩罕國，有個名叫阿古柏的軍官率部入侵新疆。當年3月，在烏魯木齊建立清真王政權。對於這些與清廷分庭抗禮的政權，清廷一直無暇討伐。
清廷接到俄軍進占伊犁的報告後，詔令代理伊犁將軍榮全率部趕赴伊犁，收複城池。令直隸提督劉銘傳率部取道肅州出關，平定和收複新疆各地。令景廉和成祿率部收複烏魯木齊。令左宗棠和穆圖善撥兵到關外作戰。