康熙二十年，玄燁從李光地議，遣福建水師提督施琅（本是鄭成功部將，犯罪逃降清）攻台灣，二十二年，鄭成功嗣孫鄭克塽降。清設台灣府，澎湖、淡水、諸羅、台灣、鳳山、彰化等廳縣，屬福建布政使管轄。總兵領水陸兵八千駐台灣，副將領水師二千駐澎湖廳。後增兵額至一萬四千名，儼然成海東重鎮。
漢族反滿最後一塊海外根據地被玄燁擊平了。大陸上早被嚴密的統治著，漢族義民雖然不斷起事（如順治十七年山東於七起義。康熙二年，福建王鐵佛起義。十二年，楊起隆謀襲北京，事敗逃走。十九年，起隆又在陝西起義。二十七年，武昌兵變，推夏逢龍為首領。四十六年，雲南李天樞、朱六非起義攻昆明），無疑是奔向虎口送死。某些義士感到敵我形勢的懸殊，必須轉換新方式，蓄積力量，才能繼續與滿族鬥爭，因此成立了許多秘密的革命團體。
（一）三合會
（二）哥老會
哥老會又稱哥弟會，成立約在乾隆年間。當時滿洲統治中國已久，茫茫神州（中國），何處找一片土地作恢複的根據？某些義士假托大海，虛設一個理想國家，表示不食清朝的米飯，不住清朝的土地（封建社會認土地糧食是皇帝所有，人民生活，稱為“食毛踐土”，算是皇帝的恩典），不當清朝的順民。這個理想國家的組織，會員通稱洪家兄弟，秘密名冊稱海底，機關部稱碼頭，首領稱掌柁或正龍頭，下設副龍頭，次為坐堂、陪堂、刑堂、理堂、執堂稱為五堂，又有盟證及香長，共稱內八堂。排行都算老大。次為心腹及聖賢，行二；次為當家，行三；次為管事，行五；次為福祿，行六；次為巡查，行八；次為大九、小九，行九；次為大麽、小麽（通稱老麽），行十。共稱外八堂。會中不設老四、老七兩位，相傳最先兩位曾叛變，因此廢棄不再設。每一碼頭，照例由老大充當掌柁，總管碼頭事務，每有命令，眾兄弟無不遵辦。老三經理內部事務，老五經理外部事務，老六以下，算是普通會員。會中人員不分身份（階級與階層），凡有誌反滿複明的中國人，不論士、農、工、商、貧、富、文、武各色人等，都得拜師傅充會員。隻有身家不清白（血族不純粹）以及剃頭匠、轎夫、伶人不得入會。全會分仁、義、禮、智、信五級，稱為五門，每門各有傳統的家法，初入門時輩分低微，逐漸升至最高輩（“仁”字輩最高，“信”字輩最低）。當初立會宗旨，在團結中國人民，反滿複明，因此最重“兄弟義氣”，對龍頭嚴格服從命令，對同會盡力互相扶助。在滿清壓迫漢族的時代，這種組織，確有它存在的意義，到清末，也曾有大部會員參加了辛亥革命。
明末義士組織秘密會黨，主旨在反滿複明，忽略了階級反抗的提倡，因此滿漢兩族相處日久，漢族人民反滿意識逐漸模糊，秘密會黨也就逐漸無力，不能獨立發動大起義。乾隆以後，統治階級本身愈益腐朽，對人民剝削愈益猛烈，階級反抗隨著壓迫的加重而發展起來。下麵所述幾個規模較大的起義，是用“官逼民反”作口號，與“反滿複明”舊口號結合起來，起義規模漸趨擴大了。
（三）台灣起義
台灣孤懸福建海外，是清朝統治力量比較薄弱的地方。康熙六十年四月，朱一貴、黃殿、李勇、吳外聚眾數百人，據岡山（離台灣府城三十裏）起義。一貴本福建長泰縣人，家貧，喜交結朋友，被鄉人排斥，流寓台灣，畜鴨為業。一貴編鴨成隊，朝晚出入，像部勒兵士，遠近居民大敬異。黃殿等因一貴姓朱，共推其為首領，稱大元帥朱，用農具當兵器，擊破清軍，前後七天，占領台灣全部，清官員軍隊紛紛逃歸福建。一貴有兵三十萬，自稱中興王，年號永和，大封功臣。留台漢奸造謠威脅民眾道：“頭戴明朝冠，身穿清朝衣，五月稱永和，六月還康熙。”諸生（秀才）林皋、劉化鋰等密結俘虜清遊擊劉得紫謀內變，響應福建清軍。朱一貴嚴禁軍士**掠，部將杜君英不服命令，率眾數萬，搶奪婦女財物，與一貴軍戰。清水師提督施世驃、總督覺羅滿保乘台灣內亂，六月，攻殺朱一貴。台灣人民被清軍壓平，小的戰鬥卻始終起伏不曾停止。乾隆五十一年，彰化縣天地會首領林爽文起義，攻破彰化、諸羅兩縣，莊大田攻陷鳳山縣，合兵攻府城。清總兵官柴大紀聚鄉兵攻取諸羅城。莊大田留攻府城，林爽文攻諸羅，共有眾十餘萬人。柴大紀酌酒拜部下將士道：“大紀受天子付托，誓與城共存亡，諸君能堅守最好，否則斬大紀頭獻敵求降，也很好。”將士感激，助大紀守城，爽文猛攻半年不能破。弘曆命福康安、海蘭察率大軍救台灣，破滅起義軍。柴大紀自恃忠義功大，迎福康安不行拜伏路旁禮。福康安怒，密奏大紀奸詐難信，前後奏報不實。弘曆逮大紀至京訊問，按紀律不明罪斬首。
台灣居民多從福建泉、漳二州及廣東遷來，官吏利用居民間鄉土姓族的成見，任令械鬥互殺，結成深仇，借以削弱漢族團結的力量。清朝又製定法令，禁止台灣地方開設小典，質押零星衣物，重利盤剝貧民，借以和緩窮人反抗的仇恨。這些辦法，自然也收些功效，可是從康熙二十二年起，至光緒十四年止，大小起義仍多至二十二次。這說明明末閩粵義民響應鄭成功號召，遷居台灣，父子相傳，始終保持反滿反壓迫的精神。光緒二十一年，台灣割讓給日本，自然，人民反抗強暴的傳統精神，決不因新統治者的高壓和誘騙趨於消沉。曆史將要證明，反抗力超過壓迫力的那一天，台灣人民必然悲喜交集地歸還祖國來。
（四）白蓮教起義
道教教義絲毫不含反抗統治階級的意義，道教的神話和妖術卻常被反抗者利用，達到組織下層民眾，發動武裝起義的預期。元朝民間有白蓮社（白蓮是佛教的慣用名詞），元末，白蓮教徒劉福通起紅巾軍（朱元璋最初也屬紅巾軍），摧毀蒙古的統治。明末，白蓮會蔓延山東、直隸、山西、河南、陝西、四川等省，教主薊州（河北薊縣）人王森自稱聞香教主（據說得妖狐異香），被捕死獄中。子王好賢、教徒钜野（山東钜野縣）徐鴻儒繼續傳教，二十年中聚徒二百萬，天啟五年徐鴻儒起兵，自號中興福烈帝，兵敗磔（音謫。分屍）死。清朝白蓮教仍傳授不絕，教徒供奉“真空家鄉，無生父母”八字真言。意思當是說家鄉是空的，人是靠天地生長的。農民留戀鄉土家庭的心情，被八字真言攻破了。乾隆四十年，教主安徽人劉鬆被捕流甘肅充軍。教徒劉之協、宋之清等秘密傳教，陝西、四川、湖南等省徒黨甚眾。劉之協等宣言劫運到來，清朝將滅，共推鹿邑（河南鹿邑縣）人王發生為主，冒稱朱明後代，號召民眾。五十六年，事露，劉之協等遁匿。弘曆命地方官嚴密搜索，河南、安徽、湖北三省官吏借端侵害人民，例如武昌府同知常丹葵搜查荊州宜昌一帶，株連羅織，富人破產，貧民獄死，凡數千家，無故受禍。當時川、鄂、黔、粵等省，因攻伐苗族，捐稅苛重，又禁販私鹽，人民生計窮困，無不仇恨官吏，等待機會起事。
嘉慶元年正月，白蓮教徒揭出“官逼民反”口號，聶傑人、張正謨、姚之富、齊王氏（齊林妻）等起兵荊州、襄陽，孫士鳳、徐天德、王三槐、冷天祿等起兵四川，張士龍、張漢潮、張天倫等起兵陝西。各路行軍，大抵不整隊，不迎戰，不走平原，數百人一群，忽分忽合，忽南忽北，避實攻虛，使清軍疲於奔命。
清軍將帥有總統（最高指揮官）、總督、將軍、巡撫、總兵多人，無不畏縮觀望（如總統永保隻尾追不迎擊，河南巡撫景安諢號迎送伯），殘殺冒功（如四川總督福寧誘降人二千入城領衣糧，悉數殺死，奏報戰功；襄陽道員胡齊侖殺難民二百，冒功領賞），克扣軍餉（如倭什布檢查胡齊侖支放軍需簿，發覺湖廣總督畢沅、總統永保吞贓尤多）。顒琰逮總統勒保治罪上諭說，軍營保奏，大半親隨私人，兵勇錢糧，並不按期發給，至令兵士饑餓赤足，形同乞丐。“縱兵殃民”（洪亮吉平邪教奏），“軍紀廢弛，地方受害，甚於盜賊”（四川合州知州龔景瀚奏）。顒琰見“賊愈剿而愈熾（盛），餉愈靡而罔（無）益”，大怒治諸大帥罪，下詔道：“永保（總統）縱（放）賊湖北，景安（巡撫）縱賊河南，宜綿（總統）秦承恩（巡撫）縱賊陝西，英善（總督）、勒保（總督）縱賊四川，惠齡（巡撫）縱賊渡漢江，除景安、永保處死刑外，其餘各按輕重治罪。”
大批滿洲將帥斥逐以後，清軍形勢漸有轉機。顒琰兼用綠營將領楊遇春、楊芳一類人，才能遠在滿洲大帥上，白蓮軍首領多被捕殺，軍力漸趨衰弱。顒琰又利用鄉勇（地主武裝）羅思舉（大盜出身）、桂涵（流氓出身）一類人，熟悉地勢敵情，凶悍遠在官兵上。白蓮軍屢遭猛擊，軍力益趨危境。顒琰又采用襄陽紳士梁有穀等築堡（碉堡）團守（民團）法，令各省廣築碉堡，厲行驅民入堡，堅壁清野，紳士督率民團守堡防堵，官兵鄉勇追敵猛擊，白蓮軍流動地區逐漸縮小，衣食匱乏，軍力更不能支。顒琰又宣布“但治從逆，不治從教”誘降策，白蓮軍最後不得不戰敗潰滅。
嘉慶元年正月白蓮軍起事，五年六月，教主劉之協被捕。九年九月，白蓮軍敗滅。清軍殺白蓮教徒及平民數十萬人，用軍費二萬萬兩。
鄉勇建立了大功，卻招清朝的畏忌。陝西總督長麟奏稱：“團練（鄉勇）在今天有用，在將來有大害。因為民氣從此強悍，不免聚眾鬥爭，抗官拒捕，不可不及早遏止。請速派委員，稽查兵器，拆毀堡寨。”顒琰從長麟議，收回民間兵器，又設立寨首，仿保甲法，約束民戶，防禦寇盜，有些堡寨得暫留不毀。
（五）天理教起義
天理教是白蓮教的一個支派。白蓮教支派有虎尾鞭、義和拳、紅磚社、八卦、榮華、紅陽、白易等名目，其中八卦教又名天理會，教徒最眾，遍布直隸、河南、山東、山西等省。教眾奉“真空家鄉，無生父母”為八字真訣，日夜拜神念誦。入教日例納錢財，稱為種福錢，又稱根基錢。嘉慶中期，八卦教每卦教首是：乾卦張廷舉，山東定陶縣人；坤卦邱玉，山西嶽陽縣（安澤）人；震卦李文成，河南滑縣人；巽卦程百嶽，山東武城縣人；民卦郭泗湖，河南虞城縣人；兌卦侯國龍，山西嶽陽縣人；坎卦林清，順天府大興縣（河北大興縣）人；離卦張景文，山東城武縣人。震卦最貴，七卦都聽震卦教首命令。李文成統管八卦，兼掌九宮（八卦分為八方，加中央成九宮），有徒眾數萬人。
李文成世居滑縣謝家莊，幼年學木工，人呼為李四木匠。文成羞怒，棄業投書塾習書算，善能發疑問，與塾師辯難，塾師怒驅文成出塾。文成專心研究算學，並習占驗（看天象吉凶）星命（推算禍福）術，頗得民眾尊信。當時河南流行“若要紅花開，須待嚴霜來”的謠諺，文成收聚無賴亡命，自號嚴霜十八子（“李”字隱語為“十八子”），入震卦教，受推為教首。文成聚根基錢買戰馬，練士兵，造甲仗，定旗號，約期舉事。
林清，大興縣黃村宋家莊人，幼年當藥店學徒，性無賴並生惡瘡，被店主斥逐。清貧困投充衙役，善能談說收賄，得錢結交朋友，毫不吝惜。後來犯罪逃匿，入天理會坎卦，受推為教首。清宣稱教眾納根基錢，日後事成，十倍償還，凡納一百錢，得分地一頃。遠近農民踴躍納錢，清悉數救濟貧困，養活萬餘家。李文成見林清口才出眾，大喜，共推林清為天皇，馮克善（有勇力）為地皇，李文成為人皇。約定成功後，清得直隸，文成得河南，克善得山東，會眾各依誌願得分割土地。
嘉慶十七年正月，天理會教徒集道口鎮（河南滑縣）大會。李文成在滑縣設人皇府，立大旗，上書“大明天順李真主”七字。軍師牛亮臣（滑縣犯罪書吏）、大元帥宋元成佐理軍務，部屬不得軍師令，不敢入府議事，文成也很少召見眾人。李文成推算天命，定酉年（十八年癸酉）戌月（九月）寅日（十五日戊寅）午時起事。稱九月以後為白洋劫，山西為洋頭，河南為洋腹，山東為洋尾，依次序用兵攻取。教首發給徒眾白布小旗各一幅，起事日插門上，可免殺戮，不插旗的人家，屠殺不赦，免殺徒眾又分三等待遇。造口訣道：“位列上中下，才分天地人，五行生父子，八卦定君臣。”經卷（白蓮教及各支派都雜采佛道兩教神話，造經卷畫像）中有“專等北水歸漢帝，大地乾坤隻一傳”語，意思是說坎卦林清（坎是水卦。林清自稱姓劉）在北方起事，乾隆的天下隻一傳嘉慶就完了。
林清結交內監劉金、劉得才、楊進忠、閻進喜等，定計乘顒琰巡遊木蘭（熱河圍場縣），襲據北京。九月十五日，密令內監分路引徒黨二百人進攻皇宮，林清留黃村，等待李文成大軍來援。二百人攻皇宮，無疑是失敗的。顒琰聞警，自熱河馳回，捕林清等磔死。
李文成在滑縣大造器械，被巡檢（近乎區長那樣的小官，從九品）劉斌、知縣強克捷發覺，捕文成擊斷足脛。教徒知密謀敗露，九月七日，聚眾三千人攻破滑縣，救出文成。直隸省長垣、東明，山東省曹、定陶、金鄉等縣教徒同時響應。李文成據滑縣及道口鎮，出兵圍浚縣。顒琰急調固原（甘肅固原縣）提督楊遇春、總兵楊芳平亂。遇春破道口，燒殺萬餘人。進圍滑縣，城中人死守，無一人肯做內應，李文成率四千人逃入輝縣（河南輝縣）山中，兵敗自焚死。十二月十日，楊芳用火藥轟毀城西南角，巷戰一晝夜，屠殺二萬餘人。李文成妻張氏道：“城亡我同亡，不死不是英雄。”揮刀巷戰，殺清兵數人，歸家自縊死，滑縣平。
（六）新疆回民起義
清文武官吏在新疆虐待回民，比虐待內地漢民尤甚。嘉慶二十五年，回民擁酋長張格爾起兵攻喀什噶爾（新疆疏勒縣）邊境。道光六年，張格爾攻破喀什噶爾城，殺守兵六千人，附近回民群起響應，殺官吏，毀城堡，助張格爾反清。七年旻寧命將軍長齡、提督楊遇春、楊芳率兵三萬攻喀什噶爾。張格爾率回軍列陣二十裏迎戰。楊遇春猛衝敵陣，回軍大潰，二楊追擊，擒獲張格爾，囚送北京。旻寧登午門行受俘禮。大臣怕張格爾陳說新疆吏治的弊惡，先灌其毒藥，使不能發言。受俘那一天，張格爾口角吐沫，情狀極苦，旻寧問話，全不回答。旻寧怒，令寸裂飼狗，百官稱頌為“聖朝盛事”。
張格爾敗後，回民反抗並不停止。新疆在清朝總是**著，不斷演出滿、漢、回三族互相殘殺的慘劇，受痛苦最大的自然是回民。