徠巴膽《佛祖通載》為乞噪徠巴膽王，乞雙提讚王之孫也；亦極力倡興佛教；此時經典之譯者頗夥，龍樹、提婆、世親等之書，多被譯出；其譯著之最有名者，以濕連怛羅菩提為始；此外則有基那米特羅，及濕連陀羅菩提、般若華爾曼、達那西拉、菩提米特羅諸人；濕達怛羅菩提、基那米特羅，俱安慧論師之弟子也。
紀元八百九十九年，此年代尚有異說，未能明確。朗達瑪弑其兄徠巴膽王，《蒙古源流》栽有達爾瑪特鬆王死年三十六歲，其兄朗達爾瑪即位，不書弑前王事。又述朗達爾瑪破佛之事：言多裏隆讚（即陀朵裏思顏讚）時，佛教始來西藏；故至達爾瑪特鬆之死，凡四百九十五年雲。自立，大破佛教；此為西藏佛教之一大災厄，佛塔寺院，為之破壞；僧侶還俗，至有被屠殺者。王即位三年後，為巴爾多兒姐喇嘛所弑，佛教厄災遂息。至朗達爾瑪孫巴勒科爾讚時，佛教複興；重建八大寺院，前代逃遁印度之僧侶，漸還舊居；十一世紀頃，迦濕彌羅及印度僧侶，接踵而至；司木立替、達磨帕拉、希達帕拉、庫那帕拉、般若帕拉諸人，亦繼續而來；大聖阿通沙，那爛陀寺那羅之弟子也；以紀元一千三十八年入藏；實可目為喇嘛教之再造者及改革者也。阿通沙本名抵斑喀拉輸利迦那，即定光吉祥智之義；本印度倍搿兒州王族喀兒耶那輸利之子，年六十，來西藏；在摩迦陀地方，為維克拉馬希拉寺之教授師。《蒙古源流》以阿通沙之來，在西藏隴吉王時；隴吉為巴勒科爾讚之孫，乃劄實則克巴之子也；劄實則克巴致力回複佛教，派遣子弟大臣二十五人，前往印度招致高僧。因阿通沙之來，遂使西藏佛教，達於光怪陸離之狀態；所謂甘丹派教律合一之義者，實以阿通沙為鼻祖；自是甲論乙駁，漸呈宗派分裂之盛況。阿通沙之弟子，稱為甘丹派最初教主者，為德母頓；或曰：當推布埒司頓為最初教主。
西藏佛教之宗派，自教義上觀之，可分毗婆娑、經部、瑜伽、中論四宗；但此為學者之佛教；通俗概行秘密佛教，即念密咒行密軌者是也；此為有名西藏文典學者勖瑪所言。但密教之外，通俗佛教一方麵，尚有念佛教，即依阿彌陀如來之誓願，以期往生西方者甚多也。
西藏古時，大小乘教義，業已並行，而以瑜伽（法相）、中論（三論）二宗為盛；二宗亦以淺深高下，互相爭執；瑜伽一方，遂有淩駕中論之勢。及蓮華生來，龍樹教義再興；八九世紀之交，有慶陀羅克爾其者，就此宗經論，詳加解釋；紀元十世紀以來所謂佛教再興時代。此派學者，重來自印度；西藏遂以此為佛教正宗矣。此蓮華生以後之中論宗，謂之布拉三格中論宗。
以上僅就教義上言之；茲更舉現存宗派之區別：則修拉搿以特氏謂西藏佛教有九派：即尼瑪派、烏爾更派、甘丹派、薩克耶派、搿爾端派此出自宗喀巴之甘丹寺，與改魯格派同、喀爾修派、喀爾瑪派、布利庫革派以東西兩藏之布利庫革為本山，乃宗喀巴黃帽派之一支流、布爾古派是；挖台爾氏以為自根本四派，衍出多數支流派；更區別為舊派、革新派、半革新派三種。
挖台爾謂西藏佛教之生派別也，以阿通沙及其弟子布埒司頓所開之甘丹派（革新派）為濫觴。有以阿通沙及布埒司頓之改革為趨於極端者，乃唱稍折衷的半革新派。今據挖台爾之說，示西藏所傳舊派以外之三大新派之係統圖於下：
點線示中略數代者，孔孔確格耶兒頗為薩克耶派之祖；此派以世親為龍樹之繼承者，以用龍樹所傳之《華嚴經》與世親之《真諦論》為主；且折衷新舊兩派。喀爾修派開祖瑪兒帕，本阿通沙之弟子，後往印度從那羅那爛陀寺高僧受學而還。但此圖僅示繼承之大體；詳言之，尚有錯雜之處；即相傳阿通沙為文殊化身，故與文殊係統所屬之薩克耶派有關係；那羅為阿通沙之師，故亦與喀爾修派有關係；瑪兒帕亦阿通沙弟子，故亦與甘丹派有關係；又與薩克耶派，亦有係統上之關係。阿抵佛陀，即最勝佛陀之意；金剛持，即大日如來。
此三大新派，更加舊派即尼瑪派，則成根本四部；此根本四部，更分裂多派，其大體如下：
（以上諸派中：尼瑪派為舊派；甘丹派及改魯革派為革新派；喀爾修諸派屬於半革新派。）
表中最堪注目之人，乃西藏佛教革新家宗喀巴，稱為西藏之路德者是也；宗喀巴本名羅卜藏劄克巴；紀元千四百十七年明永樂十五年，生於孔奔。為後甘丹派布埒司頓七十八世之雀司克亞白讚喇嘛弟子；博學而持律嚴肅，且頗活動之高僧也。自其學說上言，此人蓋立於中論與密教之間而調和之，以防止其衝突者也。所著如《菩提母兒》（Bodhi-mur）、《塔兒尼母兒》（Tārnim-mur）、《阿爾塔捏利開》（Altanerike）、《拉瑪利瑪》（Iām-rim）等，皆為密乘中論二義調和之書。且此時喇嘛教益盛，僧侶之行益墮落；欲匡正之，是非嚴肅之戒律派不可；世稱宗喀巴為持律者，其主義可想見也。
茲就宗喀巴派之祖，自十一世紀之阿通沙，迄布埒司頓以後，喇嘛教全體之形勢略述之；西藏自朗達爾瑪死後，佛教漸有重興之勢；十三世紀元世祖忽必烈；奉憲宗命來西藏之時，薩克耶派之勢力殊盛；忽必烈為收攬西藏人心計，挈發思巴還；即位之後，尊為帝師；終至定喇嘛教為元國教；命發思巴統管天下佛教，且左右西藏政權。《元史》曰：“元起朔方，固已崇尚釋教；及得西域，世祖以其地廣而險遠，民獷而好鬥，思有以因其俗而柔其人；乃郡縣土番之地，設官分職，而領之於帝師；乃立宣政院，其為使位居第二者，必以僧為之；出帝師所辟舉；而總其政於內外者，帥臣以下，亦必僧俗並用，而軍民通攝；於是帝師之命，與詔敕並行於西土；百年之間，朝廷所以敬禮而尊信之者，無所不用。”元之尊信喇嘛，即此一端，已可見矣。
《佛祖通載》謂自國師禪怛囉乞答為累葉國王之師，十七代而至薩思加哇，相傳為蓮華生弟子，乃帕思巴之伯父，亦其師也。《元史》稱薩斯加哇，薩斯嘉人也；自其祖多爾濟，世世以其法佐國主，霸西海者十餘世。帕思巴年十六，謁元世祖忽必烈汗，以世祖即位之元年為國師；受命造蒙古新字，為大寶法王；賜玉印；至元十一年還西藏；十六年入寂《佛祖通載》為至元十七年，《元史》以為至元十六年。賜號皇天之下一人之上宣文輔治大聖至德普覺真智佑國如意大寶法王西天佛子大元帝師。其《彰所知論》，蓋為世祖太子真金而說。與帕思巴同時受尊敬者，國師膽巴也：亦名功嘉葛剌思，號金剛上師；乃帕思巴之弟子；亦赴印度求法；來中國後，受命住大護國仁王寺；成宗大德六年入寂。此外有必嚕匝納實哩者，亦帕思巴弟子也；有漢譯《楞嚴》，又有西藏譯經典多卷；賜號普覺圓明廣照弘辯三藏國師；後坐與安西王子伊噌特穆爾等圖謀不軌被誅。又有沙羅巴觀照，所謂佛智法師者，亦帕思巴弟子，所譯多未傳之顯密諸經。
自後元累代有帝師來自西藏，帕思巴西還，其弟琳沁代之。達爾瑪巴拉實哩、伊特劄實琳沁，策喇實巴鄂爾嘉勒、劄克嘉勒燦、多爾濟巴勒、桑節劄實、袞巴勒藏布、班珠爾戩藏等以上據《元史》，相嗣為帝師；最後之帝師，為順帝時受其任命之伽璘真。順帝極暗愚，《元史》稱平章政事哈麻，使其妹婿禿魯帖木兒，勸西藏僧在帝前行運氣之術，號之曰演揲兒大歡喜，或大喜樂；以伽璘真達此秘法，封為帝師，日事**樂；任僧侶為司徒；帝師、司徒，各取良家女三四，名曰供養；且伽璘真欺帝曰：陛下尊富，僅此一代；人生歲有幾時，當受此秘密大喜樂禪定，廣聚女子為**戲；帝之諸弟寵臣，皆在前相狎，男女裸處；呼其處所曰吐即兀該事事無礙；佛教之弊，至是達於其極。蓋西藏佛教，是時似頗受印度檀陀羅即女神崇拜派派之影響；故一種**靡之風，遂浸染於西藏，而尤加甚焉。此教風之流傳，乃由西藏南境尼波羅之秘密佛教。尼波羅之密教，即變自檀陀羅者也。檀陀羅為專崇拜女神之一派；有所謂荼克拉會合者，凡在會合之男女，悉以平等為主義；此種集合，為反對印度嚴重階級製度而設。且其時行五摩字法之儀式，所謂五摩字法者，一摩假，即酒；二摩恩薩，即肉；三摩特司耶，即魚；四摩烏陀羅，即穀；五摩花肚拿，即兩**媾。元之事事無礙，恐由此惡風而來。
更據《元史》喇嘛隆盛之弊害述之：世祖之時，宋天子皇族諸陵及大臣墳墓，在錢塘紹興者；悉被江南釋教總統嘉木揚喇勒智發掘；或殺人，或受美女寶物之賄賂，其所攘奪盜取之財物，凡金一千七百兩，銀六千八百兩，玉帶九，玉器大小百二十一，雜寶具百五十二，大珠五十兩，鈔十一萬六千二百錠，田二萬三千畝；此外私庇人民不輸公賦者，凡二萬三千戶；其藏匿不露者，尚不可勝舉。總之元代保護佛教之餘，其流弊之大，為史所載者，不得不謂為實錄也。
明太祖之時，以元之帝師喃迦巴藏為熾盛佛寶國師；由是受封者，有灌頂國師、讚善王、闡化王、正覺大乘法王、如來大寶法王等；各領其本國人民，以臣服於明。成祖時，亦以公哥監藏己藏卜為圓智妙覺弘教大國師；又聞異僧哈立麻召之；封為萬行具足十分最勝圓覺妙智慧善普應祐國演教如來大寶法王西天大善自在佛；使領天下之釋教；其徒孛羅以下三人皆為國師；次封法王；尊崇甚篤。自是西藏僧來者日眾，而以闡化王、闡教王、輔教王、護教王、讚善王，五王為始；封西天佛子者二人；封灌頂大國師者九人；封灌頂國師者十八人。於是臣服於明，曆年朝貢不缺，以致藩屬之禮。
當是時，往來中國者，皆宗喀巴以前之紅教喇嘛；宗喀巴生於明成祖永樂十五年（1417），卒於憲宗成化十四年（1478），故宗喀巴之黃教派，壓迫紅教舊喇嘛，而得勢力時代，當在明中葉以後。蓋宗喀巴所立之格魯革派僧侶，遵宗喀巴製，著黃衣，戴黃帽，與從來紅帽派喇嘛區別；遂至謂舊喇嘛教為薩馬兒，即紅帽也；新喇嘛教為薩色兒，即黃帽也；巴恩教為薩拿克，即黑帽也。宗喀巴所建有名之甘丹寺，在西藏國都拉薩東方三十英裏。
宗喀巴既建甘丹寺後，勢力增大，自是有所謂達賴、班禪二喇嘛者；漸開宗教政治之端緒。又此二喇嘛，雖謂始自宗喀巴之二弟子；實則所謂達賴喇嘛者，起於敦根珠巴；敦根珠巴建一寺於拉薩，與宗喀巴同時，且年或稍長西曆紀元一千三百九十一年—一千四百七十五年，其所建寺，即布達拉寺布達拉在拉薩近旁，布達拉即補陀落，觀音之淨土；達賴喇嘛，古來信為觀音化身；蓋西藏人自信其國土與觀音有緣，且為觀音之所守護者。敦根珠巴，後又建寺於劄什倫布居之；受班禪林薄溪之尊稱，此即班禪喇嘛係統之始。布達拉寺，凡曆根敦嘉穆錯、瑣南嘉穆錯、雲丹嘉穆錯，至第五世喇嘛羅卜藏嘉穆錯，清初人也。西曆一千六百十七年——一千六百八十二年，其與清交通，在太宗崇德年間，喇嘛遣使盛京；太宗亦遣使西藏，以達賴、班禪二喇嘛為金剛大士，即其發端也。蓋西藏分前藏喀木，或察木多、中藏即衛拉薩、後藏單稱藏曰劄什倫布，即此。青海四大部：蒙古和碩部之固始汗，自明末以來，領有中東二部即前藏、青海。然布達拉五世喇嘛之時，以後藏地為藏巴汗所統治為口實，誘固始汗之兵取後藏，悉逐紅帽派喇嘛，以劄什倫布之班禪喇嘛掌後藏；固始汗又使其子鄂齊爾汗留守後藏。當此之時，羅卜藏從固始汗受達賴尊號；達賴，蒙古語謂之海，譬其德廣大之尊稱也。此達賴喇嘛與班禪喇嘛管治西藏，為完全僧侶政治之曆史；由是宗喀巴派黃教喇嘛，遂全為西藏之統治者。
初羅卜藏大喇嘛，借固始汗之兵力，滅後藏之藏巴汗，乃桑結第巴第巴為喇嘛廳之僧職，掌理兵備財政事項之策。桑結頗奸侫，於五世喇嘛死後，秘之，偽稱大喇嘛入定，不見人；矯命行事，悉由己決，凡十五年；後事敗露，為清帝所詰責；不得已，乃立六世達賴。由是與屬於蒙古和碩部血統之藏巴汗，發生爭端；時準噶爾部之噶爾丹，勢力甚盛；本為喇嘛，居西藏時，因與桑結交讙，故助桑結攻擊固始汗子達顏汗。未幾，噶爾丹北侵喀爾喀，喀爾喀部求援於清，噶爾丹遂敗。桑結為達顏汗之子拉藏汗所殺；其所立之六世達賴被廢；拉藏別擁立六世達賴；清朝雖曲加保護，而六世達賴，甚無人望；蒙古諸部，在甘肅西寧之紅山寺，別立新六世達賴。噶爾丹之後，領準噶爾部之策妄那布坦，乘此紛擾之機，遂入西藏，殺拉藏汗；西藏喇嘛，多不喜拉藏汗，皆助之。但清朝初即助拉藏，故清聖祖聞變，即遣兵入西藏，廢拉藏所立六世喇嘛，更迎西寧之達賴，為第六代大喇嘛；此即噶兒藏嘉穆錯也。世宗即位之初，西藏又有內亂；清遣兵平之；送置駐屯兵二千人於西藏，保護喇嘛；置駐藏大臣於拉薩；時世宗雍正二年事也西曆紀元千七百二十三年。
此時之蒙古，其東方成為漠南蒙古、漠北蒙古；漠北蒙古，又有喀爾喀部；此二部之東，與滿洲接境者，為科爾沁部；以上為韃靼三大部。又西方有漠西蒙古之厄魯特部，亦分四部：天山北路之大部，為準噶爾部；其北為土爾扈特部；更北為都爾伯部；準噶爾部之東，烏爾木齊附近，為和碩部；自青海至西藏，皆屬於其勢力之下。當準噶爾之噶爾丹盛時，為其所侵，於是厄魯特三部皆屈服於噶爾丹，終與北方喀爾喀部衝突，與清交鋒。
紅黃二教最顯著之區別，除衣帽之色相異外，為紅教派帶妻，黃教派不帶妻之一點。但紅教派，非悉皆帶妻也；如喀爾修派之始祖瑪兒帕帶妻，由此派所產出之喀爾瑪派僧侶，亦多帶妻；又薩克耶派帕思巴後之劄薩呼土克圖亦帶妻；因以子為嗣法者；故紅教喇嘛，似以帶妻生子而使嗣法為理由也。黃教則反之；禁止帶妻；故其嗣法者，稱為呼畢勒罕喇嘛學道，能不迷本性，轉世再來者，稱呼畢勒罕；例如達賴、班禪等大喇嘛死時；遺言死後往生某地，因探得其地之生兒，依之以定嗣續者也。然其後亦發生種種弊害，稱為呼畢勒罕者，多至數人；清高宗乾隆時，在中藏之大招寺，備置金奔巴瓶，將所指示方向土地同名者之名單，入此瓶中；駐藏大臣、達賴，或班禪等重要喇嘛，集於宗喀巴之像前，抽簽以定之。
以此呼畢勒罕轉生而使傳法弘教，其事發生於宗喀巴之遺囑；黃教派始行之；其後紅教派亦仿效之。蓋轉生弘法之舉，非唯達賴、班禪二大喇嘛有之；而屬於其下，舉凡各領一方，以教化為事之呼土克圖，亦深信此事呼土克圖，再來人意。喇嘛能明心見性，由達賴、班禪證明，方得稱呼土克圖；故每遇呼畢勒罕出，則以其名呈報理藩院；由理藩院抽簽；乾隆時向理藩院報名者，總數多至百六十雲。西藏稱呼土克圖十八人，稱沙布隆者十二人，漠北蒙古十有九人，漠南蒙古五十七人，青海番地三十五人，四川察木多番地五人，駐京呼土克圖十四人，此等皆呼畢勒罕所出也。
蒙古喇嘛教，分漠北、漠南二大部；清世宗雍正元年，漠北喀爾喀部哲卜尊丹巴呼土克圖死於京師；詔如達賴、班禪死時之例，護其喪還庫倫，於是立漠北庫倫喇嘛教之一支。當是時，第五達賴之弟子章嘉呼土克圖蒙古呼畢勒罕將出世時，其名在北京雍和宮所備之金奔巴瓶內，由駐京章嘉呼土克圖監視抽簽；雍和宮者，中國第一喇嘛廟也。又來，大蒙優待，置於漠南蒙古多倫泊，此即所謂多倫泊之一支也。於是喇嘛教第一支為布達拉；第二支為劄什倫布；第三支為庫倫；第四支為多倫泊。
（四）禪宗
禪宗五家，發端於唐末五代之時，皆起於南方。當是時，南漢、南唐、吳越，在南方建國，各據其地；禪宗亦受其保護。五家之中：溈仰派似早衰，法脈僅存，茲舉可知者於下：
以上所列，不過四五世耳。偽山生於唐武宗會昌年間，入寂於宣宗大中七年；仰山卒於昭宗大順元年，由此推之：溈仰宗之法脈，盛於南唐之初，其後遂絕。
法眼宗始自大法眼禪師，即清涼文益也；此宗起於雪峰，經玄沙師備而至羅漢桂琛；清涼出其門下。雪峰義存居福州閩川之雪峰；唐僖宗時，賜號真覺禪師；法席常有眾一千五百人。當時天下騷然，群雄割據，各自稱王，當王審知稱號閩王時，雪峰垂化此地，四十餘年，於後梁開平二年三月入寂。是年十一月，玄沙師備亦卒，閩主賜號宗一禪師。桂琛、文益，俱五代時人，桂琛居漳州城西之石山地藏院十餘年，後遷羅漢院；卒於後唐莊宗天成三年。文益，即清涼法眼，為南唐王李昇所迎，自金陵報恩院，遷居清涼寺；賜號淨慧禪師；卒後諡大法眼禪師；再諡大智藏大導師；入室弟子四十三人。
法眼宗曆二三代而衰，法統不明；天台德韶，俗姓陳氏，與天台宗智者大師同姓，故人稱智者再來。德韶尋智者之遺跡，終住天台；受吳越忠懿王尊信，且勸王遣使新羅，繕寫天台教籍，使中國本土已經衰滅之天台教宗，得以再興者，韶與有力焉。入寂於宋太祖開寶五年。其弟子永明延壽頗知名；延壽初居明州之雪竇山，後應忠懿王之請，住靈隱山新寺，為第一世；更轉永明大道場。著《宗鏡錄》一百卷，為學者所佩仰。入寂於開寶八年。當是時，高麗王慕其學德，遣僧三十六人承其法；自是法眼宗弘布於高麗，而中國反衰矣。今示法眼宗略係於下：
與法眼宗同出於雪峰下之雲門宗，其末造不如臨濟宗之盛；然宋初則頗振，但非鴻仰、法眼、曹洞之比耳。雲門禪師，居韶州雲門山光奉院，其地為南漢劉龔所轄，故受南漢主之歸依；賜號匡真禪師，入寂後諡曰大慈雲匡真弘明禪師於後漢隱帝乾祐二年入寂。自雲門經香林澄遠、智門光祚、而至雪竇重顯，其法大振。雪竇即選《碧岩錄》百則而著頌古之人，其書稱《雪竇頌古》。初住翠峰，轉遷明州雪竇，來會者號稱極盛，故世稱雲門中興入寂於仁宗皇祐四年六月。其法嗣以天衣義懷為最著名入寂於仁宗嘉祐五年。圓通法秀、慧林宗本，出其門下；在圓通之下者，有佛國惟白，在慧林之下者，有法雲善本。法秀為汴京法雲寺第一世，圓通禪師，其敕賜號也入寂於哲宗元祐五年。其法子佛國惟白，以著《禪門續傳燈錄》（三十卷）得名入寂於徽宗建中靖國元年。
慧林宗本始居蘇州之承天、興教二寺；後因杭州淨慈寺之堅請，往居淨慈寺。爾時四方互請，故說帖中有“借師三年，為此邦植福，不敢久占”之語。元豐五年，應神宗皇帝之召，住慧林寺，圓照禪師，其號也入寂於哲宗元符二年。法雲善本承其法，圓通法秀入寂時，即受敕嗣其法席，入法雲寺，大通禪師其號也。與圓照並稱，故世呼大小圓照雲入寂於徽宗大觀三年。
智門光祚之門下，與雪竇同門者有延慶子榮；其法嗣名圓通居訥，居廬山圓通寺；與歐陽修交，頗為所重；內侍李允甯舍汴京第宅為禪寺，敕賜額，名十方淨因寺；歐陽修奉天子（仁宗）命，推選居訥居之；居訥以病辭，舉大覺懷璉代之。當是時，汴京兩街諸寺，悉屬法相宗、南山律宗；至於禪宗、天台，但行於各地方；自有此淨因寺，禪宗始行於京都；大覺者，懷璉之敕賜號也居訥入寂於神宗熙寧四年。懷璉入寂於哲宗元祐五年。
雲門之法流，當以明教契嵩為最知名；嵩字仲靈，藤州鐔津人；居杭州靈隱寺；著《傳法正宗記》（十卷）、《定祖圖》（一麵），定禪宗法脈之異論；此外述《輔教編》（三卷），上之仁宗；敕加入《大藏》之中；賜號明教大師。輯其文曰《鐔津文集》（十九卷）入寂於熙寧五年。
宋以後，雲門之法，當與臨濟並盛。徽宗皇帝序《續燈錄》曰：“自南嶽青原而下，分為五宗；各擅家風，應機酬對；雖建立不同，而會歸則一；莫不箭鋒相拄，鞭影齊施；接物利生，啟悟多矣；源派演迤，枝葉扶疏，而雲門臨濟二宗，遂獨盛於天下。”由此觀之：其盛可知矣。及宋都南遷，蒙古北入，雲門宗逐致衰微；入元，其法係遂全不可考矣。《五燈會元續略》曰：“雲門宗，自宋迄元，代不乏人；如圓通、善王、山濟，俱明眼宗哲，法席甚盛；但嗣法莫可考，豈深藏其德而不求著耶？抑末流聞見之不廣也。”又載宋末雲門禪僧數名，但其係統未明。茲示雲門宗主要人物略係於下：
曹洞宗之微弱，不如溈仰、法眼，其盛亦不如雲門、臨濟；雖特稱為曹洞宗，而洞山、曹山以來之正係，法脈後絕；唯賴雲居道膺之一脈，曹洞之泉，得以不涸；降至元代，其末葉繁盛，乃出於意外。瑞州洞山良價敕諡號悟本禪師，唐末人；入寂於懿宗鹹通十年；曹山本寂敕諡號元證禪師，居撫州曹山；入寂於昭宗天複元年。五家之中：曹洞、溈仰、臨濟三宗，起於唐末；其雲門、法眼二宗，則起於五代。
洪州雲居山道膺入寂於昭宗天複元年。敕諡號弘覺大師，六傳而至芙蓉道楷；道楷初受詔，居東京十方淨因寺，更移住天寧寺；且賜紫衣，並賜號定照禪師；道楷上表固辭，謂常發誓願，不受利名；若自違素願，何以教人；頻諭不從。天子徽宗大怒，置之獄。時有司知楷忠誠，乃問曰：“有疾則可免罪，長老有疾乎？”楷毅然答雲：“生平未嚐妄語，豈敢詐疾以求僥倖：平日有疾，今實無。”遂迫令還俗，流於緇州；時大觀元年事也。翌年免罪，結庵於芙蓉湖上；《續傳燈錄》載“數百人環繞坐臥；楷慮禍，乃日各食粥一杯；不堪者稍稍去，在者猶百許人”雲。後所居之寺，敕賜華嚴禪寺之額入寂於徽宗重和元年。其法資有丹霞子淳入寂於宣和元年，即芙蓉卒之翌年；丹霞之下出清了真歇，諡悟空禪師、正覺，俱名匠也。正覺名聲最振，居明州天童山；寂後諡宏智禪師入寂於南宋高宗紹興二十七年。其《從容錄》（三卷）與《碧岩錄》，俱為禪學者所稱；蓋即天童宏智之《頌古百則》，萬鬆行秀評唱之以示眾者也；萬鬆退隱之所，榜曰容庵，故命名《從容錄》雲。
萬鬆老人行秀，構萬鬆庵於順天府報恩寺，其後轉住萬壽寺、棲霞寺，晚年造從容庵，為退居之所。《從容錄》因湛然居士從源之請而成。此外尚著《祖燈錄》（六十二卷）、《辨宗說》（不詳卷數）等書入寂於蒙古定宗二年，當南宋理宗之淳和六年。
宋季以後，曹洞大勢，《五燈會元續略》載之綦詳；曰：“曹洞宗至宋季尤盛於河北；所以元世祖大集沙門，惟少室裕祖，高賢鱗附，如黃鍾為八十四調之首，如車轂為三十六幅所歸，洵至盛矣，誰與京焉。獨惜明興以前，金遼以後，河北為戰爭之所；名刹兵穢，格言燹加；如洛之白馬、天慶，嵩之少室、龍潭，熊耳之空相，磁之大明，泰之靈岩，燕之報恩、萬壽，燈燈不絕，班班可紀，而人罕被其光。至今僅存雲門、壽昌、少室三葉，頗稱繁衍；但清涼已上，間有一二宗支，無從考核。”由此文觀之；少室雪庭之福裕，雲門之圓澄，壽昌之慧經，三派法脈後存，其所弘布，以在北方者為主。適金、遼、蒙古交侵，北方成為戰場，大寺多蒙災禍；其間有行秀等盛行法化，得法者一百二十人；此宗之行，亦雲盛矣。
茲示曹洞宗略係於下：字下附黑點者，示來自日本之人。
禪之五派中，其末最盛者，臨濟宗也。至宋時分楊岐、黃龍二派：而楊岐宗之法孫，最為繁榮。世以此二宗加於五家，呼為五家七宗雲。
臨濟義玄，嗣黃檗希運斷際禪師之法；由南方北來，居鎮州臨濟院，後移大名府興化寺東堂。入寂於唐懿宗鹹通八年；敕諡號慧照禪師。臨濟之後，經興化存獎、南院慧顒、風穴延沼至首山省念，為汝州首山之第一世；更居汝州葉縣之廣教、寶應諸寺。首山嗣法中，有名者，為汝州葉縣廣教院之歸省、潭州神鼎之洪諲、襄州穀隱山之蘊聰、汝州廣慧院之元璉，及汾陽太子院之善昭等。善昭傳之石霜楚圓：楊岐、黃龍，分於石霜之下。
黃龍慧南敕諡普覺禪師，入寂於神宗熙寧二年；生前法席之盛，評者以為可比馬祖百丈，嗣法者頗多：《續燈錄》載有八十三人；其中以寶峰克文、晦堂祖心、東林常總三人，為其法流之最廣者。寶峰克文居洪州泐潭；前曾住廬山歸宗寺；真淨禪師，其敕賜號也入寂於徽宗崇寧元年。晦堂祖心，繼慧南法席；敕賜號寶覺禪師入寂於哲宗元符三年；其法嗣有死心悟新、靈源惟清等四十餘人。東林常總，居江州東林興龍寺；嗣法達六十二人之多；開先行瑛、泐潭應乾，其顯著者也。
茲就楊岐派略述之：此派在五祖山法演之下；出佛鑒（慧勤）、佛眼（清遠）、佛果（克勤）三佛。三佛中，佛果克勤之法，尤為盛大；實為虎丘、徑山二大係所自出。
楊岐方會入寂於仁宗慶曆六年，嗣法者凡十二人；白雲守端為其上首，為圓通居訥所推選，曆住承天、圓通二寺；後遷法華、龍門、興化、海會諸寺；所至歸依者眾，有如雲集入寂於熙寧五年。蘄州五祖山之法演，嗣其法，法嗣二十餘人；昭覺克勤，其一也；以原本《雪竇頌古》，加以垂示、著語、評唱，造《碧岩集》而得名。初在成都照覺寺，後會張商英無盡居士於荊南，應其請而留碧岩；複受詔移住金陵蔣山；更奉敕住元寧、萬壽諸寺；建炎初，又轉鎮江金山；時值宋都南遷，南宋之初，高宗賜號圜悟禪師高宗紹興五年。太平慧勤，與昭覺克勤齊名；人鹹稱之曰：五祖下之二勤；慧勤居舒州之大平寺；清遠住舒州之龍門寺；其下有牧庵法忠；牧庵下有普庵印肅。
克勤法嗣，多至七十五人；其法流以虎丘、徑山為最大；虎丘一派，分鬆源、破庵二流；徑山一派，分靈隱、北澗二流；茲示之於下：
平江府虎丘之紹隆入寂於南宋高宗紹興六年，其法嗣僅曇華一人；曇華有嗣法八人，卓越者，鹹傑一人也。鹹傑之下：自鬆源、破庵等出，此派漸盛；破庵之後，尤極繁榮。鬆源崇嶽，曾住景德靈隱寺；寧宗慶元六年，上書乞退居東庵，許之。鬆源入寂於南宋寧宗嘉泰二年之法，當鐮倉中晚之際，盛傳於日本；即中國宋末元初時也。
破庵之法，傳於徑山師範；師範曆住雪竇、育王、徑山諸寺；理宗時，召至修政殿說法；賜號佛鑒禪師。著有《語錄》五卷，行於世入寂於理宗淳和九年。據係譜所載，日本鐮倉時代禪宗諸人，嗣徑山之法者甚多。
徑山宗杲，初參曹洞禪；因曹洞禪過重傳授，以為禪乃佛自悟自證之法，豈別有傳授者耶？於是去而之臨濟，承圜悟之法；在圜悟門下，最稱卓越，名重一時；高宗命住育王；又受詔遷徑山；孝宗時，賜號大慧禪師入寂於孝宗隆興元年。嗣法者九十餘人。《續燈錄》曰：“鼎需、思嶽、彌光、悟本、守淨、道謙、遵璞、祖元、衝密等九人，皆契悟廣大，先師而歿；其餘皆道化一方，臨濟宗旨益振焉。”大慧之下，德光之門。分靈隱之善、北澗居簡二派：出於徑山智及門下之道衍，即助明成祖舉兵之姚廣孝也。
元以後，禪宗與喇嘛教俱盛；蓋助元世祖成業之劉秉宗諡文貞，本屬禪僧，故於臨濟宗之宏傳稱便焉。先是，秉忠居雲中南堂寺時，適值海雲印簡，應世祖之召，乃隨之而往；印簡頗為世祖所尊信，故稱為臨濟之中興。武宗至大二年，敕趙孟煩撰《臨濟正宗碑》；其文曰：“海雲大宗師簡公，性與道台，心與法宜；細無不入，大無不包；住臨濟院，能係祖傳，以正道統；佛法蓋至此而中興焉。”其推崇可謂至矣。劉秉忠乃出於印簡弟子可庵朗公之門下者也。
元代破庵一派之高峰原妙，其弟子以中峰明本、正宗了義為最著；而明本尤傑出。仁宗延祐五年，禮聘之不至；賜號佛慈圓照廣慧禪師；謂其院曰正宗；英宗亦敬信之；寂後七年，在文宗時，更賜諡為智覺禪師。順宗之世，以其《語錄》三十卷，加入《藏》中；更贈號普覺國師入寂於英宗至治三年；朝廷之尊崇，可謂至矣。中峰之法，在足利時代，盛傳於日本。
明太祖本為禪僧，故明之佛教，大半屬於禪宗；明末臨濟宗，據載在《會元續略》者觀之，此大勢可以窺知矣。《會元續略》曰：“臨濟宗自宋季稍盛於江南，閱元而明，人宗大匠，所在都有；而韜光斂瑞，民莫得傳；惟是天童、磐山、車溪三派鼎峙，支那學者，依為出世梯航。”要之：明末清初之際，禪宗已無昔日之盛，其係統可尋者，僅天童圓悟、磬山圓修、車溪性衝等三派而已。三人俱明末人，車溪寂於神宗萬曆三十九年；天童寂於毅宗崇禎十四年；磬山與天童同門，寂於崇禎八年；其時代蓋相同也。
圓悟，號密雲；宜興蔣氏子。耕樵為業；年三十，棄家事龍池傳和尚。掩關千日；後過銅官山頂，忽覺情與無情，煥然頓現，覓纖毫過患不可得，遂大悟。凡六坐道場，法席最盛；臨濟之傳，稱為中興。時天童古刹久廢；悟慨然重興之。所囑付弟子十二人。悟有《語錄》十二卷行世。
圓修，字天隱；荊溪閔氏子。依龍池剃染；參父母未生前本來麵目；工候急切，至百餘日；偶讀《楞嚴》至佛叱阿難此非汝心處，默然有省。厥後掩關兩載，終日蒲團；正在絕念忘境之際，忽聞驢鳴，豁然大悟。於萬曆庚申，結茅磐山，漸成大刹。門下人材之眾，與圓悟相埒。
同時有憨山大師德清，受禪於雲、穀法會；歎六祖大師舊址頹廢，再興之。其著述頗多；化度至盛入寂於熹宗天啟三年。茲舉其著述之重要者於下：
《法華經通義》七卷
《法華經擊節》一卷
《圓覺經直解》二卷
《大乘起信論疏略纂要》一卷
《大乘起信論直解》二卷
《觀楞迦經記》十八卷
《金剛決疑》一卷
《般若心經直說》一卷
《肇論略注》二卷
《八十八祖真影傳讚》五卷
《中庸直指》一卷
《老子道德經注》二卷
《莊子內篇注》四卷
又憨山《夢遊集》（五十五卷），乃其門人據憨山手記而編輯者，此外尚有《憨山語錄》（二十卷）。
明末高僧，有雲棲宏；或以為屬華嚴宗；然其一生所宏揚者，多屬淨土；蓋宋明以後，各宗殆無不兼崇念佛也。曾至京師參遍融、笑岩二師天奇本瑞之法孫；嗣至東昌，途聞鼓聲，忽然大悟。因其居杭州雲棲入寂於明熹宗萬曆四十三年，故世稱雲棲大師雲。其著述如下：
《楞嚴經摸象記》一卷
《阿彌陀經疏鈔》四卷
《阿彌陀經疏鈔事義》一卷
《阿彌陀經疏鈔問辨》一卷
《四十八問答》一卷
《淨土疑辨》一卷
《西方發願文》一卷
《遺教經論疏節要》一卷
《禪關策進》二卷
《梵網菩薩戒疏發隱》七卷
《沙彌律儀要略》一卷
《往生集》三卷
《緇門崇行錄》一卷
《直道錄》一卷
《自知錄》一卷
《山房雜錄》二卷
《雲棲遺稿》三卷
《竹窗隨筆》三卷
《正訛集》一卷
此外尚有《雲棲規約》、《僧訓日記》、《戒殺放生文》、《放生儀》等小篇。蓋雲棲本出於禪，又盛弘念佛，與天台蕅益，並稱明末二大明星。聞穀大師廣印，雲棲弟子也；為作塔銘稱之曰：“一度弟子，千有餘人；得戒弟子，萬有餘人。”足證其化導之盛。
紫柏真可大師，亦當時英俊，嚐至京師參遍融禪師；後遊諸方，曆參知識。念《大藏》經卷帙重多，外間不易得見；因改刻方冊，俾易流通；命其弟子密藏、幻予，先後任刊刻之事；貯板於徑山寂照庵；世所稱《徑山藏》是也。聞穀碑銘中，稱聞穀慕紫柏事跡，興寺於其舊址。憨山大師亦頗忻慕之。著有《般若心經說》（一卷）、《般若心經要論》（一卷）、《般若心經直談》（一卷）、《紫柏老人集》（二十九卷）、《紫柏老人別集》（四卷）等書。其嗣法係統亦不明。
（五）諸宗融合之傾向
宋初佛教再興，汴京中央諸寺，僅有法相宗、南山律宗；禪宗、天台宗，隻盛行於江南；其北傳也，為時頗後；前已述之。是知法相宗，自為天台宗荊溪大師論破以後，尚借玄奘餘力，行於京都；已無學德兼備者，足傳於後世；降及元代，曆史所傳者，惟鎮江普照寺之普喜（吉祥禪師）、秦州景福寺之英辨（普覺）、及雲岩之誌德（佛光大師），稱為元初學者而已；又明代有明昱者，唯識宗掉尾之大家也；著有《三十唯識約意》（一卷）、《百法明門論贅言》（一卷）、《觀所緣緣論會釋》（一卷）、《觀所緣緣論釋記》（一卷）、《唯識論俗詮》（十卷）、《因明入正理論直疏》（一卷）、《三支比量義鈔》（一卷）等書；但自唐武宗會昌法難後，玄奘弟子窺基等所著之論疏，皆遭焚毀，中土失傳；明昱殆未寓目；其傳承既不詳；所說亦多乖玄奘本旨；凡明代人之解釋法相者，皆有此誤，固不獨明昱為然也。
明代禪、教、講之區別，恐係宋末以來一般人之說；其教中似含有秘密佛教之儀式；故秘密佛教，在社會方麵，頗占一部分勢力；但在佛教史上，則無可記之事實。唐末宋初，秘密佛教人材間出，自後即不能窺知矣。
其僅可記者，為講求學問之華嚴宗；與實際佛教之念佛宗。但此二者，亦不能謂為純粹之華嚴宗，或純粹之念佛宗；蓋此等宗教狀態，或受天台之影響；或與禪宗混合而成也。
華嚴宗，宋初有長水子璿，即世所稱長水大師是也。自澄觀大師傳圭峰；圭峰傳徹微；徹微傳海印；海印傳法燈；法燈傳長水；華嚴宗至此，始複興盛。相傳長水初學華嚴於秀州洪敏，後聞琅玡慧覺汾陽善昭之下之名，隨之學禪。將嗣其法，琅玡謂之曰：“汝宗不振久矣；宜勵誌扶持，以報佛恩。”乃奉師訓，居長水說《華嚴》，其徒多及千人。以賢首教義著《首楞嚴經義疏》（二十卷）、《大乘起信論疏筆削記》等書，知名於世。
長水之後有淨源其先出泉州晉水，故世稱晉水淨源，學《華嚴》於五台山承遷《宗脈記》則以為子璿亦承遷弟子，而以宗密而下，經傳奧、從朗、現而至承遷，以承遷亦現之弟子，但承遷之傳不詳，承遷著有《注金師子章》一卷，今存。後亦受教於長水，最後居杭州之南山慧因寺。當是時，華嚴宗經典，多所散佚，適高麗之義天，來華學佛教，所攜華嚴經典甚多；嚐決疑於淨源；因此華嚴宗之書，得複歸於中國；義天還高麗後，以《華嚴經》一百八十卷贈淨源；即《六十》、《四十》、《八十》三譯，即世稱《三大華嚴》也；淨源得此，為別建華嚴閣以藏之；故世亦謂慧因寺為高麗寺；稱淨源為華嚴宗之中興者。著有《妄盡還源觀疏鈔補解》（一卷）、《原人論發微錄》（三卷）；與師會之《一乘教義分齊章複古記》（六卷）、《焚薪》（二卷）、希迪之《五教章集成記》（一卷）、道亭之《五教章義苑疏》（十卷），稱宋四大家。元初有仲華文才直覺國師，《佛祖通載》謂其著有《慧燈集懸談詳略》、《肇論疏》等書。其弟子有大林了性弘教大師，幻堂寶嚴，京師之大寶積寺之妙文，亦為此宗之達者；明代有別峰大同，本學《華嚴》於春穀法師懷古肇公；後參中峰，中峰告之曰：“《賢首》之宗，日遠而日微矣；子之器量，足以張大之；毋久淹乎此也。”遂專弘《華嚴》；弟子之嗣法者，分布列刹。著有《天柱稿》、《寶林類編》。同時有古庭善學，受《華嚴》於寶覺簡公，融會甚深微妙之旨，學者宗之。降及明末，圓鏡亦以學《華嚴》知名於世。雲浪法師恩公，紹天界無極老人之統，承賢首二十三世之係，弘《華嚴》於金陵；三演大疏，七講玄談，盡得華嚴法界圓融無礙之旨；弟子分化四方者甚多。觀元明之際，此宗學者，似尚不少；或者因其對於《華嚴》不能有所發揮，此宗遂漸就衰微乎？未可知也。
清涼宗密以後，華嚴頗近禪宗；長水既傳琅玡之禪，別峰亦因中峰禪師之言，而弘《華嚴》；當時華嚴與禪之關係，略可推知。又自禪宗言之，法眼宗頗取華嚴教意，此可謂為取華嚴入禪者也。是則華嚴教義，縱存於元明之際，不過與禪相提攜，以維持其餘勢耳《宗脈記》以為自淨源、衝觀、師會、心、竹坡、悟、介、瓊、南山、華春、穀遇，累代相承，而至別峰大同。
念佛宗，宋初以後，流傳頗廣；但非獨立一宗，凡抱天台、華嚴、乃至禪宗宗旨之人，以期念佛往生，或勸人念佛者；其人甚多，不遑枚舉。天台宗之四明三派中，神照一家，頗勸念佛；神照慕古廬山之風，結白蓮社而修念佛；其念佛修行之處，閱六七年而為大刹。仁宗時，賜以白蓮寺寺號。神照之弟子曰處鹹，曰有嚴，曰處謙，《佛祖統紀》均有傳；《處謙傳》曰：“熙寧乙卯（八年）四月丙寅，晨興，沐浴更衣；集眾諷《普賢行法》、《阿彌陀經》。乃曰：吾得無生日用久矣；今以無生而生淨土，即入定寂然。”《有嚴傳》曰：“畜一缽無長物，躬拾薪汲水，食惟三白；毗尼條章輕重等護二十年；專事淨業；以安養為故鄉；作懷淨土詩八章，辭情淒切，人多樂誦；常時所修三昧，多獲瑞應。”有嚴著有《阿彌陀禮文》。左伸，亦神照之弟子，刻西方三聖像，旦夜虔事；臨終，請僧諷誦《阿彌陀經》未徹，即雲：我已見佛光矣；遂沐浴更衣，戒左右勿哭，勿逼吾前，稱佛結印而化。
處謙弟子曰淨梵，曰擇瑛，曰思照，曰行人宗利，俱念佛行者，其傳載在《統紀》。《淨梵傳》載“十歲出家，常念阿彌陀佛”。《擇瑛傳》載有《淨土修證儀》、《阿彌陀佛身金色之偈》；又辨西方此土二種觀門之相，以勸專修淨業者；歿時亦“西向諷《彌陀經》，卷終而逝”。《思照傳》曰：“專修念佛三昧，築小庵曰德雲；後連小閣，為觀落日之所；刻三聖像，每夜過午，即起念佛；月二十三日，率道俗係念，終其身三十年；一旦語其徒曰：夜夢佛金身丈六，此往生之兆也；請僧七日以助念佛；屈指作印，奄從坐化。”《宗利傳》亦雲：“於靜定中神遊淨土，見寶池蓮花寶林境界；尋詣新城碧沼，專修念佛三昧，經曆十年。”在處鹹弟子元慧之下者，有了然；其傳亦載“集眾說法；複大書曰：因念佛力，得歸極樂；凡在吾徒，宜當力學；即沐浴更衣，與眾同誦《阿彌陀經》，至西方極樂世界而逝”等語。以上所舉，皆神照家也；其念佛修行之盛可知矣。
又念佛、天台二宗，關係最為密切；天台之行者，多修念佛，以期往生西方；故不能僅謂為神照家念佛；今不過示其特著之一家而已。此外天台諸家之念佛者，代有其人，不遑枚舉；唯石芝宗曉出於廣智家之末。即著《樂邦文類》、《樂邦遺稿》者。與淨土教關係最深，故表而出之。
《釋氏稽古略續集》載元明之際，天台學者絕宗善繼、瞽庵顯示、無礙普智，皆專修淨業，或弘揚之。《諸嗣宗脈記》載竹庵可觀之法，傳於北峰宗印；北峰之下，有相洲懷坦、剡源覺先、佛光法照等；自佛光經子庭師訓出東溟慧日；其下有無礙普智；又自剡源，出雲夢澤、佛鑒銛；二人門下各有著名之大師，即虎溪懷則、湛堂性澄是也。瞽庵、絕宗二人，共出湛堂之門。此外明初之蘧庵大祐，為玉岡蒙潤之弟子；兼天台、華嚴之學；著有《彌陀略解》、《淨土指歸》等書，行於世。
宋以後，諸宗學者，兼力弘念佛之高僧，當以唐末之永明延寺、宋初之靈芝元照、明末之雲棲襪宏、蕅益智旭為最著。
永明延壽，法眼宗之大宗匠也；著《宗鏡錄》見前法眼宗下，應吳越忠懿王之請，住靈隱；後遷永明；禪與念佛兼修，夜則往別峰，修行道念佛之法。忠懿王為之建西方香嚴殿焉。石芝宗曉，在古來淨土行者中，選出最著者七人，為蓮社之七祖，呼延壽為其第六祖。（第一祖廬山慧遠；第二祖光明善導；第三祖般舟承遠；第四祖五會法照；第五祖新定少康；第六祖永明延壽；第七祖昭慶省常。）
靈芝元照律師，以天台教義釋律；且當時禪宗甚盛，動逸綱紀；見持守堅固者，反嘲為執相，弊害甚大；遂唱導教、律、禪一致之論；同時以念佛之教，普勸道俗；其翻刻慈湣三藏文集也；宗旨有二：一為明慈湣之教、律、禪一致之說；一為供其弘通念佛教之用《慈湣集》今不存，故內容不明。
“長蘆宗頤，與當時名勝，盛結蓮華淨土念佛社”，乃《釋氏稽古略》引《葦江集》中之語，蓋在宋哲宗時代與元照同時也；所謂蓮華念佛，其慕廬山白蓮社之遺風乎。靈芝律師之前，當真宗之世，有圓淨法師省常者，慕廬山之風，隱遁西湖之濱，結白蓮社修念佛，後改淨行社；當是時，入社者甚多；謂與昔時慧遠之社媲美而無慚德省常寂於真宗天禧四年。其後則有天台神照一如之念佛，慕廬山之風，建白蓮寺，修念佛，已如前述。又元照之普勸念佛：同時有給事中馮楫，與賢士大夫，高僧逸士，思繼廬山蓮社遺風，月修係念淨土會；又圓辨道琛法師，所至建每月二十三日之淨土係念道場；與禪、律、講諸宗學者道俗，同修念佛；不期而至者，常逾萬人；宋代白蓮社念佛之盛，可以知矣。
明有廬山遍融，後入汴京，盛弘其教；受上下流歸向；雲棲大師，曾參謁之；遍融告之曰：“不要貪名圖利；勿扳緣貴要之門；唯一心辦道，老實持戒念佛。”雲棲雖亦參笑岩，跡其生平，似頗受遍融之感化。
雲棲大師，於弘通念佛，有甚深之因緣，於前舉之著述，可以知之。雲棲本禪宗之人，其教理之解釋，則用華嚴宗，此蓋受其師遍融之影響，《續稽古略》稱遍融“證華嚴三昧，得大解脫法門”；可知其係華嚴宗人。故雲棲判念佛教，謂其在小始終頓圓五教中，正屬頓教，而兼通終圓二教也。
蕅益大師智旭，俗姓鍾氏；少好儒，頗斥佛教；十七歲，讀雲棲《竹窗隨筆》，大悔悟；二十四歲，夢受教於憨山，欣然慕之；以道遠未能往學；乃依雪嶺出家，雪嶺，憨山弟子也。蓋蕅益本出自禪宗，後擬注《梵網經》，作《四鬮問佛》？一曰宗華嚴、二曰宗天台、三曰宗法相、四曰自立宗，頻拈得天台；遂潛心研究天台著述。晚年住靈峰，世稱靈峰老人。但蕅益於律、法相、念佛種種方麵，著述頗多；因近世天台學者，與禪宗、華嚴、法相，各持門戶之見，不能和合；心勿謂然，故決不以一宗學者自居寂於永曆元年。其著述現存者如下：
《楞嚴經玄義》二卷 《楞嚴經文句》十卷
《楞迦經玄義》二卷 《楞迦經義疏》九卷
《盂蘭盆經新疏》一卷 《占察善惡業報經玄義》二卷
《占察善惡業報經義疏》四卷 《金剛般若經破空論》一卷
《金剛般若經觀心釋》一卷 《般若心經釋要》一卷
《法華經會義》十六卷 《法華經綸貫》一卷
（（佛遺教經解》一卷 《四十二章經解》一卷
《八大人覺經略解》一卷 《阿彌陀經要解》一卷
《梵網經菩薩心地品合注》七卷《梵網戒本經箋要》一卷
《梵網經菩薩心地品玄義》一卷《四分律大小持戒犍度略釋》一卷
《齋經科注》一卷 《優婆塞五戒相經箋要》一卷
《羯磨文釋》一卷 《在家律要後集》三卷
《律要後集》一卷 《梵網經懺悔行法》一卷
《毗尼事義集要》十七卷 《沙彌十戒威儀錄要》一卷
《大乘起信論裂網疏》六卷 《唯識心要》十卷
《三十唯識直解》一卷 《大乘百法明門論直解》一卷
《觀所緣緣論直解》一卷 《觀所緣緣論釋直解》一卷
《因明入正理論直解》一卷 《大乘止觀法門釋要》六卷
《八識規矩頌直解》一卷 《唐奘師真唯識量略解》一卷
《六離合釋法式略解》一卷 《教觀綱宗》一卷
《法華玄義節要》二卷 《占察善惡業報經懺儀》一卷
《讚禮地藏菩薩懺儀》一卷 《大悲行法辯偽》一卷
《閱藏知津》四十八卷 《法海觀瀾》二卷
《絕餘編》四卷 《見聞錄》一卷
《辟邪集》一卷 《靈峰宗論》三十七卷
《選佛譜》二卷 《重訂諸經日誦》二卷
《周易禪解》十卷 《四書解》卷數不詳
蕅益之意以為佛教各宗，雖分派相爭；然元來目的則一，不外乎明其自心而已。故唱諸宗融合一致論；謂佛教有教、禪、律三大區別：禪為佛心；教為佛語；律為佛行；此三者具備，始為完全佛教；執一以相爭者，乃學者之誤謬；此蕅益對於佛教思想之大體也。
總之，宋以後之佛教，唯禪獨盛；以無所羈束為高，其弊在放浪；因惹起其他教律之抗爭，不易一致；故眼光高大者，或謂禪、教一致，或唱三學一源，以企其融合；其教中則以天台、華嚴、法相、念佛四者為主要也。此教、禪、律三者一致論之結局，而蕅益大師於是出世矣。蕅益之地位，於其著述之廣，可以知之。元代虎溪懷則著《佛心印記》，對抗禪宗、華嚴宗，以天台為佛祖正傳之心印，乃最有名之學者也。
佛教內部既有融合論；而對於道、儒二教一致之論亦漸起；佛教徒注儒書及老、莊，以謀發揮其旨者亦漸多。但老子與佛教類似之處頗多，故其間爭論亦烈；同時亦有相近之傾向。始於南北朝時代，前既言之矣。儒家與佛教之性質，相去較遠；儒為世間法，可稱政治學；佛為出世間法，屬於宗教；範圍不同，故其爭較少。降及宋世，理學勃興；形而上的宇宙論，近於佛老所談；爭端複烈，勢所必然。蓋宋儒之學問，大都受佛教影響；其後王陽明之良知說，亦決不能出佛教之範圍；而與儒教以莫大影響者，自屬當時最盛之禪宗。於是佛儒因性質類似而相爭；未幾，又產出融合論矣。
唐韓退之、宋歐陽修之毀佛也，概係攻擊其表麵上之事實；即附隨於佛教而行之迷信，或其弊害；而未能達佛教之教理，觸其深遠之問題。至柳宗元頗反對韓退之，而為佛教辯護；蘇東坡則篤信佛教，於教理研究頗深。是則儒者中之儒佛一致論，唐時已有之矣。
佛教徒中，攻擊儒教最有名者，莫如宋之契嵩。其《鐔津文集》中，載有《非韓》三篇，取韓退之之文，一一駁詰，殆無餘蘊。然就其《輔教編》觀之，契嵩受儒教影響亦頗甚；其孝論，即以佛教而融合儒的世間教；此契嵩所以為儒佛一致論者中之最古者也。當是時，歐陽修、李泰伯，盛為排佛論；契嵩往晤李泰伯，論儒釋吻合，為之作《原教》、《孝論》。泰伯頗喜其文，異其說，致書歐陽修譽之。
其後明之願證，著《觀幻子》謂合儒釋一貫之妙；沈士榮著《續原教論》，討論三教異同；姚廣孝出《道餘錄》，駁二程朱子之說；明太祖亦有《三教論》、《釋道論》。此外禪僧中，有論道儒二教者；儒者中，亦多有論佛教者；今姑從略；惟就明末最後出之三教融合論者，憨山、蕅益二人述之：
憨山有《中庸直指》、《老子解》、《莊子內篇注》等書；蕅益有《四書解》、《周易禪解》等書；憨山之《老子解》，卷端有《觀老莊影響論》一名《三教源流同異論》，其主張三教一致，最為明顯；實欲以禪意使三教合一者也。其文曰：“餘嚐以三事自勖曰：不知《春秋》，不能涉世；不知老莊，不能忘世；不參禪，不能出世；知此，可與言學矣。”又曰：“孔子，人乘之聖也；故奉天以治人；老子，天乘之聖也；故清淨無欲，離人而入天；聲聞緣覺，超人天之聖也；故高超三界，遠越四生，棄人天而不入；菩薩，超二乘之聖也；出人天而入人天，故往來三界，救度四生，出真而入俗；佛則超聖凡之聖也；故能聖能凡，在天而天，在人而人，乃至異類分形，無往而不入。”由此觀之：憨山三教一致之要領，可以知矣。