大批軍政高級官員在斯大林的"大肅反"中被屠殺，對於當時的蘇聯來說，這無疑是一場災難。
１９３７年６月，蘇聯國內發生的一係列事件引起了大多數西方國家的關注。今天，無論在東方還是西方，人們都在談論如何勇敢地應對恐怖主義的威脅；而在當時，極權主義的罪惡成了人們爭論不休的主題。莫斯科突然傳來消息說，一大批軍內高級軍官被逮捕並以叛國、間諜和密謀顛覆蘇維埃政權等罪名而遭到起訴。還有傳言說，斯大林政權正麵臨著一場"軍事法西斯陰謀活動"的威脅。密謀者不僅包括組織者利昂·托洛茨基本人（雖然他當時正在墨西哥流亡，但是仍然沒有逃脫暗殺的劫難，最終被暗殺者用鎬砍死），而且還包括紅軍內部他的一些所謂的追隨者。莫斯科向外界宣稱，克裏姆林宮的領導人正麵臨著被密謀暗殺的危險。
事實上，將這些信息集中起來可以看出，希特勒的蓋世太保１０年來精心策劃的一場最大的騙局終於獲得了成功。通過利用斯大林眾所皆知的偏執多疑的心理，蓋世太保故意讓一些虛假的文件資料"落入"捷克斯洛伐克政府高官手中，造謠說斯大林麾下的著名元帥米哈伊爾·圖哈切夫斯基正在德國的資助下密謀暗殺蘇聯領袖斯大林。捷克斯洛伐克當局義不容辭地將這份"情報"交給了克裏姆林宮。隨後，一場針對蘇聯紅軍的毫無人性的血腥"大清洗"開始了。
斯大林痛斥那些隱藏在軍隊內部的"人民的敵人"，發誓將他們徹底鏟除。斯大林斷言，這些名單上的人都已經被德軍所控製，希特勒和他的將軍們正在設法扼殺蘇聯紅軍，妄圖使這支軍隊喪失履行保衛祖國的職能，希望將蘇聯變成"第二個西班牙"。雖然軍事審判工作是秘密進行的，但是政府控製的媒體仍然報道說，這些被捕的軍官收受了德國和日本的金錢賄賂。他們受到了嚴厲審訊，有的被判處死刑，有的被關進了監獄。在軍事審判之後，他們又在公眾和包括外交官在內的外國來賓麵前接受了幾次聲勢浩大的"審判"，但這種做法隻是掩人耳目而已。
在莫斯科的一次公審中，審判人員透露，斯大林險些在１９３３年和１９３５年的兩次暗殺中死於非命。在這些真正的或虛構的暗殺陰謀背後有沒有斯大林（或希特勒）的特工人員參與呢？據《英國大事年鑒》記錄，１９３３年夏天，當斯大林乘坐的快艇在黑海上巡遊時，遭到格魯吉亞當地一名"格伯烏"（蘇聯秘密警察組織）的頭目和兩名邊防人員的射擊。由於快艇的速度極快，並且距離岸邊較遠，此次暗殺沒有成功。１９３５年，"陰謀者"計劃用步槍暗殺斯大林，但是由於他們未能及時趕到斯大林度假的地點，最終暗殺計劃未能得逞。據稱，這些暗殺者的行為是受重工業委員會副委員帕雅塔科夫的指使和操縱，而帕雅塔科夫則辯稱是執行了流亡墨西哥的托洛茨基的命令。後來，帕雅塔科夫以"叛國罪"被處以死刑。
曆史學家和傳記作家弗可哥諾夫非常肯定地認為，這些所謂的暗殺斯大林的陰謀活動都是捏造的。他說："我堅信，在這一時期根本沒有人試圖謀反，也沒有人企圖謀殺斯大林。在當時，還沒有任何人膽敢試圖謀取斯大林的性命。"但是他認為，如果在美國，斯大林很可能會遭到暗殺，因為美國人肯定無法忍受一個像斯大林那樣的暴君。他說："對於斯大林來說，蘇聯人民非常容易駕馭。人民將他當做神一樣頂禮膜拜，而他卻慘無人道地對他們大開殺戒。但是，我們並不能說斯大林沒有敵人，經曆２０世紀３０年代的'大肅反'以後，曾經無限愛戴他的人民已經開始對他產生敵意，更不用說那些托洛茨基的忠實追隨者們了。"
軍隊內部的"大清洗"給國家安全造成了嚴重危害。在那些被逮捕的高級軍官中，除了參與紅軍重組的先驅者之一圖哈切夫斯基元帥以外，還包括１９１８年就加入布爾什維克黨並參加新紅軍的瓦西裏·布柳赫爾元帥以及令朱可夫十分欽佩的烏博列維奇元帥。（朱可夫在回憶錄中寫道："從這位英勇無畏的革命戰友身上，我學到了很多東西。"）與此同時，其他許多高級軍官也遭到了軍事法庭的審判，被指控為叛國者。（捷克斯洛伐克總統本尼斯在回憶錄中說，他得到一份有關圖哈切夫斯基"反斯大林集團"的情報，由於確信內容可靠真實，因此將相關的材料送到了莫斯科。）
另一位被指控"叛國罪"的蘇聯元帥馬爾尼克以自殺的方式結束了自己的生命。（軍事曆史學家弗可哥諾夫在１９８９年告訴作者，因為馬爾尼克是圖哈切夫斯基的好朋友，所以他拒絕加入審判圖哈切夫斯基的審判團，他知道這樣做無疑難逃被絞死的命運，最終隻能被迫以自殺來表達他的抗議。）弗可哥諾夫說："當時，為了表達對斯大林的不滿，許多高級軍官都選擇了類似的自殺方式。"
在這場瘋狂的"大肅反"運動中，紅軍遠東空軍司令拉平中將被捕後在獄中自殺。據《倫敦時報》報道，拉平臨死前寫了一封"血書"，他在這封費盡周折才被帶出監獄的"血書"中寫道："在我一無所知的事情上，我作了偽證。在連續不斷的嚴刑拷打和各種威脅之下，我被迫承認了他們強加給我的各種罪名。我不是一名反革命者，與此類事件毫不相幹。"
毋庸置疑，對這些傑出軍事領導人的審訊令朱可夫非常痛苦，因為其中許多所謂的"人民公敵"與自己的私交都不錯。雖然他在第一版的回憶錄中沒有過多地談到審判的事情，但是在後來的回憶錄中，他講述了很多關於"大肅反"的曆史事件，其中提到了那些被"清洗"的高級軍官，尤其是圖哈切夫斯基和烏博列維奇。在他的回憶錄中，他曾經數十次地提到圖哈切夫斯基。朱可夫認為，他所學到的許多基本作戰理論都是由圖哈切夫斯基和其他所謂的"陰謀者"創立的，正是靠著這些理論，他才能夠在蒙古哈拉哈河戰役中大顯身手，取得了絕對的戰場優勢。（例如，裝甲部隊必須獨立作戰；必須實施"大縱深"作戰；必須要有高效準確的情報保障；必須要高度重視戰役和戰術誘騙和先發製人；等等。這些理論後來成為"朱可夫核心戰法"的理論先導。）
但是，在那個對間諜活動充滿狂熱的年代，朱可夫---還有數以千計與他一樣的人---經常需要被迫交代他們和那些因各種罪名被逮捕入獄的高級官員之間的關係。實際上，與朱可夫有過私交的幾十名高級官員無一逃脫被逮捕的命運。
據估計，在"大肅反"中，４５％的陸軍和海軍軍政官員被處死或被解職。在８５０名從上校到元帥的指揮官中，８５％的人被解職。一些人後來官複原職，其中包括羅科索夫斯基將軍，他在二戰爆發之前得以複出，但在此之前經曆了兩年的牢獄生活。（戈爾巴托夫將軍在他的《我的難忘歲月》一書中，記錄了自己在被召回前線抵抗德軍入侵以前遭到逮捕的經曆，以及在西伯利亞古拉格集中營裏度過的痛苦歲月。）
特別值得一提的是，１９３６-１９３８年期間，共有４１ ２００人遭到了"清洗"。
"大肅反"嚴重削弱了紅軍的有生力量。在德國，尤其是在那些德國將軍們的眼中，紅軍已經無法與自己相匹敵。在這方麵，曆史學家理查德·奧弗裏提出了一個值得注意的觀點。他說，"大肅反"削弱了紅軍實力的觀點是建立在"大肅反"以前紅軍力量十分強大的假設之上的。但他認為，事實並非如此，因為理論和現實存在著巨大的差距。實際上，在"大肅反"以前，紅軍內部的指揮和控製效率並不是很高，作戰指揮官和文職官員的文化水平相當低。此外，當時整個紅軍還缺乏責任心和進取精神。
在明斯克，朱可夫受到白俄羅斯軍區軍事委員會委員菲裏普·戈裏科夫的問訊。朱可夫和許多被捕的官員都很熟悉，其中包括羅科索夫斯基和塞迪奇，他坦率地告訴戈裏科夫，這些人都非常熱愛自己的祖國，對黨也無限忠誠。朱可夫看出，戈裏科夫對他的回答很不滿意。
戈裏科夫接著又提出了另外兩個問題：有人報告說朱可夫對待下屬非常苛刻粗魯，另外還瞧不起做政治工作的人員。朱可夫回答說，他隻對那些在執行任務時散漫拖遝的人動粗。戈裏科夫指出，他還聽說朱可夫的夫人曾經為他們的第二個女兒埃拉做了洗禮。朱可夫否認了這一點。
很明顯，這是一次非常不愉快的談話，朱可夫擔心這會使他失去擔任騎兵第３軍新任軍長的機會。幸運的是，他的任命並未因此受到影響。當朱可夫最終走馬上任後，他發現這支部隊的軍事和政治教育水平非常低。他認為，這一切都要歸咎於"大肅反"，它嚴重影響了部隊的士氣和訓練。大多數情況下，那些要求嚴格的指揮官很容易就成為負責"肅反"工作的內務部官員的攻擊目標，他們總是設法以"人民公敵"的指控將這些指揮官拉下馬。在遇到上級侵犯下級權利的行為時，朱可夫並非坐視不理，而是經常大膽地進行幹預。但是，他不得不承認，在許多事情上他處理得不是很恰當。
朱可夫講述了他的一個下屬軍官向他尋求幫助的經曆。當時，這名軍官正因為與一名在"大肅反"中被逮捕並被槍決的高層軍官交往密切而遭到指控，他擔心自己會被視為卑鄙之徒在即將召開的會議上被開除，甚至擔心自己將遭到秘密情報機構（克格勃的前身）的逮捕。另外，這名軍官還因為在管理上過於苛刻而受到指控。在了解了他的情況後，朱可夫同意參加即將召開的會議。在會議上，果然有人提出將這名軍官逐出紅軍和黨外。朱可夫為他作了辯護發言，稱讚他是一名忠心耿耿並且能力非凡的指揮官，他認為與這一點相比，其他任何指責都不是很重要。當會議結束時，朱可夫的觀點最終取勝。朱可夫說，被指控的那位軍官在他麵前流下了感激的淚水。
但是，另一件事情卻是以悲劇而結束的。由於騎兵第６軍軍長被調往基輔軍區，朱可夫接任了軍長的職位。在斯大林風聲鶴唳的高壓統治下，一名在黨員大會上被指控犯了嚴重錯誤的軍官在嚴刑拷打之下被迫承認與一位被處決的元帥交往甚密。由於害怕秘密警察機構的酷刑，他最終選擇了自殺。朱可夫在他的第一版戰爭回憶錄中並沒有提到此事。
在騎兵軍內部，朱可夫與黨組織其他成員發生了另一場對質，至少有８０名黨員參加了這次對質。在對質中，他們再次指出朱可夫對待下屬非常粗魯，指揮方法存在問題，另外他與最近剛被絞死的烏博列維奇（他們實際上隻是單獨在一起吃過一次晚餐）以及其他"人民公敵"有著千絲萬縷的聯係。
不幸的是，朱可夫此次麵對的指控者是騎兵第４師政工科科長季霍米羅夫，他在朱可夫的手下幹了四年時間，但是兩人關係並不密切。朱可夫說，季霍米羅夫在會上躲躲閃閃、十分狡猾，從不正麵回答朱可夫的問題。為了委曲求全，朱可夫承認自己在對待那些執行任務表現不好的下屬時缺乏理智。在解釋與烏博列維奇的關係時，他說，在完全喪失信任之前，軍官之間應當保持良好的友誼，這應當是我們全黨的努力目標。朱可夫在會議上特別強調了部隊作風和職能的重要性，他說，與"花言巧語和同誌友誼"相比，它們必須放在第一位。
朱可夫的解釋最終得以通過。但是，為了確保萬無一失，他又給克裏姆林宮的斯大林和伏羅希洛夫發了一份電報。他沒有得到任何回複，但是卻被允許繼續工作。朱可夫說，他將永遠不會原諒季霍米羅夫，並發誓與他斷絕一切來往。