統一高昌是平定吐穀渾的軍事發展趨勢，是統一西陲的壯舉，也是打擊西突厥的重要戰略部署。
高昌轄境當今新疆吐魯番地區，是通向天山南路、北路的出口，古代中西交通的要道——“絲綢之路”的必經之地。自漢以來直至北朝，中原王朝或西北的遊牧民族都積極經營這個軍事與交通要地。
翻氏高昌王朝是個以漢人為主體的封建割據政權，它長期受到漢族政治、經濟、文化的影響，有較高的經濟、文化水平。境內“厥土良沃，穀麥歲再熟，有葡萄酒，宜五果，有草名白疊，國人采其花，織以為布。有文字，知書計。”它不僅采用內地的政治製度，而且文字、語言、經書、刑法、風俗、婚姻、喪葬、宗教信仰與中原基本相似。
高昌處於天山南路的東部，是唐王朝通向天山南北的要衝。貞觀四年，唐敗東突厥，伊吾(今哈密)歸附，高昌王翻文泰親至長安，打開了唐與西域的通道。隨後，吐穀渾與西突厥的崛起，使通道受阻。於是臣服於西突厥的高昌壟斷了西域的商路，損害了日益擴大同西域經濟、文化交流的唐王朝的利益。
貞觀六年，唐太宗通過焉耆另辟蹊徑，雙方矛盾加深，卵翼於西突厥的翻文泰，阻隔西域諸國與唐通商，致使“商胡被其遏絕”。對途經高昌使唐的西域貢使，任意加以拘留、搶奪貢品，還侵擾唐的伊州和屬國焉耆，扣留逃自西突厥、途經高昌南返的漢人罰作苦工，以致與唐王朝的關係越來越緊張。翻文泰之所以敢於與唐交惡，主要依恃西突厥的乙毗咄陸可汗的軍事力量以及險惡的地理環境。
貞觀十三年，唐太宗為了打擊翻文泰的分裂割據活動，決定出兵平定高昌、統一西域。 “時公卿近臣，皆以行經沙磧，萬裏用兵，恐難得誌，又界居絕域，縱得之，不可以守，竟以為諫。”唐太宗深謀遠慮，力排眾議，“皆不聽”,毅然任命大將侯君集為交河道行軍大總管，契芯何力為蔥山道副大總管。翻文泰聞訊，以笑置之，認為高昌距唐七千裏，其中二千裏盡為流沙覆蓋，地無水草，寒風如割，熱浪似焚，行賈至者百不及一，豈有大兵安抵城下；即使頓兵城下，糧運不繼，“食盡當潰，吾且俘而虜之。”
然而，出人意料，次年夏，侯君集大軍竟然神奇般地到達磧口，翻文泰得悉，驚懼發病而死。其子翻智盛繼位為王，加強城防，力圖固守。唐軍行軍副總管確行本於貞觀中曾任將作少匠，懂得器械製造原理。於是，他在距伊州柳穀百裏之地， “依山造攻械，增損舊法，械益精。”圍城之日，唐軍“引撞車毀其堞，飛石如雨，所向無敢當，因拔其城”。繼而，包圍都城，翻智盛堅守，副將薛萬均“麾軍進，智盛懼，乃降。”至此，唐軍全部收回了高昌三州五縣二十二城的地方。從出兵到平定，時僅半年。
高昌平後，如何處置，又是一場爭議。唐太宗主張以高昌置為州縣，號西昌州。魏徵反對，理由是既難戍守又耗錢財，不如立其子以籠絡人心。然而，唐太宗沒有采納。接著褚遂良上疏除了重彈魏徵的老調以外，建議“宜擇高昌可立者立之，召首領悉還本土，長為藩翰”,結果是“書聞不省”,也被唐太宗默然地拒絕了。
一向對魏徵言聽計從的唐太宗，為什麽一反常態，堅持己見呢?這與他的統一西域的雄心是分不開的。在這個問題上，無疑唐太宗是正確的。爾後將高昌行政區域劃歸唐王朝版圖， “改西昌州為西州，更置安西都護府，歲調千兵，謫罪人以戍”。
貞觀十六年，他任命郭孝恪為安西都護、西州刺史，州治為高昌舊都。並“流徙罪人與鎮兵”混雜戍守，由於地處沙磧，隔絕中國，戍兵怨苦，“孝恪推誠撫禦，盡得其歡心”。可見，唐太宗任用得人，也說明他對高昌設州的重視。因為西域自漢以來就是中國的領土，唐太宗平定高昌是他從事統一西域的重要組成部分。高昌的統一，擴大了唐王朝的西部疆域，“於是唐地東極於海，西至焉耆，南盡林邑，北抵大漠，皆為州縣，凡東西九千五百一十裏，南北一萬九百一十八裏。”