李世忠在4月份實踐了他的承諾，把所有的錢財以及剩餘的鹽和稻穀，全部發給他部下的三萬多人，每人都分到了鹽包，或者八九緡錢，多的得到幾十緡。將領則得到幾十兩白金，作為遣散費。
曾國藩令他留下三千人，號稱“忠樸營”，由陳自明統領。
官府還欠他的餉鹽五十萬包，他不求補給。修築渦陽新城，他捐錢十萬緡；修建滁州學堂，他捐錢五萬緡；滁州屯田購買牛種的費用，他也出了七萬兩銀子；還給總督提供二十五萬九千兩銀子做軍餉。五河的厘卡，由巡撫委任官員收稅。然後，他呈請回籍埋葬已逝的親人。清廷下詔褒獎。江北全部平定。
曾國藩上奏說，李世忠在江淮大定之後，潔身引退，深明大義。該提督對朝廷未生二心，這是他早已向朝廷說明過的。至於李世忠不保留巨額的財富，而竭力保住名聲，從一個詭譎貪利的人，忽然做出慷慨忘私的舉動，倒是他始料未及的。這表明國家優待投降將領，張國梁和程學啟都十分愛惜榮譽，而李世忠也始終保全了名節，足以體現皇帝的仁政，而招撫與朝廷背離的人。
清廷下詔，表示讚許。
李世忠解散部隊以後，安徽並沒有從戰爭中完全解脫。江蘇和浙江的太平軍相繼失去占領地，部隊開向徽州，號稱二十萬人。徽州城防將領毛有銘和唐義訓在楊村迎戰，剛一交手便敗下陣來。於是昱嶺以內，四處都有太平軍部隊。
太平軍都從龍灣和婺源進入江西，道路上部隊行軍駱繹不絕。前隊已經深入江西腹地宜黃和崇仁，南昌急忙備戰。曾國藩令鮑超回師援救江西。
清廷下旨，催促曾國藩趕赴金陵指揮作戰。曾國藩見徽州戰事緊急，長江上遊危險，仍然留在安慶策應全局。
邊曉棠率部在南豐縣附近與天國沛王譚星所部激戰，被炮擊傷，全軍潰敗。
曾國藩把江西的軍事交給沈葆楨處置，而沈葆楨確實供養了一支軍隊，現在正好有了用武之地。於是這位巡撫上奏，請求將茶稅和牙厘留下，專門供給本省的軍隊。清廷部議批準。
沈葆楨的這個措施，直接影響了曾國藩所部湘軍的軍餉。他的部隊每月需要軍餉五十萬兩銀子，由於虧欠，每年發下去的隻有六成。現在圍攻天京的兵力大增，軍餉的收入卻減少了，每年隻能發到四成，拖欠軍餉長達十六七個月，軍士們自然會有牢騷。
五十二歲的曾國藩，盡管已有常人不及的涵養和息事寧人的心態，現在也不由得大動肝火了。他極力舉薦的這位江西巡撫，不講情麵地扣留軍餉，給湘軍在全國最關鍵的一場戰役帶來消極的影響，而且事前也不跟他這個總督商量，實在超出了他的忍耐限度。於是，他上了一份措辭激烈的奏章，反對部議的決定，罕見地宣泄心中的怨憤。
曾國藩說，他剛剛出任兩江總督並兼辦皖南軍務的時候，江南六府一片混亂，朝廷在安徽南部隻剩下祁門一縣。於是他上奏請求在江西收取厘金，補充東征湘軍的軍餉。每月從漕折中調撥五萬兩銀子，再加三萬兩洋稅，獲得了朝廷的批準。
沈葆楨到任之後，多次停止調撥漕折和洋稅，他都沒有上疏抗辯。現在他的部隊隻能發四成軍餉，江西的部隊卻能發八成以上軍餉，他的部隊欠了十六七個月的軍餉，江西部隊所欠的軍餉還不到五個月。
要論百姓的困難，安徽南部和寧國的轄地，人們賣人肉果腹，有些地方幾十裏田地無人耕種，村莊沒有炊煙，江西的情況還不至於如此艱難。
曾國藩說，安徽、江蘇和江西都是他管轄的地區，他不敢隻照顧安徽與江蘇的利益，而惟獨對江西刻薄。無論什麽人，處在他的位置上，都不得不采用他的辦法。
現在，江蘇和浙江的省會都已攻克，對金陵的長圍已經形成，謀士們動不動就說大功即將告成，元凶當可擊斃。但是在他看來，洪秀全與李秀成異常頑強勇悍，攻克金陵的日子是遲是早，還難以預料。
從以往來看，鹹豐十年春天，和春與張國梁功敗垂成，那時圍攻金陵的兵力比現在多了兩萬人，存在軍營裏的餉銀還有幾十萬兩。現在圍攻金陵的湘軍軍餉奇缺，朝不保夕，怎能不爭取江西的厘金，以撫慰軍士的心情？
曾國藩在這份奏疏中，甚至談到了官階尊卑和權限製約。他說，他仔細研究了總督和巡撫會同理政的案例，一般對於官員的管理，應該由巡撫主持，而軍事則應該由總督主持。就江西的軍餉而論，丁糧和漕糧應該歸沈葆楨主持，因為這與對官員的管理有著密切的關係。而厘金則應該由他這個總督來主持，因為這與軍事密切相關。
厘金起始於鹹豐三年，是雷以誠在揚州倡辦的，起初並非國家預算內的款項。而他是兩江總督，又握有兵符，對於江西這片土地上所有的財富，包括丁糧、漕糧和洋稅，全部提取使用，也不為過。何況厘金是他已經上奏得到朝廷批準給他使用的款項，尤其是他份內應該籌取的軍餉，不應該看作江西協助的軍餉，也不應該叫做為外省代謀軍餉。如今江西把他當成了代謀的客人，那麽請問哪個省才是他籌餉的地方？
如果說他應該在安徽籌餉，那麽喬鬆年也可以拿本省外省這套說法來加以拒絕。如果說江南的蘇州和鬆江地區是他籌餉的地方，那麽李鴻章手下的兵力比他的部隊少不了多少，除了每月解送四萬兩銀子以外，沒有更多的銀子可供提用。如果說江北的淮安和揚州地區是他應該籌餉的地方，那麽他和吳棠、富阿明、馮子材四人，就得在裏下河這個富庶的區域競相剝取，又怎能得到必要的供給？
曾國藩在奏疏中還從人情的角度表達了憤慨。他說，同僚之間的交往，一看分，二看情。巡撫應該接受總督的領導，這是製度，在朝廷的各種文件中是有規定的，沈葆楨不得違反本分。軍事危急之際，同僚之間共患難，相體恤，互通有無，彼此接濟，這就是情。沈葆楨前年向朝廷請求漕折，去年向朝廷請求洋稅，今年向朝廷請求厘金，這三件事當中，難道沒有一件是可以先跟總督商量以後再上奏朝廷的？
曾國藩說，人總是苦於沒有自知之明，有人會說他隻會指責沈葆楨，而不懂得自責。如果他按照慣例節製江西，別人會說他把持權力。他曾多次向朝廷保舉沈葆楨，別人也可以說他是籠絡人心。隻要稍微有所不慎，就會釀成仇隙。
不過，曾國藩說自己閱世已深，素來以把持權柄和籠絡人心為羞恥，還能夠虛心地反省自己，檢點行為。就拿漕折一事來說，他曾寫信給沈葆楨商量過一次，又發公文商量過一次。關於洋稅一事，他接到沈葆楨嚴辭質問的公文，曾經以密函委婉地答複。可是沈葆楨固執己見，不顧情理，實在令他難以忍受，他也不再能夠隱忍不說了。
於是，曾國藩請求清廷下令，江西的厘金仍然歸他這裏經收，以便湘軍能夠完成對金陵的攻取。等到攻克金陵之後，便可以分成接濟江西。在攻克金陵之前，他會照舊從江西的厘金中撥給彭玉麟、劉於潯和孫昌國三支部隊所需的軍餉五萬多兩，此外還會給江忠義和席寶田兩支部隊分撥軍餉。這種格局不能驟然改變，才不至於動搖軍心，導致功虧一簣。
曾國藩的奏疏導致沈葆楨上疏辭職，清廷下詔調解矛盾。最後達成協議：江西把一半厘金撥給曾國藩的大營，其餘供給江西本省的軍餉。清廷另提輪船經費銀五十萬兩供給圍攻金陵的部隊。