太平軍在上年底攻占杭州，曾國藩認為是自己的失誤，上疏彈劾自己。這時王開化已經因病去世，左宗棠手下的將領，都是偏將和副將，戰守能力較差，隻能自保。曾國藩推薦蔣益澧出任布政使，令他率領所部，增募新軍，就是在這樣的背景之下。蔣益澧這個屢遭排擠和彈劾的將領，由於時事的需要，又登上了高位。
左宗棠剛剛接到任命，便上疏陳述自己的用兵方略。他說，浙江的軍務之所以會敗壞，是因為曆任的總督和巡撫都不懂軍事。在開始的時候，他們竭盡本省的軍餉接濟金陵和安徽南部，希望借著外省軍隊的力量作為浙江的屏障，而對於練兵選將之道漫不經心。
自從金陵和皖南的清軍失敗之後，浙江的官府又廣收潰散的士卒，用豐厚的軍餉來留住他們，希圖他們再次振作。結果導致兵力增加而軍餉匱乏，但部隊仍然缺乏戰鬥力，用於防守，遇攻則逃，用於攻擊，一戰即潰。最後潰散分裂，無法支撐。
左宗棠說，現在他奉命指揮軍事，必須嚴格地淘汰無用的士卒，以營製來加以約束。必須賞罰分明，發給實餉。必須另行征調和募集軍士，對部隊預先調換和增補。不過，如果軍餉供給中斷，就會遇到障礙。即便是能幹的將領，沒有軍餉，又怎能管好部隊呢？即便臣子韜略在胸，如果手下無兵，又怎能打敗太平軍呢？
左宗棠請求清廷命令各部大臣查明各省協助浙江軍事的款項，將清單開列給他，如果藩司調撥接送遲延，或者委員扣押不發，他都要指名參奏。左宗棠剛剛上任巡撫，就使清廷領略到了他一絲不苟的認真。
清廷下詔，同意了左宗棠的請求。
正如左宗棠所說，自從太平軍定都天京以後，清軍的江南大營一直對浙江舉足輕重，浙江傾盡全省的財富給大營供給軍餉，每年要花費幾百萬兩銀子。湘軍資金匱乏，非常羨慕，也想從浙江得到供給。然而浙江那時對湘軍沒有所求，湘軍統帥和浙江巡撫總是互不買賬，以至於王有齡無法得到湘軍的武力援助。
1月26日，湖州大雪，連下三晝夜，冰厚數尺，炮艦被陷，無法動彈。
1月31日，太平軍乘夜攻下大錢口。從此，湖州城與外界隔絕，餉道不通。
太平軍屢次進攻湖州受挫，損失大批將士，死傷累累。他們采用攻堅的老法子，在湖州城外挖掘地道，可是掘到三尺深處便見水，隻得放棄。而且，湖州四麵大河環繞雲梯和衝車都派不上用場。太平軍隻能築壘樹柵，漸漸進逼，企圖困死湖州守軍。
太平軍將領對趙景賢恨之入骨，下令掘開趙父的墳墓，並告誡部屬不要近攻。
左宗棠必須進兵浙江，新楚軍未能進入安徽，安徽南部的湘軍隻能孤軍作戰。鮑超所部在青陽將太平軍擊敗，朱品隆率部在徽州擊退圍城的楊輔清所部太平軍。
青陽之戰以後，清廷將唐仁廉以總兵記名。
李世忠從滁州向江蘇出兵，於2月份攻克江浦和浦口，進攻橋林和烏江的太平軍壁壘，全部攻克。
與此同時，太平天國守王方海宗所部攻打鎮江，清軍將領馮子材作戰不利，總兵富升中炮陣亡。都興阿從揚州增援，又打了敗仗。副將張文德率部拚死固守，清廷任命他為貴州鎮遠鎮總兵，仍然留守鎮江。
清廷下旨，催促湘軍增援鎮江。
李秀成率部向東挺進，大有攻擊鬆江和上海的趨勢。江蘇巡撫薛煥向清廷告急。大臣們提出讓曾國荃率領在湖南新募的六千名勇丁駐防安慶，把上一年攻克安慶得勝的八千名湘軍勇丁換下來，派去增援上海，謀取蘇州和常州。清廷多次給身在安慶的曾國藩寄來上諭，向他垂詢，並屢次下詔催促出兵。
曾國藩有不同的看法，上奏說，現在江蘇和浙江的太平軍兵力太多，占地太廣，必須等到都興阿的部隊肅清了江北，湘軍沒有後顧之憂，才能會合上下遊的兵力，分兵幾路，攻取長江南岸，才不至於淩亂無序。
他認為，曾國荃招募的新軍，應該用於攻打巢縣與和州，與鎮江和揚州的各路部隊聯通一氣，還要鞏固上遊無為和巢縣這方麵的防禦，因此不便遠赴上海，否則就會顧此失彼。
當然，上海是軍餉的來源，關係也很重大，惟有聯絡洋人，協力防守。太平軍在江蘇和浙江聲勢浩大，占盡了富庶的地區，廣收清軍投降的士卒，財力增加到五倍，兵力增加到十倍。湘軍隻能謹慎地圖謀進取，否則不但蘇州和浙江難以攻克，就連安徽南部和江西的地盤，也會被太平軍擠占，結果是欲速而不達。
清廷同意曾國藩的意見。